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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-11-15 23:00:42 | 只看该作者 Only view this author
想请教一下各位老师,我看到有时文献提供的系间穿越速率计算公式如图所示,有时是在这个公式基础上加入对应振动模式的内外重组能和Huang-Rhys因子的系间穿越速率公式。请问如图的式子可以用吗?如果可以,请问是在什么条件下,如图的简化版系间穿越速率计算公式可以用呢?谢谢老师们

微信截图_20231115225755.png (20.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

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发表于 Post on 2023-11-16 11:26:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我拜读了您的http://sobereva.com/462《使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱》,想请问您一下,在加入旋轨耦合矫正之后,s0-tn的振子强度是怎么得到的呢?有对应的理论或者公式吗?望sob老师解惑,谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-11-16 14:55:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 06:39
强烈建议你把Szabo的Modern quantum chemistry的末尾看了,有个完整的HeH+的Hartree-Fock计算代码

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-11-16 15:53:44 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我用ORCA的AIMD计算两个氩原子的碰撞轨迹,发现两个不同精度水平(b97-3c和b3lyp-d3/6-311g**)在相同的初始条件下轨迹的偏转角差距较大(两种情况下轨迹见move.zip)。从输出的的force.xyz看,两种精度水平下,氩原子在初始时刻的受力就差别较大(见下图),这是什么原因呢?我的具体做法是在.inp文件里设置基本参数,在.mdrestart文件里指定特定的初始条件(.inp和.marestart文件如下)。
另外,在用b97-3c方法做AIMD时,会有The following floating-point exceptions are signalling: IEEE\_DENORMAL的字样,非规格数是不是导致他与b3lyp-d3/6-311g**不同的来源?

屏幕截图 2023-11-16 145214.jpg (49.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

b97-3c初始时刻受力

b97-3c初始时刻受力

屏幕截图 2023-11-16 145834.jpg (52.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

b3lyp-d3/6-311g**初始时刻受力

b3lyp-d3/6-311g**初始时刻受力

b3lypd3_6-311g.inp

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b97-3c.inp

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test.mdrestart

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move.zip

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发表于 Post on 2023-11-16 16:22:48 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,学生是量化菜鸟,由于信息检索能力和学习能力有限,闭门造车效果很差,只能论坛提问。
主题:想计算4-溴酚(C6H5BrO)在水中的吉布斯自由能
问题:查看了sob老师的帖子(http://sobereva.com/327)《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》,并按照最后计算环氧乙烷的教程计算出4-溴酚的自由能,最后算出Gibbs自由能为-2880Hartree,比我预期小很多,我想知道我是否操作有问题。
1.对溴酚进行优化和振动分析,关键词B3LYP/6-311G* em=GD3BJ opt freq scrf(SMD),把第一个输出文件保存为gif文件供后面3个计算
2.计算单点能,关键词B2PLYPD3/def2TZVP geom=allcheck
3.计算气相下的单点能,关键词M052X/6-31G* geom=allcheck
4.计算水中的单点能,关键词M052X/6-31G* scrf(SMD) geom=allcheck
5.12相加算出气相下的自由能,34相减算出溶解自由能,然后两者相加再加上1.89kcal/mol
高斯版本是16W A.03 win64),%mem=1000MB
附上四个输出文件



4bp-1.out

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4bp-2.out

29.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

4bp-3.out

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4bp-4.out

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4bp-1.gjf

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发表于 Post on 2023-11-16 17:01:02 | 只看该作者 Only view this author
junemu 发表于 2023-11-16 09:22
各位老师好,学生是量化菜鸟,由于信息检索能力和学习能力有限,闭门造车效果很差,只能论坛提问。主题:想 ...

你预期是多少?为什么预期这个数?
仔细阅读http://sobereva.com/620了解怎么正确地提问题
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-11-16 19:57:28 | 只看该作者 Only view this author
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各位老师好,使用限制性优化找过渡态。结果有两个虚频,请问怎样消除虚频?

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发表于 Post on 2023-11-16 20:50:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-16 17:01
你预期是多少?为什么预期这个数?
仔细阅读http://sobereva.com/620了解怎么正确地提问题

老师您好,这是我第一次发帖,可能缺乏经验
我想表达的是我师兄计算的邻苯二酚的自由能仅为-383Hartree,4-溴酚的结构与邻苯二酚类似,但我计算出的自由能为-2880Hartree,相差如此之大,现在我在纠结:①是否是因为我的化学知识贫乏,其实溴酚的自由能确实是这么小;②我的计算确实有问题,只是以我的水平难以检查出来

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-17 01:10:58 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-11-16 19:57
各位老师好,使用限制性优化找过渡态。结果有两个虚频,请问怎样消除虚频?

这种体系,限制性优化顶多帮你确定一个合适的过渡态初猜,怎么可能直接用来找过渡态。有虚频再正常不过
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-17 01:13:15 | 只看该作者 Only view this author
junemu 发表于 2023-11-16 20:50
老师您好,这是我第一次发帖,可能缺乏经验
我想表达的是我师兄计算的邻苯二酚的自由能仅为-383Hartree ...

化学组成不同的体系间的绝对能量完全没有可比性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-17 01:21:37 | 只看该作者 Only view this author
chenlon 发表于 2023-11-16 15:53
各位老师,我用ORCA的AIMD计算两个氩原子的碰撞轨迹,发现两个不同精度水平(b97-3c和b3lyp-d3/6-311g**) ...

6-311g**太糙

建议你对比一下不同级别的势能面(势能面扫描得到),以CCSD(T)/aug-cc-pVQZ + counterpoise作为参照,谁好用谁,并且不要仅拘泥于这两个级别。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-17 01:24:18 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-11-16 11:26
sob老师好,我拜读了您的http://sobereva.com/462《使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校 ...

这个问题用Dalton计算最可靠,参看Chem. Rev. 2017, 117, 6500−6537相关讨论
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发表于 Post on 2023-11-17 01:46:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-17 01:10
这种体系,限制性优化顶多帮你确定一个合适的过渡态初猜,怎么可能直接用来找过渡态。有虚频再正常不过

是的老师,我就是用来找过渡态的初猜。去掉限制后优化过渡态直接跑成了Michael加成,而不是D-A反应。按理说这个反应应该能找到D-A的过渡态吧。
我想问的是这里面有两个虚频,是我画的结构不合理吗?有没有办法消掉一个,然后再去找过渡态。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-17 02:22:15 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2023-11-17 01:46
是的老师,我就是用来找过渡态的初猜。去掉限制后优化过渡态直接跑成了Michael加成,而不是D-A反应。按理 ...

绝对不要把“确定过渡态的初猜”说成“找过渡态”,完全是两码事

当前有俩显著的虚频,说明当前结构根本什么都不是,作为过渡态初猜都是不合理的。即便你按照虚频试图移动结构消除了一个,也未必能得到你想找的过渡态的合适的初猜

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发表于 Post on 2023-11-17 08:54:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-17 01:21
6-311g**太糙

建议你对比一下不同级别的势能面(势能面扫描得到),以CCSD(T)/aug-cc-pVQZ + counterp ...

好的,谢谢老师!

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