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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-7 06:39:19 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2023-11-6 17:13
谢谢老师,还想问一下是不是只要有了这个代码,就完全可以进行某个分子的RHF计算了呀?有个冒昧的请求, ...

强烈建议你把Szabo的Modern quantum chemistry的末尾看了,有个完整的HeH+的Hartree-Fock计算代码
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发表于 Post on 2023-11-7 09:00:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-6 16:53
不好严格复现,因为文献用默认关键词优化不收敛以后,必然会添加其他关键词多试几次,但是添加的这些关键 ...

嗷嗷,谢谢大佬

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发表于 Post on 2023-11-7 15:10:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 06:36
跟末尾毫无关系,本身这关键词又不从末尾读取任何信息

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-11-9 11:30:11 | 只看该作者 Only view this author

高斯报错

我准备计算下这个分子的振动,结果报错了,是原子之间太近了嘛,该该怎么修改呀

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发表于 Post on 2023-11-9 11:41:14 | 只看该作者 Only view this author
就是字面意思,检查结构合理性,特别是12-25为什么会过于接近。

另外,我建议你晒出输入、输出文件,以便分析是否还有其他问题存在。

自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2023-11-9 11:48:22 | 只看该作者 Only view this author
从输出文件的时间来看,0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds,属于已提交就报错,显然是结构有问题。

按报错信息检查 25 号,12号原子之间的距离,估计是重叠在一起了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 17:12:29 | 只看该作者 Only view this author
alai 发表于 2023-11-9 11:30
我准备计算下这个分子的振动,结果报错了,是原子之间太近了嘛,该该怎么修改呀

gview打开gjf文件,自行看12、25号原子在哪便知
不要拿肉眼都能看出有明显硬伤的结构做计算
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发表于 Post on 2023-11-9 21:26:47 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian计算时遇到输出错误问题

老师好,进行几何优化时遇到
Error in internal coordinate system.Error termination via Lnk1e in E:\software\G09W\l103.exe at Wed Nov 08 04:02:29 2023.
这两个错误想问一下如何解决




Gelatin ChCl(O).gjf

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发表于 Post on 2023-11-9 21:45:23 | 只看该作者 Only view this author
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-10 07:24:04 | 只看该作者 Only view this author
wsc 发表于 2023-11-9 21:26
老师好,进行几何优化时遇到
Error in internal coordinate system.Error termination via Lnk1e in E:\so ...

参考北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)的ppt


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发表于 Post on 2023-11-12 17:11:43 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问怎样对阴离子进行构象搜索?使用openbabel产生随机初猜时,自动把氢补上了,怎样进行下一步操作呢?

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发表于 Post on 2023-11-13 02:49:08 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-11-12 10:11
各位老师好,请问怎样对阴离子进行构象搜索?使用openbabel产生随机初猜时,自动把氢补上了,怎样进行下一 ...

我不知道你是从什么产生的随机初猜,如果是从SMILES产生的,应该有办法修改SMILES,明确指定不加那个氢。
如果因为各种原因做不到这一点的话,第一种做法是不要用openbabel产生随机初猜,如果跑一个温度足够高的动力学就能让初始构象足够随机了,那就用动力学解决。
第二种做法是用openbabel给产生的结构批量去氢,http://sobereva.com/440这里提到了
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-11-13 15:16:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-13 02:49
我不知道你是从什么产生的随机初猜,如果是从SMILES产生的,应该有办法修改SMILES,明确指定不加那个氢。 ...

感谢老师,我结构比较简单。手动扫描了四个二面角,找了一个能量最低的,这个结构作为初猜可以吗?

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发表于 Post on 2023-11-13 16:35:34 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-11-13 08:16
感谢老师,我结构比较简单。手动扫描了四个二面角,找了一个能量最低的,这个结构作为初猜可以吗?

http://sobereva.com/620的要求把背景信息提供全了我们再回答
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-15 08:20:14 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-11-13 15:16
感谢老师,我结构比较简单。手动扫描了四个二面角,找了一个能量最低的,这个结构作为初猜可以吗?

没具体体系信息,谁也不知道你这么扫是否能把所有可能的构象区域采样完整

下文的做法对于阴离子体系完全适用
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html

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