NAMD-xtb QM/MM interface

xukw

请问付博士，使用上面的脚本做QM/MM，并使用和colvas做增强采样，会报如下的错：。实在找不到原因
Info: List of ranks running QM simulations: 0.
colvars: Updating NAMD interface:
colvars: updating atomic data (0 atoms).
colvars: updating group data (2 scalable groups, 2 atoms in total).
colvars: updating grid object data (0 grid objects in total).
colvars: Re-initialized atom group for variable "rc1":0/0. 1 atoms: total mass = 1.008, total charge = 0.
colvars: Re-initialized atom group for variable "rc1":0/1. 1 atoms: total mass = 12.01, total charge = 0.
colvars: The restart output state file will be "meta.restart.colvars.state".
colvars: The final output state file will be "meta.colvars.state".
colvars: Synchronizing (emptying the buffer of) trajectory file "meta.colvars.traj".
QMENERGY:       0         1.0000  -1625138.2464  -1624282.2267

PRESSURE: 0 -4710.75 -48.3662 -112.559 -48.4165 -4877.13 -337.297 -112.571 -337.239 -4273.76
GPRESSURE: 0 -4673.11 -32.949 -115.562 -48.5328 -4835.91 -334.633 -124.677 -346.389 -4187.52
ETITLE:      TS           BOND          ANGLE          DIHED          IMPRP               ELECT            VDW       BOUNDARY           MISC        KINETIC               TOTAL           TEMP      POTENTIAL         TOTAL3        TEMPAVG            PRESSURE      GPRESSURE         VOLUME       PRESSAVG      GPRESSAVG

QMETITLE:      TS           QMID         ENERGY  PMECORRENERGY

ENERGY:       0       341.5874      1274.5170      5463.4951         0.0000        -233233.7149     25424.7116         0.0000  -1624282.2267      2294.3551       -1822717.2753        20.0582  -1825011.6305  -1822716.5631        20.0582          -4620.5478     -4565.5094    604504.0000     -4620.5478     -4565.5094

OPENING EXTENDED SYSTEM TRAJECTORY FILE
QMENERGY:       1         1.0000  -1625143.1247  -1624284.9724

OwnerBox::close() - close called, but closeCount 0 openCount -1OwnerBox::close() - close called, but closeCount 0 openCount -1
Segmentation fault (core dumped)

xukw

付博士您好，用xtb描述QM区，是不是就不能使用colvars模块QM区进行增强采样了，我用NAMD_Git-2025-01-10_Linux-x86_64-multicore，对QM区原子用C-C距离作为CV进行 metadynamics时，cv一直在平衡距离波动，势阱超过30 kcal/mol还没跳出来，是不是目前的版本中colvars没法对QM区产生影响呢

fhh2626

xukw 发表于 2025-3-29 17:46
付博士您好，用xtb描述QM区，是不是就不能使用colvars模块QM区进行增强采样了，我用NAMD_Git-2025-01-10_Li ...

可以的。可能是MtD采样太慢了

DwyaneWan

Fu老师，如果想要只用XTB opt 对结构进行优化，是否只需要把MD的步数调整成一，然后xtb部分加上opt的关键词呢？

fhh2626

DwyaneWan 发表于 2025-11-22 04:40
Fu老师，如果想要只用XTB opt 对结构进行优化，是否只需要把MD的步数调整成一，然后xtb部分加上opt的关键词 ...

用NAMD的minimize命令