NAMD-xtb QM/MM interface

fhh2626

tjuptz 发表于 2020-8-16 22:52
请问老师，这个接口  1、注释说明支持qmElecEmbed，但config不用写这个对吧？
2、支持qmChargeMode从xtb计 ...

qmElecEmbed应该要设成on
会的，应该是都支持

tjuptz

fhh2626 发表于 2020-8-16 23:01
qmElecEmbed应该要设成on
会的，应该是都支持

谢谢老师，我学一下namd，感觉入门比gromacs复杂一点

tjuptz

老师您好，我在Linux下运行，报错如下

1. Info: List of ranks running QM simulations: 0.
   
2. abnormal termination of xtb
   
3. Traceback (most recent call last):
   
4.   File "/job/qmmmtest/namd_xtb.py", line 201, in <module>
   
5.     run_qmmm(sys.argv[1], useless)
   
6.   File "/job/qmmmtest/namd_xtb.py", line 191, in run_qmmm
   
7.     convert_output(xtbcharges, xtbgrad, namdoutput)
   
8.   File "/job/qmmmtest/namd_xtb.py", line 169, in convert_output
   
9.     energy, info = read_xtboutput(xtboutput_charge, xtboutput_grad)
   
10.   File "/job/qmmmtest/namd_xtb.py", line 123, in read_xtboutput
    
11.     with open(charge_file, 'r') as charge:
    
12. FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/job/qmmmtest/0/charges'
    
13. FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation.
    
14. FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation.
    
15. [Partition 0][Node 0] End of program
    

复制代码

请问这是没有xtb运行没有产生chrages文件吗？
另外，我在Windows10下也安了xtb6.3.3和namd，python3.7，不过好像不行。

fhh2626

tjuptz 发表于 2020-11-22 14:37
老师您好，我在Linux下运行，报错如下请问这是没有xtb运行没有产生chrages文件吗？
另外，我在Windows10下 ...

像是charges文件的路径没设对，你对应找找

tjuptz

fhh2626 发表于 2020-11-22 22:06
像是charges文件的路径没设对，你对应找找

我是在config文件里qmbasedir   /job/qmmmtest[这里设的工作目录，也没有其他位置设定

fhh2626

tjuptz 发表于 2020-11-22 23:38
我是在config文件里qmbasedir   /job/qmmmtest[这里设的工作目录，也没有其他位置设定

你试试这里的最新版本
https://github.com/fhh2626/NAMD-xtb-QMMM-interface

tjuptz

fhh2626 发表于 2020-11-23 00:03
你试试这里的最新版本
https://github.com/fhh2626/NAMD-xtb-QMMM-interface

最新版可以了，谢谢老师。应该是xtb调用命令的问题

Chris——szk

老师您好，我想问一下为什么会一直出现如下报错呢，经过检验文件脚本路径上的设置应该没有问题
Info: CREATING 763 COMPUTE OBJECTS
Info: Startup phase 13 took 0.0010412 s, 67.0078 MB of memory in use
Info: Startup phase 14 took 4.4e-05 s, 67.0078 MB of memory in use
Info: Startup phase 15 took 6.36e-05 s, 71.6992 MB of memory in use
Info: Finished startup at 0.501107 s, 71.6992 MB of memory in use

TCL: Minimizing for 100 steps
Info: List of ranks running QM simulations: 0.
sh: 1: /home/szk/namd_xtb.py: not found
FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation.
FATAL ERROR: Error running command for QM forces calculation.
[Partition 0][Node 0] End of program

tjuptz

fu老师，我最近学习用namd做模拟，它的configuration文件中可以写protocol，我想利用psfgen在模拟中间删减原子并修改连接关系，好像psfgen自己并不带修改连接关系的command，请问能不用VMD直接在psfgen里实现类似VMD的topotools插件中修改拓扑的功能嘛？如果实在还是调用VMD方便的话，如何在conf文件中调用VMD脚本呢？不用bash shell是否可行？

fhh2626

tjuptz 发表于 2021-12-4 22:16
fu老师，我最近学习用namd做模拟，它的configuration文件中可以写protocol，我想利用psfgen在模拟中间删减 ...

不太懂你的意思，做好PSF再开始模拟有什么阻碍吗

tjuptz

fhh2626 发表于 2021-12-7 10:05
不太懂你的意思，做好PSF再开始模拟有什么阻碍吗

老师，我的意思是想比如模拟2ns，中间停下来修改psf里的连接关系，之后再跑2ns，如此循环。这样可以实现交联类似反应的过程。我目前学习了下好像psfgen没有直接修改键连关系的命令。需要自己写脚本定义这样的命令吗

fhh2626

tjuptz 发表于 2021-12-7 10:23
老师，我的意思是想比如模拟2ns，中间停下来修改psf里的连接关系，之后再跑2ns，如此循环。这样可以实现 ...

psfgen应该是不能这样做，断裂一个键不仅仅和这个键有关，相连的各种键的参数甚至原子的非键参数都要变，只有用QM/MM做比较合理

tjuptz

fhh2626 发表于 2021-12-7 15:56
psfgen应该是不能这样做，断裂一个键不仅仅和这个键有关，相连的各种键的参数甚至原子的非键参数都要变， ...

好的，谢谢老师。另外请问下namd里面哪种热浴方式可以像gromacs 一样分组控温啊，我看手册没找到

fhh2626

tjuptz 发表于 2021-12-7 22:31
好的，谢谢老师。另外请问下namd里面哪种热浴方式可以像gromacs 一样分组控温啊，我看手册没找到

应该是不行的

tjuptz

fhh2626 发表于 2021-12-9 13:22
应该是不行的

谢谢您，这个还蛮重要的，期待后续加入该功能。