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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-8-31 21:18:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-31 21:04
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另外,

老师,这是输出作业

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发表于 Post on 2025-8-31 23:09:22 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想请问一下,有没有什么办法证明一个有机分子的构型不存在呢?我现在在计算一个构型的时候,大概就是想看看H原子会不会通过氢键从A原子上转移到B上,现在过度态试过找不到,然后柔性扫描也没有看到能量最高点,然后H原子在A上结构优化可以成功,但是H原子放B上结构优化要么不成功,要么每次成功但是结构变回A结构,我想问一下这种情况有么没有什么办法证明构型B不存在呢?比如说计算什么参数可以说明B这种构型不存在,可以量化一下他

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-1 06:59:45 | 只看该作者 Only view this author
wqm 发表于 2025-8-31 21:18
老师,这是输出作业

基于最后一步重新算,计算级别改成B3LYP-D3(BJ)/6-311G*

这体系用M06完全不可思议,没事别随便用M06,仔细看此文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-1 07:01:51 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2025-8-31 23:09
各位老师我想请问一下,有没有什么办法证明一个有机分子的构型不存在呢?我现在在计算一个构型的时候,大概 ...

用合理的初始结构、合理的计算级别、充分考虑溶剂效应等需要考虑的情况下,结合较小步长上限若优化不出对应的极小点,就直接可以证明不存在。也可以做势能面扫描展现势能面特征更进一步说明原因
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发表于 Post on 2025-9-1 08:27:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-1 06:59
基于最后一步重新算,计算级别改成B3LYP-D3(BJ)/6-311G*

这体系用M06完全不可思议,没事别随便用M06, ...

老师,我主要是算Sum of electronic and zero-point Energies,之前用的B3LYP,但审稿人说“B3LYP 不适用于非键相互作用计算。许多泛函在非键相互作用上的表现优于 B3LYP,包括 M06、omega-B97xD、XYG3 等”。所以我尝试用M06,这体系不能用M06的话,该换其他什么呢

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发表于 Post on 2025-9-1 10:33:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-1 07:01
用合理的初始结构、合理的计算级别、充分考虑溶剂效应等需要考虑的情况下,结合较小步长上限若优化不出对 ...

opt=(recalc=5,maxcyc=60) freq 6-311+g(2df,2pd) m062x,老师我是用这个计算参数算的,因为主要是气体反应,所以我没考虑溶剂效应,这个计算级别会不会有问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 09:13:18 | 只看该作者 Only view this author
wqm 发表于 2025-9-1 08:27
老师,我主要是算Sum of electronic and zero-point Energies,之前用的B3LYP,但审稿人说“B3LYP 不适用 ...

好好看此文
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-2 09:13:44 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2025-9-1 10:33
opt=(recalc=5,maxcyc=60) freq 6-311+g(2df,2pd) m062x,老师我是用这个计算参数算的,因为主要是气体反 ...

没明显问题。但也可以尝试wB97XD。如果体系较小,也可以用B2PLYP-D3(BJ)双杂化
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发表于 Post on 2025-9-2 16:09:00 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,我想问一下如何用pyscf实现Hartree-Fock和FCI,要求是“只用 pyscf 的 mol class 和积分库,自己写 SCF 的流程”,不能直接用内置的函数

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发表于 Post on 2025-9-2 19:10:58 | 只看该作者 Only view this author
过渡态用calcfc优化不出来,总是不收敛,所以采用recalc=5进行优化,
请问这样算出来的能量能直接与反应物的能量横向求差得到反应能垒吗?
过渡态优化关键词:
#p opt=(ts,recalc=5,noeigen,cartesian) freq b3lyp/6-31g(d) em=gd3 scrf=(smd,solvent=toluene)
反应物优化关键词:
#p opt freq b3lyp em=GD3 6-31g(d) scrf=(smd,solvent=toluene)

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-3 10:33:37 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-2 19:10
过渡态用calcfc优化不出来,总是不收敛,所以采用recalc=5进行优化,
请问这样算出来的能量能直接与反应物 ...

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发表于 Post on 2025-9-3 11:36:26 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2025-9-3 13:17:59 | 只看该作者 Only view this author
178ia 发表于 2025-9-2 16:09
老师你好,我想问一下如何用pyscf实现Hartree-Fock和FCI,要求是“只用 pyscf 的 mol class 和积分库,自己 ...

课程作业问题自行解决,不要指望别人替你解决
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-9-4 14:42:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 〇66 于 2025-9-4 14:46 编辑

1.zip (685.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
老师可以帮忙看看找到的过渡态是对的吗。这个过渡态虚频的振动方向是合理的,但是虚频只有不到-30,而且按这样直接减的方式来计算,ΔE大概有10eV,ΔG有20多eV,感觉不太合理。
我简单做了一个势能面扫描,限制二面角的角度不变做优化,每20°扫一次,最高的点也就1.几eV。
应该怎么改善解决呢?谢谢老师


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-4 19:05:03 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-4 14:42
老师可以帮忙看看找到的过渡态是对的吗。这个过渡态虚频的振动方向是合理的,但是虚频只有不到-30,而 ...

都不说是什么反应,问对不对没意义
2-t1-recalc-freq-smd.log里的虚频明显只是个骨架运动的虚频,根本不对应于任何反应
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