老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错答疑专帖

pkuchemistry

sobereva 发表于 2024-12-13 12:25
我前面都使劲强调了，别管什么文件，只管所有被include的文件全都展开后都有什么字段，这么简单的事怎么就 ...

sob老师不要着急，错误的提示是unk.tpr中的问题，我展开了unk.tpr文件，发现atomtypes是在moleculetypes之前的，如图，这应该可以的吧？

sobereva

pkuchemistry 发表于 2024-12-13 12:52
sob老师不要着急，错误的提示是unk.tpr中的问题，我展开了unk.tpr文件，发现atomtypes是在moleculetypes ...

连itp和tpr都分不清

第一句话不是你该说的

sobereva

暖身贴 发表于 2024-12-13 12:51
您好，我按照官网教程（蛋白配体复合物教程）模拟我自己的复合物，我使用的是amber99力场，sobtop生成了配 ...

以后别再问这种问题，1L已我说得明确得没法更明确

并且别管那叫官网教程，根本就不是官网，看http://bbs.keinsci.com/thread-48043-1-1.html

暖身贴

sobereva 发表于 2024-12-13 14:50
以后别再问这种问题，1L已我说得明确得没法更明确

并且别管那叫官网教程，根本就不是官网，看http://b ...

感谢老师的回复，我接触这一块没多久，想请问老师，方不方便分享一下您说的1L，学生在哪可以找到，我非常想学习

Uus/pMeC6H4-/キ

暖身贴 发表于 2024-12-16 11:04
感谢老师的回复，我接触这一块没多久，想请问老师，方不方便分享一下您说的1L，学生在哪可以找到，我非常 ...

在右上角或者右下角有选择帖子显示页码的按钮，点1回到第一页看最顶上右边标1#的楼层不就是1L了……

原来你的问题单独发了一帖，但因为这个问题过于常见而被合并到答疑专帖了，现在1楼的楼主就是社长，解决方法也说得很明确了。

暖身贴

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-16 11:25
在右上角或者右下角有选择帖子显示页码的按钮，点1回到第一页看最顶上右边标1#的楼层不就是1L了……

...

是的是的，非常感谢您

NGC626

各位老师好，我想模拟碳纳米管和一种叫做PFO的聚合物分子在甲苯中发生相互作用的分子动力学，PFO的聚合度为3，我尝试按照这篇帖子中的方法http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html，把toluene.itp文件内的[atomtypes]内容剪切到了PFO3.itp中，但是依然报错，请问应该如何修改itp文件呢？

第一步：

gmx editconf -f CNT86.10.gro -o CNT_box.gro -d 1               ;构建盒子

第二步：

gmx insert-molecules -f CNT_box.gro -ci PFO3.gro -o CNTPFO.gro -nmol 3    ;向盒子中插入3个PFO3，输出命名为CNTPFO.gro

第三步：

gmx insert-molecules -f CNTPFO.gro -ci toluene.gro -o CNTPFO_toluene.gro -nmol 600    ;向CNTPFO.gro盒子中插入600个toluene分子，输出命名为CNTPFO_toluene.gro

第四步：修改top文件

#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"

#include "CNT86.10.itp"

#include "PFO3.itp"

#include "toluene.itp"

[ system ]

CNT86.10 and PFO in toluene

[ molecules ]

CNT86.10     1

PFO3            3

toluene        600

et2ac

所有itp的[atomtypes]都剪到top的[ defaults ]后面并且重复的删掉应该就不报错了，itp都是sobtop生成的话不需要amber99的文件
不过首先这PFO结构不对吧。。

NGC626

et2ac 发表于 2024-12-17 00:36
所有itp的[atomtypes]都剪到top的[ defaults ]后面并且重复的删掉应该就不报错了，itp都是sobtop生成的话不 ...

谢谢老师，我是将聚合物的单体做优化后，直接在gview里复制粘贴的，请问在插入盒子之前还需要再对聚合物做一次优化吗？

et2ac

NGC626 发表于 2024-12-17 16:50
谢谢老师，我是将聚合物的单体做优化后，直接在gview里复制粘贴的，请问在插入盒子之前还需要再对聚合物 ...

我意思是你这根本不是PFO，你再查查PFO长啥样

NGC626

et2ac 发表于 2024-12-17 17:00
我意思是你这根本不是PFO，你再查查PFO长啥样

老师您好，这是我之前查到的文献中PFO的结构，之后我在PubChem数据库中下载了单体的sdf文件https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/16213863

haizei

student0618 发表于 2024-6-30 20:18
http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

Try to use the search function of this forum, this i ...

如何调整呢

王肖索

Seyilaxa 发表于 2024-8-22 00:37
VEM.itp的[atomtypes]出现在了HPMCAS.itp的[molecular type]之后
把两个文件的[atomtypes]字段合并后，放 ...

老师问一下合并是
[ atomtypes ]
; name   at.num      mass       charge   ptype     sigma (nm)    epsilon (kJ/mol)
n4           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
c3           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    4.577296E-01
c            6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
o            8    15.999405    0.000000    A      2.959922E-01    8.786400E-01
ca           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
oh           8    15.999405    0.000000    A      3.066473E-01    8.803136E-01
hx           1     1.007941    0.000000    A      1.959977E-01    6.568880E-02
hc           1     1.007941    0.000000    A      2.649533E-01    6.568880E-02
ha           1     1.007941    0.000000    A      2.599642E-01    6.276000E-02
ho           1     1.007941    0.000000    A      0.000000E+00    0.000000E+00
hn           1     1.007941    0.000000    A      1.069078E-01    6.568880E-02
n            7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
h1           1     1.007941    0.000000    A      2.471353E-01    6.568880E-02

[ atomtypes ]
; name   at.num      mass       charge   ptype     sigma (nm)    epsilon (kJ/mol)
p5          15    30.973762    0.000000    A      3.741775E-01    8.368000E-01
;c3           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    4.577296E-01
;os           8    15.999405    0.000000    A      3.000012E-01    7.112800E-01
;o            8    15.999405    0.000000    A      2.959922E-01    8.786400E-01
c2           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
n2           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
n1           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
cc           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
;c            6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
nc           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
na           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
UF_H         1     1.007941    0.000000    A      2.571134E-01    1.840960E-01
h5           1     1.007941    0.000000    A      2.421463E-01    6.276000E-02
h4           1     1.007941    0.000000    A      2.510553E-01    6.276000E-02
;h1           1     1.007941    0.000000    A      2.471353E-01    6.568880E-02
还是
[ atomtypes ]
; name   at.num      mass       charge   ptype     sigma (nm)    epsilon (kJ/mol)
n4           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
c3           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    4.577296E-01
c            6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
o            8    15.999405    0.000000    A      2.959922E-01    8.786400E-01
ca           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
oh           8    15.999405    0.000000    A      3.066473E-01    8.803136E-01
hx           1     1.007941    0.000000    A      1.959977E-01    6.568880E-02
hc           1     1.007941    0.000000    A      2.649533E-01    6.568880E-02
ha           1     1.007941    0.000000    A      2.599642E-01    6.276000E-02
ho           1     1.007941    0.000000    A      0.000000E+00    0.000000E+00
hn           1     1.007941    0.000000    A      1.069078E-01    6.568880E-02
n            7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
h1           1     1.007941    0.000000    A      2.471353E-01    6.568880E-02
p5          15    30.973762    0.000000    A      3.741775E-01    8.368000E-01
;c3           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    4.577296E-01
;os           8    15.999405    0.000000    A      3.000012E-01    7.112800E-01
;o            8    15.999405    0.000000    A      2.959922E-01    8.786400E-01
c2           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
n2           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
n1           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
cc           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
;c            6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
nc           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
na           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
UF_H         1     1.007941    0.000000    A      2.571134E-01    1.840960E-01
h5           1     1.007941    0.000000    A      2.421463E-01    6.276000E-02
h4           1     1.007941    0.000000    A      2.510553E-01    6.276000E-02
;h1           1     1.007941    0.000000    A      2.471353E-01    6.568880E-02
这样的呢？

Seyilaxa

王肖索 发表于 2025-1-22 17:55
老师问一下合并是
[ atomtypes ]
; name   at.num      mass       charge   ptype     sigma (nm)     ...

都可以，把重复出现的行备注掉或者删掉就行

王肖索

Seyilaxa 发表于 2025-1-22 21:02
都可以，把重复出现的行备注掉或者删掉就行

好的，谢谢解答