NAMD-xtb QM/MM interface

xukw · 发表于 Post on 2025-3-29 17:46:31

付博士您好，用xtb描述QM区，是不是就不能使用colvars模块QM区进行增强采样了，我用NAMD_Git-2025-01-10_Linux-x86_64-multicore，对QM区原子用C-C距离作为CV进行 metadynamics时，cv一直在平衡距离波动，势阱超过30 kcal/mol还没跳出来，是不是目前的版本中colvars没法对QM区产生影响呢

fhh2626 · 发表于 Post on 2025-3-31 11:24:33

xukw 发表于 2025-3-29 17:46
付博士您好，用xtb描述QM区，是不是就不能使用colvars模块QM区进行增强采样了，我用NAMD_Git-2025-01-10_Li ...

可以的。可能是MtD采样太慢了

DwyaneWan · 发表于 Post on 2025-11-22 04:40:37

Fu老师，如果想要只用XTB opt 对结构进行优化，是否只需要把MD的步数调整成一，然后xtb部分加上opt的关键词呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2025-11-26 15:06:51

DwyaneWan 发表于 2025-11-22 04:40
Fu老师，如果想要只用XTB opt 对结构进行优化，是否只需要把MD的步数调整成一，然后xtb部分加上opt的关键词 ...

用NAMD的minimize命令

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[程序/脚本开发] NAMD-xtb QM/MM interface