计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

  [复制链接 Copy URL]

370

帖子

7

威望

3489

eV
积分
3999

Level 5 (御坂)

406#
发表于 Post on 2023-8-7 14:11:33 | 只看该作者 Only view this author
社长您好。请问molclus可以限制所得构象的某个键长吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

407#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-7 20:55:19 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2023-8-7 14:11
社长您好。请问molclus可以限制所得构象的某个键长吗?

如果是指在优化过程中限制一个键的键长保持不变,settings.ini设置freeze把这两个原子位置冻结就行了,是等价的

如果是想以内坐标形式在Gaussian优化中冻结不止一个键,可以在template.gjf里加入opt=modredundant以及坐标末尾后的冻结设置。不过我没实测过兼容性,如果不行的话我再看看

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
Freeman + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

125

帖子

0

威望

2897

eV
积分
3022

Level 5 (御坂)

408#
发表于 Post on 2023-8-14 14:51:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 MercuryLamp 于 2023-8-15 11:35 编辑

卢老师,我在用1.10版本的Molclus时,设置settings.ini中ibkout= -1让其读取之前备份好文件中的数据时,出现了这样的一个报错
  1.                          *** Configuration     1  ***
  2. Current date: 2023-08-15   Time: 14:47:06
  3. Loading geometry         1 from the inputted trajectory file
  4. gau00001.out exists and ibkout=-1, so directly load data from it
  5. Running: cp -fgau00001.out gau.out
  6. cp: invalid option -- 'g'
  7. Try 'cp --help' for more information.
  8. forrtl: No such file or directory
  9. forrtl: severe (29): file not found, unit 10, file /home/molclus/gau.out
  10. Image              PC                Routine            Line        Source
  11. molclus            000000000041D9BB  Unknown               Unknown  Unknown
  12. molclus            00000000004381B0  Unknown               Unknown  Unknown
  13. molclus            000000000040B59D  Unknown               Unknown  Unknown
  14. molclus            0000000000404422  Unknown               Unknown  Unknown
  15. libc.so.6          0000152D0CE3FEB0  Unknown               Unknown  Unknown
  16. libc.so.6          0000152D0CE3FF60  __libc_start_main     Unknown  Unknown
  17. molclus            0000000000404329  Unknown               Unknown  Unknown
复制代码
我感觉问题应该出在 Running: cp -fgau00001.out gau.out,但这个好像没有源代码的话也修改不了,麻烦您有空帮忙看一下,谢谢老师。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

409#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-15 03:29:35 | 只看该作者 Only view this author
MercuryLamp 发表于 2023-8-14 14:51
卢老师,我在用1.10版本的Molclus时,设置settings.ini中ibkout= -1让其读取之前备份好文件中的数据时,出 ...

1.10后来重新更新过,不会有这个问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

125

帖子

0

威望

2897

eV
积分
3022

Level 5 (御坂)

410#
发表于 Post on 2023-8-15 12:28:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 MercuryLamp 于 2023-8-16 14:14 编辑
sobereva 发表于 2023-8-15 03:29
1.10后来重新更新过,不会有这个问题

谢谢老师,更新后就没有这个问题了,但还有一个问题想要请教一下您。
如果我将settings.ini设置为:
  1.   iprog= 1  // The computational code to invoke. 1: Gaussian, 2: MOPAC, 3: ORCA, 4: xtb, 5: Open Babel
  2.   ngeom= 20  // Geometries in traj.xyz to be considered. 0: All, n: First n. You can also use e.g. 2,5-8,12-14 to customize range
  3.   itask= 3  // Type of task. 0: Optimization, 1: Single point energy, 2: Frequency, 3: Optimization with frequency, -1: Composite method (only for Gaussian, e.g. CBS-QB3)
  4.   ibkout= -1  // When backup output file. 0: Never, 1: All, 2: Successful tasks, 3: Failed tasks, -1: If backup file exists, directly loading  rather than calculating (only available for Gaussian and ORCA)
复制代码

而当前文件夹下存在gaussian的优化/频率计算文件gau00001.out和orca单点计算的文件orcaSP00001.out,此时执行./molclus并不会读取orcaSP00001.out中的能量,只会读取gau00001.out中的数据来计算自由能。
如果当前文件夹下还有template_SP.inp文件的话,则会根据template_SP.inp重新计算单点能。不知能不能让其跟正常计算时一样,读取orcaSP00001.out的单点能和gau00001.out的自由能校正来计算自由能呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

411#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-17 18:52:15 | 只看该作者 Only view this author
MercuryLamp 发表于 2023-8-15 12:28
谢谢老师,更新后就没有这个问题了,但还有一个问题想要请教一下您。
如果我将settings.ini设置为:

主页上更新了Molclus 1.11版:

2023-Aug-17:1.11版发布
• 改进了settings.ini里ibkout=-1时的处理:对于且当前目录下有template_SP.inp或template_SP.gjf而自动调用ORCA或Gaussian自动算单点时,如果发现当前目录下有以前备份好的相应文件(如orcaSP00002.out、gauSP00005.out),则Molclus会直接读里面的数据而不会重新计算。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
MercuryLamp + 5 GJ!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

125

帖子

0

威望

2897

eV
积分
3022

Level 5 (御坂)

412#
发表于 Post on 2023-8-17 18:53:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-17 18:52
主页上更新了Molclus 1.11版:

2023-Aug-17:1.11版发布

非常感谢老师

2

帖子

0

威望

205

eV
积分
207

Level 3 能力者

413#
发表于 Post on 2023-9-26 23:53:12 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,使用VMD分析cluster.xyz多帧数据的时候,如何在结构下方显示当前帧的编号和RMSD参数呢?

202309262348352840..png (20.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 75)

202309262348352840..png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

414#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-27 03:58:19 | 只看该作者 Only view this author
Donec 发表于 2023-9-26 23:53
请问老师,使用VMD分析cluster.xyz多帧数据的时候,如何在结构下方显示当前帧的编号和RMSD参数呢?

利用北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里提供的我写的这个VMD脚本


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

205

eV
积分
207

Level 3 能力者

415#
发表于 Post on 2023-9-27 11:34:23 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师!!

513

帖子

0

威望

4378

eV
积分
4891

Level 6 (一方通行)

truffle

416#
发表于 Post on 2023-11-18 21:21:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我想咨询下“3.6 高精度单点能计算”中,“删掉原先的traj.xyz,把上一节得到的cluster.xyz改名为traj.xyz”是否有笔误?好像上一节结构优化得到的结构文件是isomers.xyz
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

417#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-19 01:25:01 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2023-11-18 21:21
Sob老师好,我想咨询下“3.6 高精度单点能计算”中,“删掉原先的traj.xyz,把上一节得到的cluster.xyz改名 ...

isostat处理isomers.xyz后会得到cluster.xyz,我是指这个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

513

帖子

0

威望

4378

eV
积分
4891

Level 6 (一方通行)

truffle

418#
发表于 Post on 2023-11-19 02:00:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-19 02:25
isostat处理isomers.xyz后会得到cluster.xyz,我是指这个

啊是我理解错了,感谢~
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

8

帖子

0

威望

173

eV
积分
181

Level 3 能力者

419#
发表于 Post on 2023-11-29 11:45:43 | 只看该作者 Only view this author
太感谢Sob老师了

35

帖子

0

威望

244

eV
积分
279

Level 3 能力者

420#
发表于 Post on 2024-3-10 21:17:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ligninpyrolysis 于 2024-3-10 21:21 编辑

sob老师好,我正在使用molclus调用MOPAC做几何优化,如图所示,运行了一段时间,一直没变化,isomers.xyz里面也是空白,这种情况是正在运行呢,还是MOPAC调用失败没进行下去呢?



本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-17 07:19 , Processed in 0.217136 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list