NAMD-xtb QM/MM interface

sobereva

harrypotty18 发表于 2018-3-13 19:04
请教下楼主，能够分享下xtb的程序么？

直接写信找Grimme要

霜晨月

楼主你好，试用了您的脚本，但总是失败，原因是NAMD运行时总是提示
Traceback (most recent call last):
  File "/FD332/data/test-xtb/test-xtb/namd_xtb_interface.py", line 201, in <module>
    run_qmmm(sys.argv[1], useless)
  File "/FD332/data/test-xtb/test-xtb/namd_xtb_interface.py", line 188, in run_qmmm
    convert_input(directory, xtbxyz, xtbpcfile)
  File "/FD332/data/test-xtb/test-xtb/namd_xtb_interface.py", line 113, in convert_input
    element, coor, pcharge = read_namdinput(namdinput)
  File "/FD332/data/test-xtb/test-xtb/namd_xtb_interface.py", line 71, in read_namdinput
    element[line_count - 2] = atom_data[3]
IndexError: list index out of range
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation.

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation.

请问是不是python脚本的其他部分还需要自行修改啊？谢谢


我的NAMD输入文件的QM部分是这样写的：
qmForces        on
qmParamPDB     "qm.pdb"
qmColumn        "beta"
qmBondColumn    "occ"  # 我的PDB里面，QM与MM区域之间没有连键
qmBaseDir  "/dev/shm/xtb_1"
qmSoftware      "custom"
qmExecPath     "/home/soft/namd2.12/namd_xtb_interface.py"
QMOutStride     1
QMPositionOutStride     1

namd_xtb_interface.py里面：
# the complete directory of xtb program
XTBDIR = r'/home/soft/xtb/xtb'
# the charge of each independent QM part
QMCHARGE = [0]

运行命令是namd2 +p6 qm.conf > qm.log

fhh2626

霜晨月 发表于 2018-5-5 01:09
楼主你好，试用了您的脚本，但总是失败，原因是NAMD运行时总是提示
Traceback (most recent call last):
...

Python本身应该不需要改啥了，你可以把跑模拟所需要的文件发给我，我在这里运行一下看看是什么问题
对了，看这个错误像是你用了老版本的namd，老版本的namd QM/MM interface有个bug，你用nightly版本的试试

霜晨月

fhh2626 发表于 2018-5-5 09:08
Python本身应该不需要改啥了，你可以把跑模拟所需要的文件发给我，我在这里运行一下看看是什么问题
对了 ...

您好，刚刚发到您的Gmail邮箱了，谢谢

霜晨月

fhh2626 发表于 2018-5-5 09:08
Python本身应该不需要改啥了，你可以把跑模拟所需要的文件发给我，我在这里运行一下看看是什么问题
对了 ...

这个用的就是2018-05-04 nightly版本

fhh2626

霜晨月 发表于 2018-5-5 09:52
这个用的就是2018-05-04 nightly版本

你qm.pdb文件缺失了标记元素类型的那一列，那一列对于常规动力学来说没什么用，但是QM/MM会用到，我把改过的文件发给你了（我只把qm部分的那一列补充上，应该正常了）

PS：我这里xtb最新版不知为何，无法读取pcharge文件，建议用老版本

霜晨月

fhh2626 发表于 2018-5-5 10:52
你qm.pdb文件缺失了标记元素类型的那一列，那一列对于常规动力学来说没什么用，但是QM/MM会用到，我把改 ...

谢谢您。用您改过的PDB文件之后，没有原来的问题了。但GFN2-XTB确实存在问题，提示找不到charge文件，所以改用老版XTB了。（老XTB居然code expired，还得改系统时间。但放到超算上总不能改系统时间吧？。。。。）

现在的新问题是：运行一开始，要么出现内存分配问题
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: Memory allocation failed on processor 0.
Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: Memory allocation failed on processor 0.
Aborted (core dumped)


要么就是
Segmentation fault (core dumped)
LOG文件内容：
TCL: Running for 50000 steps
Info: List of ranks running QM simulations: 0.
QMENERGY:       0         1.0000    -49050.3871    -48968.3852

Info: Writing QM charge output at step 0
Info: Writing QM position output at step 0
PRESSURE: 0 1053.28 -37.7348 26.0203 -37.7283 1250.77 154.509 25.9997 154.537 1642.65
GPRESSURE: 0 1071.8 -39.6311 32.9195 -14.7416 1267.41 231.204 108.713 89.5823 1672.21
ETITLE:      TS           BOND          ANGLE          DIHED          IMPRP               ELECT            VDW       BOUNDARY           MISC        KINETIC               TOTAL           TEMP      POTENTIAL         TOTAL3        TEMPAVG            PRESSURE      GPRESSURE         VOLUME       PRESSAVG      GPRESSAVG

QMETITLE:      TS           QMID         ENERGY  PMECORRENERGY

ENERGY:       0       841.0952      2360.0901       917.4689       215.8561        -105882.1412      8709.1101         0.0000    -48968.3852     20209.7332        -121597.1727       307.2600   -141806.9060   -121520.6904       307.2600           1315.5673      1337.1416    347830.6652      1315.5673      1337.1416

OPENING EXTENDED SYSTEM TRAJECTORY FILE
QMENERGY:       1         1.0000    -49055.1470    -48973.4483

Info: Writing QM charge output at step 1
Info: Writing QM position output at step 1
后面就没了。看上去应该是第1步算完QM之后，算MM的时候出了问题。（但第0步是正常的）

pyscf

问题：你的electronic embedding是怎么考虑的？xtb支持外加点电荷吗？（没有考虑的话你这个只是 mechanical embedding)

fhh2626

pyscf 发表于 2018-7-19 19:21
问题：你的electronic embedding是怎么考虑的？xtb支持外加点电荷吗？（没有考虑的话你这个只是 mechanical ...

支持啊

pyscf

我在xtb的手册里没找到 可以告诉我怎么整吗？谢谢

jackieiii

想问一下楼主，用NAMD做完QM/MM优化后，可以在Gaussian里面跑QM/MM计算吗？

fhh2626

jackieiii 发表于 2019-8-19 11:24
想问一下楼主，用NAMD做完QM/MM优化后，可以在Gaussian里面跑QM/MM计算吗？

不明白你的意思，只要你想，随时可以用NAMD做QM/MM模拟，也随时可以用Gaussian做QM/MM优化

大石头

楼主你好，我刚做QM-MM遇到一些问题解决不了，想请教一下。。请问可以给个联系方式吗

大石头

楼主您好，我在运行NAMD计算QM/MM的时候总是提示错误
TCL: Minimizing for 200 steps
Info: List of ranks running QM simulations: 0.
ERROR: Could not find QM output file!
FATAL ERROR: (unknown error): No such file or directory
请问这个大概是什么原因？

tjuptz

请问老师，这个接口  1、注释说明支持qmElecEmbed，但config不用写这个对吧？
2、支持qmChargeMode从xtb计算结果往回更新QM区电荷吗？
就是想问是否NAMD里QM/MM的config相关策略选项都支持