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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-10-24 21:03:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-10-24 20:07
你优化的目的是什么?
如果优化的目的就是优化S1,那”出现两种不同的优化能量“显然既不是充分条件也不 ...

我的目的是优化计算得到S1的能量,我想的太简单了,谢谢老师提醒

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-25 00:51:32 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2023-10-24 15:35
老师,是有机反应,但是有过渡金属,所以一直没敢用M06-2X去优化

反应如果不直接牵扯过渡金属部分,用M06-2X可以接受
或者用MN15,比M06-2X明显能更兼顾过渡金属存在的情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-10-25 15:53:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-25 00:51
反应如果不直接牵扯过渡金属部分,用M06-2X可以接受
或者用MN15,比M06-2X明显能更兼顾过渡金属存在的情 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2023-10-25 16:54:43 | 只看该作者 Only view this author

IRC结果异常

IRC设置的both directions,但是跑出来左边只有一个点,输入文件如下:
# irc=(calcfc,maxpoints=20,lqa) b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3bj
输出文件里是normal termination

捕获.PNG (58.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

IRC结果

IRC结果

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发表于 Post on 2023-10-25 22:08:48 | 只看该作者 Only view this author

gaussian输入文件提示A syntax error was detected in the input line报错

%mem=60GB
%nprocshared=40
Will use up to   40 processors via shared memory.
%chk=/storage1/Gjm/calculate/1-em.chk
---------------------------------------------------------------------
#p opt freq=anharm b3lyp/6-311g(d,p) pop=npa geom=connectivity em=gd3
---------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
=npa geom=connectivity em=gd3
                          '
Last state="GCL"
TCursr= 1046 LCursr=   65
Error termination via Lnk1e in /storage1/Gjm/gaussian/g09/l1.exe at Thu Oct 26 05:51:35 2023.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  1.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
请问下这是哪里输入不合适呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-26 07:59:20 | 只看该作者 Only view this author
lemongjm 发表于 2023-10-25 22:08
%mem=60GB
%nprocshared=40
Will use up to   40 processors via shared memory.

看此文弄清楚当前版本是否支持D3
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-26 08:46:04 | 只看该作者 Only view this author
h412838402 发表于 2023-10-25 16:54
IRC设置的both directions,但是跑出来左边只有一个点,输入文件如下:
# irc=(calcfc,maxpoints=20,lqa)  ...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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发表于 Post on 2023-10-26 17:30:22 | 只看该作者 Only view this author

求助在linux中隐式溶剂模型优化分子gaussian报错

本帖最后由 Yuan1105 于 2023-10-26 21:10 编辑

想用gaussian跑一个分子在溶剂里的结构优化,但一提交就老说我语法错误,但是在自己电脑gaussian09 B(window)下可以正常运行,求教一下这是咋回事啊
gaussian版本: Gaussian 09, Revision A.01
在linux框架下输入文件如下:
%chk=/home/n410/1/new/ADC.chk
%mem=64000MB
#p scrf=(smd,solvent=generic) m062x/def2svp opt freq scfcyc=200 symm=loose

Title Card Required

0 1

原子坐标

eps=7.2
epsinf=1.90
空行
空行
空行

一直报错说语法错误:
Gaussian 09:  EM64L-G09RevA.01  8-May-2009
                26-Oct-2023
******************************************

%chk=/home/n410/1/new/ADC.chk
%mem=64000MB
----------------------------------------------------------------------
#p scrf=(smd,solvent=generic) m062x/def2svp opt freq scfcyc=200 symm=loose
----------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
(smd,solvent=generic) m062x/def2svp opt
                             '
Last state="GCL"
TCursr= 1046 LCursr=   36
Error termination via Lnk1e in /home/n410/1/g09/l1.exe at Thu Oct 26 16:32:35 2023.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1






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发表于 Post on 2023-10-26 19:20:48 | 只看该作者 Only view this author

PKa计算方法求助

各位老师,想请教一下,计算一个化合物的PKa,一般用什么方法,得到的结果比较准确?

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发表于 Post on 2023-10-26 20:30:01 | 只看该作者 Only view this author
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2023-10-26 23:16:14 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我目前想要计算一个有明显Au-Au相互作用的双核Au配合物的光物理性质,需要对S1/T1激发态都需要优化,想先通过S0结构的垂直激发和实验的对应程度选择泛函。在PBE0/def2-SVP/def2-TZVP水平下优化了基态结构再做TD计算,其中PBE0算得第一激发态波长750nm,切换为CAM-B3LYP则为470nm,wb97x-D3则为380nm。CAM-B3LYP计算的波长较为符合实验吸收光谱结果,具有明显LLCT(和推测一部分的MMLCT)的电荷转移性质也符合我们对该配合物的预测,PBE0的结果则实在夸张。但考虑到明确的Au-Au相互作用肯定不适合这样的杂化泛函(明显具有金属-金属相互作用的激发态计算也多见GGA或HF成分低的杂化泛函),那么用CAM-B3LYP还是可以接受的吗?
另外在基态的计算中需要考虑全电子相对论效应吗,我原本计划只在激发态的优化、单点计算和SOC计算中使用DKH2/DKH-def2-SVP/SARC-DKH-TZVP的,不知道考虑全电子相对论会不会有定性的结构变化。

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发表于 Post on 2023-10-27 03:15:01 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-10-26 16:16
各位老师好,我目前想要计算一个有明显Au-Au相互作用的双核Au配合物的光物理性质,需要对S1/T1激发态都需要 ...

最好用全电子相对论方法,Au的相对论效应很显著。换全电子相对论方法以后再看结果是不是仍然是现在这样。如果是的话,说明这个体系里面”范围分离泛函适合CT“的影响大过了”范围分离泛函不适合金属-金属键“的影响。此时只能做一个compromise,选择总体来说精度较好的泛函,同时最好加一个更高理论级别的单点计算(如DLPNO-STEOM-CCSD或NEVPT2)验证这个泛函算出来的激发态成分是对的,也就是说它算出来准不是因为误差抵消。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-27 08:09:45 | 只看该作者 Only view this author
jlm 发表于 2023-10-26 19:20
各位老师,想请教一下,计算一个化合物的PKa,一般用什么方法,得到的结果比较准确?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-27 08:20:11 | 只看该作者 Only view this author
Yuan1105 发表于 2023-10-26 17:30
想用gaussian跑一个分子在溶剂里的结构优化,但一提交就老说我语法错误,但是在自己电脑gaussian09 B(wind ...

不要用G09RevA.01这么老掉牙且bug一堆的版本。而且scrf里要写上read
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发表于 Post on 2023-10-27 09:17:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-27 08:20
不要用G09RevA.01这么老掉牙且bug一堆的版本。而且scrf里要写上read

谢谢卢老师指点,我们换个版本加上read试一试

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