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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-28 04:17:32 | 只看该作者 Only view this author
LeePanda 发表于 2025-8-27 20:18
请问,第一次使用Linux系统(Ubantu 22.04)安装Gaussian,第一次计算任务就出现“terminated with an erro ...

那叫Ubuntu不叫Ubantu

这种问题一律看输出文件里的具体提示,最好直接上传输出文件,别只看末尾的一行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-8-28 09:22:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-28 03:52
原理上需要考虑
如果完全没有旋轨耦合,会一直走透热路径

感谢sob老师

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发表于 Post on 2025-8-28 10:39:09 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,最近在使用Gaussian16做NMR图谱,注意到您在帖子(《revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择》http://sobereva.com/623)中提到的计算级别,想请问一下该计算级别在Gaussian输入文件中的正确书写方式应该如何书写?或是可以从哪里查到?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-28 11:34:20 | 只看该作者 Only view this author
yjk369983454 发表于 2025-8-28 10:39
sob老师好,最近在使用Gaussian16做NMR图谱,注意到您在帖子(《revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好 ...
文中第4节都写明了

第12届开始的北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)讲NMR计算的部分也给了大量例子(很多都是revTPSS/pcSseg-1算的)和深入得多的讲解
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发表于 Post on 2025-8-28 12:13:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 KCM@SHU 于 2025-8-28 12:14 编辑
sobereva 发表于 2025-8-27 08:06
如果用的结构模型正确、计算级别合理、该考虑的问题都考虑了(如溶剂效应)等,说明就是如此,但建议做个 ...

老师我进行柔性势能扫描后,发现能量一直在升高,但是我看RMS变化过程中存在一个最高点,最高点的构型刚好和我猜测的过渡态构型相似,这个结果是不是可以说明过渡态的存在呢?然后我用这个构型作为初猜,用TS方法进行过渡态计算,发现会报错,然后提高步数加入recalc等命令后可以正常优化结束,但是TS计算优化结果的构型又变回初始构型了,老师我想问一下这一现象能说明什么问题吗?是说明初猜不太准?还是说可能泛函基组选择不太好导致偏差较大?# PBE1PBE/6-311+G** opt=(recalc=5,maxcyc=60,noeigen,TS,GDIIS) em=gd3bj,这是TS计算时候选用的泛函和基组设置

202508281214193793..png (16.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-28 12:16:20 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2025-8-28 12:13
老师我进行柔性势能扫描后,发现能量一直在升高,但是我看RMS变化过程中存在一个最高点,最高点的构型刚 ...

看的是有没有能量极大点,而不是有没有RMS梯度模极大点
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发表于 Post on 2025-8-28 14:53:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-28 11:34
文中第4节都写明了

第12届开始的北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)讲NMR计算 ...

okk,谢谢sob老师,之前看帖子没看全,已经解决了

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发表于 Post on 2025-8-28 16:50:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-28 12:16
看的是有没有能量极大点,而不是有没有RMS梯度模极大点

好的老师,我想问一下这种过渡态一直找不到是不是可以尝试着跑一下从头算分子动力学看看有哪些转化路径,有没有参考价值呀?

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发表于 Post on 2025-8-28 17:15:40 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2025-8-28 16:50
好的老师,我想问一下这种过渡态一直找不到是不是可以尝试着跑一下从头算分子动力学看看有哪些转化路径, ...

跑AIMD有一定意义,但是意义不在于解决找不到过渡态的问题。以下几种情况跑AIMD比较有用:
(1)不仅不知道反应路径,连反应路径的可能性都列举不出来的时候,此时跑AIMD可以帮助你列举可能的反应路径,但只能列举能垒很低的反应路径,除非你把温度设得很高;
(2)有至少两条没有过渡态的反应路径,要比较两者的速率,此时可以跑AIMD统计产物比例。
但你的问题是已知反应路径而找不到过渡态,除非你属于(2)的情况,否则跑AIMD意义不大
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-29 06:01:21 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2025-8-28 16:50
好的老师,我想问一下这种过渡态一直找不到是不是可以尝试着跑一下从头算分子动力学看看有哪些转化路径, ...

对于反应机理、反应路径已经明确的情况,跑AIMD大多不会得到比柔性扫描更多的信息,还更耗时、更折腾
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发表于 Post on 2025-8-29 19:02:33 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想用Gaussian16计算银离子Ag+和两正庚苯分子形成配合物的结合能(自由能),首先对这种配合物进行opt freq计算,按照sob老师对于过渡金属配合物计算的相关教学,以下是我的输入文件和输出文件,结果提示我输入文件有问题。我对照了sob老师给出的例子和论坛其他人的案例,觉得我的输入文件格式应该没问题。我觉得是否是我构建的配合物结构有问题,但这样会直接提示我输入文件有问题而直接报错吗?

1.png (33.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

1.png

Ag-heptylbenzene0.gjf

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Ag-heptylbenzene0.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-30 05:15:43 | 只看该作者 Only view this author
Cuper-x 发表于 2025-8-29 19:02
老师好,我想用Gaussian16计算银离子Ag+和两正庚苯分子形成配合物的结合能(自由能),首先对这种配合物进 ...

lanl2TZ不是自带的,去BSE拷定义
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发表于 Post on 2025-8-30 23:48:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-8-28 17:15
跑AIMD有一定意义,但是意义不在于解决找不到过渡态的问题。以下几种情况跑AIMD比较有用:
(1)不仅不 ...

好的,谢谢老师,我再试试

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发表于 Post on 2025-8-31 20:57:49 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian作业报错

本帖最后由 wqm 于 2025-8-31 21:27 编辑

各位老师,请教一下,我的Gaussian作业报错显示如图 ,这是什么原因导致的呢,输入作业如图

1tvo_VII_1_2.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-31 21:04:24 | 只看该作者 Only view this author
wqm 发表于 2025-8-31 20:57
各位老师,请教一下,我的Gaussian作业报错显示如图,这是什么原因导致的呢,输入作业如图

上传完整输出文件

另外,
别写毫无意义的noraman,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

初学者别随便盲目设大maxcyc,仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

opt freq不建议用SMD,而且结合M06更是自找容易难收敛和出虚频,下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html


绝大多数情况的opt freq目的,用6-31+G*远不如用6-311G*
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