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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-11-17 11:33:24 | 只看该作者 Only view this author
请问ORCA算SOC,out文件会输出实部和虚部,SOCME是不是就是这6个数的平方求和再开平方 ,不用除3
而Dalton算SOC,则是像http://bbs.keinsci.com/thread-21164-1-1.html这篇帖子中所说的三个分量的平方先除3再开方,是这样吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-17 12:44:09 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2023-11-17 11:33
请问ORCA算SOC,out文件会输出实部和虚部,SOCME是不是就是这6个数的平方求和再开平方,不用除3
而Dalton ...

Dalton直接就能给你S0-Tn之间的振子强度,比如

  Phosphorescence - length gauge / mean field spin-orbit integrals:
Oscillator strength (/2PI)     (AMFI)    1.340244E-06
Dipole strength [a.u.]         (AMFI)    6.160339E-05
Dipole strength E-40 [esu**2 cm**2]      3.979871E+00
Total transition rate          (AMFI)    3.791880E+03 s-1
Total phosphorescence lifetime (AMFI)    2.637214E-04 s

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-11-17 21:12:21 | 只看该作者 Only view this author
junemu 发表于 2023-11-16 13:50
老师您好,这是我第一次发帖,可能缺乏经验
我想表达的是我师兄计算的邻苯二酚的自由能仅为-383Hartree ...

一般量化软件算出来的能量、自由能的零点,取的是把所有电子、原子核都分离到无穷远的假象状态。所以你多加一个溴,要把能量变成0,就要把溴的所有电子(包括内层电子)都要电离掉,这自然会花费极其多的能量。反过来讲,就是你多加一个溴原子会让能量低很多。自由能也一样。
做科研切忌只看结果的相似性而不思考原因。如果像你现在这样,本来结果没问题误以为有问题,倒是小事;要是本来结果有问题,但因为和师兄的结果很接近而误以为没问题,那问题就大了。像现在这个问题,只要复习一下能量零点的定义,很容易自己找到原因。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2023-11-18 10:58:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-17 21:12
一般量化软件算出来的能量、自由能的零点,取的是把所有电子、原子核都分离到无穷远的假象状态。所以你多 ...

我理解了,谢谢老师指点!

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发表于 Post on 2023-11-18 11:02:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-17 01:13
化学组成不同的体系间的绝对能量完全没有可比性

谢谢老师,我化学基础有些薄弱

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发表于 Post on 2023-11-18 13:34:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2023-11-18 14:13 编辑

老师您好。求总的转移量可以是”通过原子电荷加和来得到片段在复合物中的净电荷,再与此片段在孤立状态下的净电荷求差值,就直接知道了形成复合物过程中从此片段转移走了多少电子“。以Co(H2O)6为例,是不是可以计算这个配合物的二价Co原子的电荷,再与2相减?

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发表于 Post on 2023-11-18 16:54:35 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-11-18 06:34
老师您好。求总的转移量可以是”通过原子电荷加和来得到片段在复合物中的净电荷,再与此片段在孤立状态下的 ...

可以,但注意恰当选取计算原子电荷的方法,例如不能用Mulliken、Lowdin电荷
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-11-21 09:21:45 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我想请教一下,对于反应物和过渡态都有多个构象的反应,我应该如何求速率常数呢?可以简单地将Eyring方程中的活化自由能换成Boltzmann平均的活化自由能吗(即过渡态的Boltzmann平均自由能减去反应物的Boltzmann平均自由能)?是否需要考虑其他因素呢?

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发表于 Post on 2023-11-21 10:40:34 | 只看该作者 Only view this author
请问,我想优化含碘的有机物,我该选什么基组和泛函呢,我之前优化结构选的都是M062x/6-31+g(d),或者b3lyp/6-31g(d,p)

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发表于 Post on 2023-11-21 10:48:03 | 只看该作者 Only view this author
wanwan5339 发表于 2023-11-21 10:40
请问,我想优化含碘的有机物,我该选什么基组和泛函呢,我之前优化结构选的都是M062x/6-31+g(d),或者b3lyp ...

M062X/def2SVP

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发表于 Post on 2023-11-21 10:52:44 | 只看该作者 Only view this author

好滴,非常感谢

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发表于 Post on 2023-11-21 17:42:22 | 只看该作者 Only view this author

你好,我今天用这个基组优化结构,但是一直报错,请问能帮我看一下吗?关键词是
%chk=diatrizoate.chk
%nprocshared=12
%mem=2GB
# opt freq M062X/def2SVP scrf=(solvent=water)
输出的log文件的末尾提示
%chk=diatrizoate.chk
%nprocshared=12
Will use up to   12 processors via shared memory.
%mem=2GB
---------------------------------------------
# opt freq M062X/def2SVP scrf=(solvent=water)
---------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# opt freq M062X/def2SVP scrf=(solvent=w
                  '
Last state="GCL"
TCursr= 1046 LCursr=   17
Error termination via Lnk1e in /usr/local//g09/l1.exe at Tue Nov 21 17:29:23 2023.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  6.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    192 Int=      0 D2E=      0 Chk=     32 Scr=     32

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发表于 Post on 2023-11-21 21:00:50 | 只看该作者 Only view this author
wanwan5339 发表于 2023-11-21 17:42
你好,我今天用这个基组优化结构,但是一直报错,请问能帮我看一下吗?关键词是
%chk=diatrizoate.chk
% ...

语法没问题,报语法错误说明你高斯版本太低了,没有内置def2系列基组
要么升级高斯版本到G09 B.01以后,要么按照此贴处理
http://bbs.keinsci.com/thread-2451-1-1.html
http://sobereva.com/60

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发表于 Post on 2023-11-21 21:37:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wanwan5339 于 2023-11-21 21:45 编辑
sai77 发表于 2023-11-21 21:00
语法没问题,报语法错误说明你高斯版本太低了,没有内置def2系列基组
要么升级高斯版本到G09 B.01以后, ...

大佬,真的感谢,终于运行起来了

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发表于 Post on 2023-11-21 22:26:34 | 只看该作者 Only view this author
MercuryLamp 发表于 2023-11-21 02:21
老师们好,我想请教一下,对于反应物和过渡态都有多个构象的反应,我应该如何求速率常数呢?可以简单地将Ey ...

不行,需要考虑构象熵的贡献,参见Chem. Sci., 2021, 12, 6551
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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