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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-9-4 19:09:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-4 19:05
都不说是什么反应,问对不对没意义
2-t1-recalc-freq-smd.log里的虚频明显只是个骨架运动的虚频,根本不 ...

可能是我没有表述清楚,不好意思老师,就是分子内构型转化的一个过程,应该算不上反应。就是a构型转动二面角(4 9 6 15号原子构成),变成顺式的结构

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-4 19:20:06 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-4 19:09
可能是我没有表述清楚,不好意思老师,就是分子内构型转化的一个过程,应该算不上反应。就是a构型转动二 ...

凡是你觉得可能是你要的虚频,就直接跑IRC,能跑通就算对
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-9-4 22:01:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 〇66 于 2025-9-4 22:17 编辑
sobereva 发表于 2025-9-4 19:20
凡是你觉得可能是你要的虚频,就直接跑IRC,能跑通就算对

谢谢老师回复,跑IRC是不是需要使用calcfc计算初始的Hessian,但是我这个用calcfc找不到过渡态,关键词可以写为
#p IRC=(recalc=5,maxpoints=20)  b3lyp/6-31g(d) em=gd3 scrf=(smd,solvent=toluene) 这样吗?
放在用recalc=5算出来的chk文件目录下。

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发表于 Post on 2025-9-4 22:11:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NHX 于 2025-9-5 05:33 编辑

各位老师好,目前在算一个锕系离子A+和气体B生成C和D的反应,其中A+基态是八重态,气体B的基态是单重态,所以整个反应路径的自旋多重度应该是8,生成的应当是八重态的C的单重态的D,但是我发现产物单体C的基态是六重态,D的基态是单重态,我想是反应过程发生了自旋翻转,于是我计算了能量第二低的六重态A+和B的势能面,发现得到的产物是E和F(此时E应当是五重态,F是双重态),并不会生成C和D。

想请教一下各位老师:1.既然六重态的A+和B生成的都不是C和D,那么C和D的产生应该就不是反应路径中从八重态势能面变到六重态势能面所导致的,那么为什么八重态的A+和单重态的B会生成六重态的C和单重态的D呢?
                                2.我还发现八重态的A+和单重态的B存在另一条路径会和六重态势能面交叉后走六重态势能面生成产物E和F。我想算此时的产物复合物E-F解离成产物单体E和F的键解离能,但是E单体的基态是七重态,那么我此时优化片段E的时候自旋多重度应该设置5还是7呢?

本人基础不太好,有理解错误的地方希望老师指出,谢谢各位老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-5 11:35:48 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-4 22:01
谢谢老师回复,跑IRC是不是需要使用calcfc计算初始的Hessian,但是我这个用calcfc找不到过渡态,关键词可 ...

跑IRC必须提供初始的Hessian,要么calcfc直接计算Hessian,要么用rcfc从之前的chk里读Hessian(而且必须对应当前结构下当前计算级别产生的Hessian)
“calcfc找不到过渡态”语义不明,和当前也没任何联系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-5 11:36:54 | 只看该作者 Only view this author
NHX 发表于 2025-9-4 22:11
各位老师好,目前在算一个锕系离子A+和气体B生成C和D的反应,其中A+基态是八重态,气体B的基态是单重态,所 ...

这种相对复杂的问题建议单独发主题
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发表于 Post on 2025-9-5 12:47:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-5 11:36
这种相对复杂的问题建议单独发主题

感谢sob老师回复,我重新整理了一下发了新主题,希望sob老师能够指教http://bbs.keinsci.com/thread-55574-1-1.html

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发表于 Post on 2025-9-6 11:23:17 | 只看该作者 Only view this author

对不同元素使用不同基组赝势在进行高斯结构优化时为什么出现“想要浮点数”的报错.

求求大佬帮忙解答一下,以下为具体输入文件内容

%mem=10GB
%nprocshared=8
%chk=7.chk
#p opt=(calcfc,cartesian,notrustupdate,gediis) freq(readiso) b3lyp/genecp em=gd3 iop(1/8=50)


7


0 1
Ti                 0.99433700    1.57716000    1.95385000
C                  0.87745600    2.88296000    3.85072000
C                  2.24698000    3.24493000    3.25609000
C                  3.12937000    1.98918000    3.29915000
C                  2.29117000    0.84462500    3.89399000
C                  0.88019300    1.37907000    4.20076000
C                  4.63656000    1.93708000    2.99000000
C                  2.68774000    4.64519000    2.79298000
C                 -0.37775100    3.77152000    3.77005000
C                  2.78102000   -0.59314800    4.14435000
Si                -0.70148900    0.30269600    3.95945000
N                 -0.95303400    1.31562000    2.37135000
C                 -2.08848000    0.44234100    5.30818000
C                 -0.23764900   -1.53443000    3.54311000
C                  1.22994000    3.00227000    0.52885000
C                  1.77633000   -0.18895900    1.33152000
C                 -1.87302000    0.75601800    1.31250000
C                 -3.30057000    0.68054900    1.88698000
C                 -1.41611000   -0.64848700    0.87510000
C                 -1.86835000    1.70389000    0.09738040
H                  4.79138000    1.64329000    1.89955000
H                  5.13532000    1.16732000    3.66704000
H                  5.09631000    2.96341000    3.17732000
H                  2.50988000    4.74286000    1.67103000
H                  3.79604000    4.78860000    3.01778000
H                  2.07978000    5.43606000    3.34475000
H                 -1.29949000    3.11907000    3.61392000
H                 -0.27235500    4.49293000    2.89362000
H                 -0.48930700    4.36193000    4.73857000
H                  2.68662000   -1.19840000    3.18305000
H                  2.14378000   -1.07293000    4.95877000
H                  3.87162000   -0.57014500    4.47554000
H                 -2.31602000    1.54142000    5.50609000
H                 -1.73192000   -0.05172410    6.27184000
H                 -3.03135000   -0.08130970    4.93852000
H                  0.57013200   -1.55114000    2.74004000
H                 -1.16268000   -2.07742000    3.15675000
H                  0.14811200   -2.05421000    4.48155000
H                  0.68308900    2.68236000   -0.41916500
H                  0.79764500    3.98753000    0.90564200
H                  2.33982000    3.13551000    0.30527000
H                  1.21775000   -0.54542000    0.40369100
H                  1.67001000   -0.96187600    2.16176000
H                  2.88080000   -0.04930430    1.08636000
H                 -3.31426000   -0.01424910    2.79067000
H                 -4.01102000    0.28078700    1.09015000
H                 -3.63529000    1.72280000    2.20550000
H                 -2.12507000   -1.04116000    0.07347080
H                 -1.43337000   -1.35394000    1.77005000
H                 -0.35889800   -0.59619600    0.45195800
H                 -0.81724600    1.76951000   -0.33916600
H                 -2.20689000    2.74167000    0.42602800
H                 -2.58223000    1.30591000   -0.69718900


407.15 29.61


C H Si N 0
6-31G(d,p)
****
Ti 0
S    1   1.00
      4.3720000              1.0000000
S    1   1.00
      1.0980000              1.0000000
S    1   1.00
      0.4178000              1.0000000
S    1   1.00
      0.0872000              1.0000000
S    1   1.00
      0.0314000              1.0000000
P    1   1.00
     12.5200000              1.0000000
P    1   1.00
      1.4910000              1.0000000
P    1   1.00
      0.4859000              1.0000000
P    1   1.00
      0.0530000              1.0000000
P    1   1.00
      0.0160000              1.0000000
D    3   1.00
     20.2100000              0.0341682
      5.4950000              0.1710005
      1.6990000              0.4405849
D    1   1.00
      0.4840000              1.0000000
D    1   1.00
      0.1157000              1.0000000
****


TI 0
TI-ECP     2     10
d potential
  3
1    265.3263909            -10.0000000
2     47.7687815            -51.8427816
2     11.8903334             -9.1429145
s-d potential
  5
0     81.4730696              3.0000000
1     72.6496724             19.4825579
2     31.8128213            207.3349279
2      6.1664468            235.6744501
2      5.8268347           -166.8784387
p-d potential
  5
0     50.2966943              5.0000000
1     63.5089754              5.5348822
2     26.0996084            177.8419384
2      5.6022573            107.4207153
2      5.2171069            -71.9065902


服务器.out文件报错信息为
Wanted a floating point number as input.
Found a string as input.
C H Si N 0
?
Error termination via Lnk1e in /public/software/g16/l101.exe at Sat Sep  6 11:13:03 2025.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.2 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      1
The job was finished at 2025年 09月 06日 星期六 11:13:03 CST



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发表于 Post on 2025-9-6 12:05:20 | 只看该作者 Only view this author
把genecp和readiso额外输入对调一下位置试试
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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发表于 Post on 2025-9-6 14:49:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-5 11:35
跑IRC必须提供初始的Hessian,要么calcfc直接计算Hessian,要么用rcfc从之前的chk里读Hessian(而且必须 ...

“calcfc找不到过渡态”的意思是说当时用opt=(calcfc,ts,noeigen,cartesian)这个关键词找到的过渡态总是振荡,后面改用 opt=(recalc=5,ts,noeigen,cartesian)这个关键词以后才成功找到了过渡态。


老师,我找irc总是报错l1,不知道是哪里出了问题
%oldchk=2-t1.chk
%chk=2-t1-irc.chk
#p IRC=(recalc=5,maxpoints=20) b3lyp/6-31g(d) em=gd3 scrf=(smd,solvent=toluene)

2

0 1


我已经将跑irc的输入输出文件和过渡态的fchk文件(chk太大了,自己跑的时候目录下有找到的过渡态的chk文件)上传,方便的话老师可以麻烦看看说一下我的错误在哪里吗?谢谢老师。


2.rar (6.45 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-6 15:30:31 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-6 14:49
“calcfc找不到过渡态”的意思是说当时用opt=(calcfc,ts,noeigen,cartesian)这个关键词找到的过渡态总是 ...

坐标都没有,又没写geom=check
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发表于 Post on 2025-9-6 16:01:39 | 只看该作者 Only view this author
高斯优化TS时的特征值检测是完全没有意义吗?我算了那么多过渡态,没有一个是能够不写noeigentest就能找到相应过渡态结构的,少则一步,多则10来步就会报特征值数错误。
如果随意画的结构基本都过不了特征值检测,那为什么不把noeigentest作为默认值,而是每次都要写关键字呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-6 16:26:36 | 只看该作者 Only view this author
xuziwen 发表于 2025-9-6 11:23
求求大佬帮忙解答一下,以下为具体输入文件内容

%mem=10GB

Gaussian输入文件一律作为gjf上传,别直接贴内容,否则空行数可能显示不对,而Gaussian对空行数又非常敏感

不建议用readiso,直接用temperature和pressure指定多好
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-6 16:28:45 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2025-9-6 16:01
高斯优化TS时的特征值检测是完全没有意义吗?我算了那么多过渡态,没有一个是能够不写noeigentest就能找到 ...

Gaussian开发者自己的问题,默认设置不当。Gaussian的默认设置的合理性已经整体算不错了(除了此例外),比起CP2K默认设置的合理性已经强太多了
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发表于 Post on 2025-9-6 16:39:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-6 15:30
坐标都没有,又没写geom=check

原来是这样,我以为写oldchk的时候就可以不用写坐标了,不知道geom=check。太感谢老师了。

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