NAMD-xtb QM/MM interface

CasDonkin

付老师您好，我最近在使用您的NAMD/xtb interface在QM(GFN2-xtb)/MM(Charmm36m)级别下计算酶催化过程，根据前人报道，其中一步由一个亲核进攻和一个质子转移协同发生，请问colvars是否能正确地在QM/MM中处理2个CV，描绘二维反应自由能面吗？在使用NAMD作为QM/MM的interface时，1维的PMF比较常见，在此请教付老师，提前向您表示感谢

fhh2626

CasDonkin 发表于 2024-4-16 10:15
付老师您好，我最近在使用您的NAMD/xtb interface在QM(GFN2-xtb)/MM(Charmm36m)级别下计算酶催化过程，根据 ...

可以的。Colvars是描述几何/集合变量的方法，和使用QM还是MM本身不直接相关

CasDonkin

付老师您好，我最近打算尝试使用您的Interface在QM(GFN2-xtb)/MM(Charmm36m)级别下计算活性位点含过渡金属的酶催化过程，类似于下文：https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.1c10200。

我在阅读了您的脚本后，发现您的脚本中并未通过设置--uhf 选项加入单电子数的设置。根据我的理解，我是否可以在脚本中run_qmmm()函数部分的subprocess.call([XTBDIR, xtbxyz, '--grad', '--chrg', str(QMCHARGE[qmpart]), '--gfn', str(GFNVER)], stdout = outputRedirect, stderr = outputRedirect) 中加入'---uhf ' 选项即可运行计算，而无需其他改动？（如对六重态Mn2+设置为uhf = 5，对于单重态和三重态的Ni2+分别设置uhf为0或2）

提前向您表示感谢

fhh2626

CasDonkin 发表于 2024-7-25 18:17
付老师您好，我最近打算尝试使用您的Interface在QM(GFN2-xtb)/MM(Charmm36m)级别下计算活性位点含过渡金属 ...

可以的

po390

付老师,您好,您的namd-xtb脚本非常好用帮我解决了不少问题,非常感谢!
不过使用中我遇到一个问题,发现无论xtb都是单核在跑(虽然对我的单核的速度也够用了),namd如何可以多核去调用xtb?
NAMD2.14和3.0都试过,都是单核去调用xtb,无法多核调用(设置多核环境变量都无效果).
其实,之前在用namd提供的mopac interface同样存在类似的问题.
这个是否是NAMD本身的限制?

fhh2626

po390 发表于 2024-9-21 17:15
付老师,您好,您的namd-xtb脚本非常好用帮我解决了不少问题,非常感谢!
不过使用中我遇到一个问题,发现无论x ...

你是不是看错了，默认xtb使用所有的核心跑的(top可以看到xtb线程占用超过100%的CPU)，要设置
export OMP_NUM_THREADS=<ncores>,1
环境变量才能更改核心数。

po390

fhh2626 发表于 2024-9-21 21:12
你是不是看错了，默认xtb使用所有的核心跑的(top可以看到xtb线程占用超过100%的CPU)，要设置
export OMP ...

谢谢老师的提醒!
之前已经设置过,但还是无法多核运行xtb,
不过老师的话提醒了我,我发现是我个人使用习惯的问题,我在运行namd时加上+setcpuaffinity 导致运行时xtb无法多核,去掉之后就可以了,
不过为啥+setcpuaffinity的影响会这里?

yjb

付老师，我用NAMD+ORCA，用BFEE2做了预处理，跑一个蛋白配体的构象翻转过程。现在遇到QM区域缺失元素类型的问题。一个是orca的报错，一个是qm区域的坐标选择。

fhh2626

yjb 发表于 2024-12-5 15:45
付老师，我用NAMD+ORCA，用BFEE2做了预处理，跑一个蛋白配体的构象翻转过程。现在遇到QM区域缺失元素类型的 ...

NAMD的QM/MM有点怪，需要PDB最右边一列显式指定元素类型，缺失原子类型是这个原因

fhh2626

yjb 发表于 2024-12-5 15:45
付老师，我用NAMD+ORCA，用BFEE2做了预处理，跑一个蛋白配体的构象翻转过程。现在遇到QM区域缺失元素类型的 ...

NAMD的QM/MM有点怪，需要PDB最右边一列显式指定元素类型，缺失原子类型是这个原因

fhh2626

yjb 发表于 2024-12-5 15:45
付老师，我用NAMD+ORCA，用BFEE2做了预处理，跑一个蛋白配体的构象翻转过程。现在遇到QM区域缺失元素类型的 ...

NAMD的QM/MM有点怪，需要PDB最右边一列显式指定元素类型，缺失原子类型是这个原因

yjb

fhh2626 发表于 2024-12-6 09:31
NAMD的QM/MM有点怪，需要PDB最右边一列显式指定元素类型，缺失原子类型是这个原因

谢谢付老师，现在出现一个新的问题，QM-MM bonds的设置出现了问题，可以在哪里找到参考资料吗？

fhh2626

yjb 发表于 2024-12-6 13:27
谢谢付老师，现在出现一个新的问题，QM-MM bonds的设置出现了问题，可以在哪里找到参考资料吗？

这个得看看官方文档了

yjb

谢谢付老师，解决了。

xukw

请问付博士，使用上面的脚本做QM/MM，并使用和colvas做增强采样，会报如下的错：。实在找不到原因
Info: List of ranks running QM simulations: 0.
colvars: Updating NAMD interface:
colvars: updating atomic data (0 atoms).
colvars: updating group data (2 scalable groups, 2 atoms in total).
colvars: updating grid object data (0 grid objects in total).
colvars: Re-initialized atom group for variable "rc1":0/0. 1 atoms: total mass = 1.008, total charge = 0.
colvars: Re-initialized atom group for variable "rc1":0/1. 1 atoms: total mass = 12.01, total charge = 0.
colvars: The restart output state file will be "meta.restart.colvars.state".
colvars: The final output state file will be "meta.colvars.state".
colvars: Synchronizing (emptying the buffer of) trajectory file "meta.colvars.traj".
QMENERGY:       0         1.0000  -1625138.2464  -1624282.2267

PRESSURE: 0 -4710.75 -48.3662 -112.559 -48.4165 -4877.13 -337.297 -112.571 -337.239 -4273.76
GPRESSURE: 0 -4673.11 -32.949 -115.562 -48.5328 -4835.91 -334.633 -124.677 -346.389 -4187.52
ETITLE:      TS           BOND          ANGLE          DIHED          IMPRP               ELECT            VDW       BOUNDARY           MISC        KINETIC               TOTAL           TEMP      POTENTIAL         TOTAL3        TEMPAVG            PRESSURE      GPRESSURE         VOLUME       PRESSAVG      GPRESSAVG

QMETITLE:      TS           QMID         ENERGY  PMECORRENERGY

ENERGY:       0       341.5874      1274.5170      5463.4951         0.0000        -233233.7149     25424.7116         0.0000  -1624282.2267      2294.3551       -1822717.2753        20.0582  -1825011.6305  -1822716.5631        20.0582          -4620.5478     -4565.5094    604504.0000     -4620.5478     -4565.5094

OPENING EXTENDED SYSTEM TRAJECTORY FILE
QMENERGY:       1         1.0000  -1625143.1247  -1624284.9724

OwnerBox::close() - close called, but closeCount 0 openCount -1OwnerBox::close() - close called, but closeCount 0 openCount -1
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