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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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发表于 Post on 2024-9-29 20:05:53 | 只看该作者 Only view this author
请教下,我想计算质谱真空高温环境下,环糊精与一个药物分子结合后由于结合了一个阳离子,导致环糊精又结合了一个药物分子,形成很大的柔性体系,我怎么得到它们的能量最低构型,该体系主要是氢键。我用xtb跑动力学先得到了环糊精与一个药物的构型了,以及加合一个阳离子的构型,但是再加入药物分子,体系太大,有什么好的方法?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-30 01:32:12 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-9-29 20:05
请教下,我想计算质谱真空高温环境下,环糊精与一个药物分子结合后由于结合了一个阳离子,导致环糊精又结合 ...

药物分子有大有小,没有具体信息没法建议
小的药物分子即便加上了,动力学照样跑得动
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-10-1 12:15:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-30 01:32
药物分子有大有小,没有具体信息没法建议
小的药物分子即便加上了,动力学照样跑得动

XTb里面跑动力学原理与Ms里面利用Forcite模块进行动力学退火,NVE,NVT后跑动力学有差别吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-1 23:40:30 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-10-1 12:15
XTb里面跑动力学原理与Ms里面利用Forcite模块进行动力学退火,NVE,NVT后跑动力学有差别吗?

动力学运动方程都一样,牛顿运动方程
但计算受力的方法截然不同

“退火,NVE,NVT” 几乎所有动力学程序都能做
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发表于 Post on 2024-11-12 10:29:11 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我这边有一个有机化合物晶体,里面有若干个分子但是原子顺序不同,图省事想用isostat判断有几个几何结构不等价的分子并归簇,所以自己做了一个isomers.xyz文件,里面每帧是晶胞里的一个完整分子,能量是B3LYP/def2-SVP算的。最后isostat归簇结果是合理的,4个分子被分成了2组不等价的分子,每组2个。但是cluster.xyz里面第2个分子的几何结构完全不对,请问是这种情况不适合么?谢谢老师! mistake_files.zip (50.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2024-11-12 10:56:49 | 只看该作者 Only view this author
运行不出来 请问老师有没有视频类的资源

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-12 11:03:01 | 只看该作者 Only view this author
jyl2 发表于 2024-11-12 10:56
运行不出来 请问老师有没有视频类的资源

有问题具体问
帖子已经说得没法更清楚了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-12 11:34:21 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2024-11-12 10:29
老师好,我这边有一个有机化合物晶体,里面有若干个分子但是原子顺序不同,图省事想用isostat判断有几个几 ...

isostat读的原子名是来自于第一帧的,而坐标是相应各帧的,导致你的这种特殊情况下cluster.xyz里原子名和坐标顺序不一致
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发表于 Post on 2024-11-12 12:57:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-12 11:34
isostat读的原子名是来自于第一帧的,而坐标是相应各帧的,导致你的这种特殊情况下cluster.xyz里原子名和 ...

谢谢老师,我手动找出这个簇所用的原先分子序号,将这个分子的原子名替换上去就可以了。请问老师未来程序会考虑支持我这种情况么?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-12 13:10:28 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2024-11-12 12:57
谢谢老师,我手动找出这个簇所用的原先分子序号,将这个分子的原子名替换上去就可以了。请问老师未来程序 ...

目前没打算考虑专门支持
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sobereva 发表于 2024-11-12 13:10
目前没打算考虑专门支持

明白,谢谢老师!

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发表于 Post on 2024-11-29 17:13:36 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想跑关于氮化铬和氮化二铬的团簇,但是他们都带有氢键,请问该如何处理

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发表于 Post on 2024-11-29 18:06:54 | 只看该作者 Only view this author
FDGDF 发表于 2024-11-29 10:13
老师您好,我想跑关于氮化铬和氮化二铬的团簇,但是他们都带有氢键,请问该如何处理

发帖格式不符合论坛要求,按http://sobereva.com/620的要求补全背景信息后,我们再回答
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-2 05:00:44 | 只看该作者 Only view this author
FDGDF 发表于 2024-11-29 17:13
老师您好,我想跑关于氮化铬和氮化二铬的团簇,但是他们都带有氢键,请问该如何处理

问题不明不白
这哪有氢键
给出具体结构
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发表于 Post on 2025-4-1 01:12:56 | 只看该作者 Only view this author
模仿分子构象搜索实例时遇到了问题:
按照步骤进行最后一步模拟时,显示
vlimit exceeded for step      0; vmax = **********

     Coordinate resetting (SHAKE) cannot be accomplished,
     deviation is too large
     NITER, NIT, LL, I and J are :      0      1     16     41     42

     Note: This is usually a symptom of some deeper
     problem with the energetics of the system.

初学者对amber不熟悉,

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