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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-11 13:26:56 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-10-11 09:35
非常感谢老师的回复,感恩!
是的,这是自由基体系,多酚与自由基的反应。
我用B3LYP/6-31G*级别以及M0 ...

你在B3LYP/6-31G*下结合PCM溶剂模型找找过渡态再试试。

如果你之前找到的那个过渡态虚频模式正确,IRC跑到产物很正常啊
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-10-11 14:55:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-11 13:26
你在B3LYP/6-31G*下结合PCM溶剂模型找找过渡态再试试。

如果你之前找到的那个过渡态虚频模式正确,IRC ...

我的,我再用老师说的方法试试。

第二个问题我的意思是:过渡态的虚频模式正确,但是跑irc的时候没跑出来,才跑三个点就显示Normal termination,可能是过渡态的定位精度不够,于是我就把过渡态的最终结构拿出来,加上calcall想精确定位过渡态,结果过渡态就没有找到了,才走了两步氢原子就直接连到产物上去了。

再次感谢sob老师的答复,谢谢!

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发表于 Post on 2016-10-11 15:51:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-11 13:20
真正意义的过渡态是在自由能面上定义的,当前情况就说明这在当前温度下不是严格意义的过渡态,只算是理 ...

多谢Sob大神

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发表于 Post on 2016-10-11 16:38:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Aristotler 于 2016-10-11 16:40 编辑

请问sobereva 老师,因为不太知道把双电子积分精度到-11次方的含义是什么,所以想请问您加不加int=acc2e=11关键词,会影响整体分子的能量吗(之前频率分析中停,加入这个关键词后解决)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-11 16:55:39 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2016-10-11 16:38
请问sobereva 老师,因为不太知道把双电子积分精度到-11次方的含义是什么,所以想请问您加不加int=acc2e=11 ...


要用acc2e的话一般是int=acc2e=12。这避免利用一些近似来加快迭代过程,否则对于有大量弥散函数的时候可能造成难收敛。
不会影响最终结果。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-11 16:58:01 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-10-11 14:55
我的,我再用老师说的方法试试。

第二个问题我的意思是:过渡态的虚频模式正确,但是跑irc的时候没跑 ...

如果加了calcall反而找不到之前要的过渡态了,找ts时候把步长上限设小点再试。
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发表于 Post on 2016-10-11 17:06:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-11 16:55
要用acc2e的话一般是int=acc2e=12。这避免利用一些近似来加快迭代过程,否则对于有大量弥散函数的时候 ...

好的,十分感谢sobereva 老师

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发表于 Post on 2016-10-11 19:44:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问双自由基体系有两个单电子,多重度是设为1么?这两个单电子一定是自旋相反的么?还是需要分别设1和3算一下看哪个能量低取哪个?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-11 21:06:44 | 只看该作者 Only view this author
珊珊来迟 发表于 2016-10-11 19:44
老师,请问双自由基体系有两个单电子,多重度是设为1么?这两个单电子一定是自旋相反的么?还是需要分别设1 ...

是,具体看
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

一般是自旋相反比三重态更稳定
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发表于 Post on 2016-10-11 22:07:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-11 16:58
如果加了calcall反而找不到之前要的过渡态了,找ts时候把步长上限设小点再试。

好的,知道啦,我试试,希望可以找到,谢谢老师的建议!

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发表于 Post on 2016-10-12 09:30:35 | 只看该作者 Only view this author
老师,问你个小问题。
我已经知道geom=(check,step=n)是提取第n步的坐标了,那我想提取第n步的波函数怎么写呢,guess=(read,step=n),这样可以吗?我在手册中并没有找到怎么提取的指令。。

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发表于 Post on 2016-10-12 13:05:31 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请教您一个问题
在计算mulliken电荷时不可用弥散函数,那么其它方法计算电荷时可用弥散函数吗?
另外,比较常用和准确的计算电荷的方法都有哪些呢?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-12 14:20:38 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-10-12 13:05
Sob老师,请教您一个问题
在计算mulliken电荷时不可用弥散函数,那么其它方法计算电荷时可用弥散函数吗?
...


原子电荷计算方法的对比
http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml

里面很详细讨论了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-12 14:22:16 | 只看该作者 Only view this author
shangfang 发表于 2016-10-12 09:30
老师,问你个小问题。
我已经知道geom=(check,step=n)是提取第n步的坐标了,那我想提取第n步的波函数怎么 ...

实现不了。只记录最后一步的。
你只能自己提取第n步的结构算个单点
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发表于 Post on 2016-10-12 19:45:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-12 14:20

原子电荷计算方法的对比
http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml

谢谢老师

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