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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-5 12:37:31 | 只看该作者 Only view this author
jaywang7 发表于 2023-11-4 18:49
过渡态结构优化收敛,频率计算也收敛并且只有一个虚频,观察虚频振动方向也正确,但是虚频大小只有-213 , ...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-11-5 13:31:22 | 只看该作者 Only view this author

服务器计算的chk文件打不开,用高斯转换成fchk失败

本帖最后由 木子叶 于 2023-11-5 13:35 编辑

chk文件100MB压缩后也无法上传,目地是想看一下激发态的homo-lumo轨道图

Snipaste_2023-11-05_13-21-34.png (83.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

Snipaste_2023-11-05_13-21-34.png

20231102-4ohcz-alkali-energyis-S1.log

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20231102-4ohcz-alkali-energyis-S1.gjf

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发表于 Post on 2023-11-5 13:41:24 | 只看该作者 Only view this author
服务器计算的chk文件应该用服务器上的高斯转换成fchk

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-5 13:50:24 | 只看该作者 Only view this author
木子叶 发表于 2023-11-5 13:31
chk文件100MB压缩后也无法上传,目地是想看一下激发态的homo-lumo轨道图

路径别有空格。自找麻烦
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-11-5 20:00:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-5 12:01
认真看此文自然就明白了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs. ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-11-6 16:36:56 | 只看该作者 Only view this author
复现论文中的反应时,文中说这个反应结构优化结果不收敛,在用gaussian复现时应该怎样确定其真的不收敛?是通过他的过渡态不止一个虚频,还是通过对原反应按照文中的基组方法优化,gaussian报错,还是其他什么方法判断?

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发表于 Post on 2023-11-6 16:53:19 | 只看该作者 Only view this author
dio. 发表于 2023-11-6 09:36
复现论文中的反应时,文中说这个反应结构优化结果不收敛,在用gaussian复现时应该怎样确定其真的不收敛?是 ...

不好严格复现,因为文献用默认关键词优化不收敛以后,必然会添加其他关键词多试几次,但是添加的这些关键词一般文献不写。再者,优化是否收敛和初猜结构关系很大,但初猜结构文献也往往不给。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-11-6 17:02:13 | 只看该作者 Only view this author
请问gjf文件里有geom=(nocrowd)的时候,gjf文件末尾数字是不是不能删除呀

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发表于 Post on 2023-11-6 17:13:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2023-11-6 17:31 编辑

谢谢老师,还想问一下是不是只要有了这个代码,就完全可以进行某个分子的RHF计算了呀?有个冒昧的请求,有没有H2分子RHF单点能量计算的只有2-3百行以内的代码,您提供的代码几千行太长了。

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发表于 Post on 2023-11-6 17:14:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-4 05:03
各种开源量化程序你都可以读源代码。诸如GAMESS-US、NWChem、PSI4、Dalton、MRCC、DeMon2K、xtb、OpenMOP ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-11-6 17:15:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-4 05:03
各种开源量化程序你都可以读源代码。诸如GAMESS-US、NWChem、PSI4、Dalton、MRCC、DeMon2K、xtb、OpenMOP ...

sob老师您好,这些代码哪个程序的比较经典呀?

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发表于 Post on 2023-11-6 17:28:28 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2023-11-6 10:13
谢谢老师,还想问一下是不是只要有了这个代码,就完全可以进行某个分子的RHF计算了呀?

点一下我这个链接里的documentation链接就知道了
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-11-6 17:37:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-6 17:28
点一下我这个链接里的documentation链接就知道了

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-7 06:36:56 | 只看该作者 Only view this author
wanwan5339 发表于 2023-11-6 17:02
请问gjf文件里有geom=(nocrowd)的时候,gjf文件末尾数字是不是不能删除呀

跟末尾毫无关系,本身这关键词又不从末尾读取任何信息
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-7 06:38:10 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2023-11-6 17:15
sob老师您好,这些代码哪个程序的比较经典呀?

“经典”没有确切定义
只能告诉你这些都是比较有名气的开源量化程序,编写语言和代码风格各有不同,可以都找来,读你自己觉得容易读的
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