简单量子化学问题答疑专帖

reader

老师您好  我计算的方法是   # b2plyp/gen em=gd3bj SCF=(NoVarAcc,noincfock,conver=6) IOp(8/127=-99)   用来算单点能，但是还是出现SCF ERROR  这种报错  这是为什么啊  用的高斯16

wzkchem5

reader 发表于 2023-6-30 09:46
老师您好  我计算的方法是   # b2plyp/gen em=gd3bj SCF=(NoVarAcc,noincfock,conver=6) IOp(8/127=-99)    ...

先确认是SCF不收敛还是其他报错。不要光给一个SCF ERROR，导致SCF ERROR的原因不是唯一的，一般问报错问题至少得贴输出文件最后几十行，只贴一行几乎必然不足以确定报错原因

reader

wzkchem5 发表于 2023-6-30 17:20
先确认是SCF不收敛还是其他报错。不要光给一个SCF ERROR，导致SCF ERROR的原因不是唯一的，一般问报错问 ...

谢谢老师   我的后面几行是这样的  能不能请老师帮忙看一下？
Rotational constants (GHZ):           0.0576093           0.0200678           0.0171802
General basis read from cards:  (5D, 7F)
There are  2154 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are  1929 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
  1929 basis functions,  2967 primitive gaussians,  2154 cartesian basis functions
   184 alpha electrons      184 beta electrons
       nuclear repulsion energy      5735.3567989659 Hartrees.
NAtoms=  102 NActive=  102 NUniq=  102 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be    131072 words long.
Regular integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
Nuclear repulsion after empirical dispersion term =     5735.2683790575 Hartrees.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=  1929 RedAO= T EigKep=  1.08D-06  NBF=  1929
NBsUse=  1921 1.00D-06 EigRej=  9.62D-07 NBFU=  1921
ExpMin= 2.34D-02 ExpMax= 5.24D+04 ExpMxC= 1.79D+03 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  419 and IRadAn=       5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  419 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=       500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-06 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-04.
Requested convergence on             energy=1.00D-04.
No special actions if energy rises.
Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did    10 forward-backward iterations
EnCoef did    58 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did    45 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration: -0.210D-15
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did    29 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration: -0.242D-14
EnCoef did    26 forward-backward iterations
EnCoef did    20 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration: -0.155D-14
EnCoef did     9 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration:  0.259D-15
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration:  0.000D+00
EnCoef did    36 forward-backward iterations
SCF Done:  E(RB2PLYP) =  -2707.99954248     A.U. after  103 cycles
            NFock=103  Conv=0.27D-06     -V/T= 2.0028
DoSCS=T DFT=T ScalE2(SS,OS)=  0.270000  0.270000
SCFChk:  SCF convergence  2.69D-07 required  1.00D-08


SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error

                                    ERROR!!!!

    SCF has not converged.  Gradients and post-SCF results would be GARBAGE!!

SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error


Error termination via Lnk1e in /public1/home/scf2116/software-scf2116/g16/l801.exe at Fri Jun 30 16:52:51 2023.
Job cpu time:       7 days 14 hours 41 minutes 49.4 seconds.
Elapsed time:       0 days  3 hours 49 minutes 46.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1343 Int=      0 D2E=      0 Chk=     86 Scr=      1

wzkchem5

reader 发表于 2023-6-30 10:37
谢谢老师   我的后面几行是这样的  能不能请老师帮忙看一下？
Rotational constants (GHZ):           0 ...

报错信息写得很清楚了，SCF has not converged
按http://sobereva.com/61依次尝试，所有方法都不管用再来问，问的时候详细说明哪些方法让收敛变好了，哪些方法让收敛变差了

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-30 10:46
谢谢社长，我就是参考您博文里C4H8双自由基那一部分通过扫描键长寻找的TS，输入文件设置为“ # UM062X/6- ...

尝试加入一些键角、二面角限制

雾雨魔理沙daze

老师好 请问像这种有弱相互作用的卡宾体系 在用Gaussian结构优化和计算能量时需要加弥散吗?还是说只需要用能描述弱相互作用体系的泛函如M06-2X，然后基组不用加弥散比如用6-311G**就可以了？

for_you

老师，过渡态结构只有一个虚频，可以理解为在势能面上过渡态结构的能量对坐标的二阶导数是一个负值，也就是一个虚频吗？过渡态的唯一虚频与结构优化出错时的虚频有什么区别吗？
请问老师，在过渡态结构中，虚频这个概念有什么经验性通俗的理解方法吗，网上对虚频讲解很多公式推导什么的还是感觉无法理解真正的含义，感觉很模糊，学生想求教您的经验看法。

糖糖糖豆9988

sobereva 发表于 2023-7-1 07:03
尝试加入一些键角、二面角限制

好的社长，我加入一些限制再次扫描试试~

wzkchem5

for_you 发表于 2023-7-1 03:26
老师，过渡态结构只有一个虚频，可以理解为在势能面上过渡态结构的能量对坐标的二阶导数是一个负值，也就是 ...

第一段的问题，看https://bdf-manual.readthedocs.i ... r%20Guide.html#id70

第二段的问题，看https://en.wikipedia.org/wiki/Saddle_point

美泽虎

wzkchem5 发表于 2023-6-30 03:34
首先，不宜用Mulliken电荷判断，因为Mulliken电荷受基组影响很大，尤其当基组比较大时缺乏物理意义。要用 ...

感谢老师的详细解答和建议！在和您举的这几个典型的例子对比之后，我对我的体系是否需要加弥散函数马上就有了一个清晰的判断。

15670538028

各位老师好，我在一篇文献中得到了一个新研究出的分子结构的cif文件，但它是周期性的，每个结构都不完整，我想计算这个分子的性质，想问如何得到这个分子的完整的孤立结构？

sobereva

15670538028 发表于 2023-7-2 09:12
各位老师好，我在一篇文献中得到了一个新研究出的分子结构的cif文件，但它是周期性的，每个结构都不完整， ...

里面说了，Multiwfn直接就能基于cif得到分子完整的结构

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

sobereva

雾雨魔理沙daze 发表于 2023-7-1 09:43
老师好 请问像这种有弱相互作用的卡宾体系 在用Gaussian结构优化和计算能量时需要加弥散吗?还是说只需要用 ...

理论方法和基组是两码事
不管用什么理论方法，对此问题基组起码用6-311G*
此文从来没说该加弥散的时候用的理论方法能描述好弱相互作用就不用加弥散了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

sobereva

for_you 发表于 2023-7-1 10:26
老师，过渡态结构只有一个虚频，可以理解为在势能面上过渡态结构的能量对坐标的二阶导数是一个负值，也就是 ...

虚频体现的是势能面在当前位置对虚频所对应的那个正则坐标的二阶导数是负值。必须对“坐标”定义清楚具体指什么。

跟优化不精确导致的虚频没有什么物理意义上的直接联系。那个纯粹是极小点定位不精确带来的，是数值层面的事。

上面我说的已经很通俗了。要更通俗，看北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）的ppt：

lurensan

各位老师好，问一个简单问题。请问用什么方法可以比较烯烃的反应活性和双键电子的多少