计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

2296#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-14 18:25:21 | 只看该作者 Only view this author
无际君清 发表于 2016-10-14 11:28
请问,上一步的计算有分碎片,但接下来的一步计算没分碎片,那下一步的计算能读取上一步是chk文件吗

意义不明。你上一步定义了%chk产生了chk文件,你之后计算时候也可以用%chk或%oldchk引用之前的chk文件从中读信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

146

帖子

0

威望

1319

eV
积分
1465

Level 4 (黑子)

2297#
发表于 Post on 2016-10-14 19:49:19 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问您一个问题,一个氧化反应,我的反应物的结构与文献比稍做了改进,文献中是用CBS-QB3水平计算的能量,而我是用6-311+g**计算的,然后我所算的反应的势垒比文献中的更低,那我们的数据有可比性么?能说明我这个分子更容易发生反应么?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

2298#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-14 20:49:25 | 只看该作者 Only view this author
珊珊来迟 发表于 2016-10-14 19:49
老师,请问您一个问题,一个氧化反应,我的反应物的结构与文献比稍做了改进,文献中是用CBS-QB3水平计算的 ...


你得说明用的什么理论方法。光从基组来看,比CBS-QB3还差得远,不足以与之对比
或者你用你当前的级别重算一遍文献里的反应,这样由于误差能抵消,才有可比性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

146

帖子

0

威望

1319

eV
积分
1465

Level 4 (黑子)

2299#
发表于 Post on 2016-10-14 21:53:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-14 20:49
你得说明用的什么理论方法。光从基组来看,比CBS-QB3还差得远,不足以与之对比
或者你用你当前的级别 ...

恩恩,谢谢老师的解答,那我是不是可以直接copy文献中给出的过渡态的分子坐标,然后用我的基组去做opt=ts,重新优化过渡态,优化完后再用我的基组6-311+g**去算过渡态能量,得出结果后做对比?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

2300#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-15 00:59:39 | 只看该作者 Only view this author
珊珊来迟 发表于 2016-10-14 21:53
恩恩,谢谢老师的解答,那我是不是可以直接copy文献中给出的过渡态的分子坐标,然后用我的基组去做opt=ts ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

128

帖子

0

威望

1486

eV
积分
1614

Level 5 (御坂)

2301#
发表于 Post on 2016-10-15 11:03:16 | 只看该作者 Only view this author
老师,请教您一下,就是我在做自由基间的反应A+B,对A和B的取代基影响(主要是取代基数量和位置)进行研究,通过反应过程能量计算,反应物的vdw表面静电势和反应过渡态的范德华表面互穿程度作了分析倒是找到了一些规律,但是就觉得不够充分。现在就想研究反应过程过某些参数的变化一方面能表征出反应过程,另一方面能判定出取代基对反应的影响。查了查觉得可以通过考虑CDA,考察电荷转移情况,另一个就是取代基对原子轨道贡献的情况,还有人建议我考察AIM的电子密度拉普拉斯值,您对这些考察手段有什么评价?还有个问题就是除了vdw表面的静电势之外,还有没有其他静电势表征方式?问题比较琐碎,多谢老师了。

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

2302#
发表于 Post on 2016-10-15 12:34:56 | 只看该作者 Only view this author
tzvp可以用于涉及Br和I原子的计算吗?def2tzvp对于重原子是赝势基组,那么tzvp呢?期待老师解答,多谢多谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

2303#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-15 16:58:49 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-10-15 12:34
tzvp可以用于涉及Br和I原子的计算吗?def2tzvp对于重原子是赝势基组,那么tzvp呢?期待老师解答,多谢多谢 ...

TZVP可以用于Br,没定义I
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

2304#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-15 17:09:01 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-10-15 11:03
老师,请教您一下,就是我在做自由基间的反应A+B,对A和B的取代基影响(主要是取代基数量和位置)进行研究, ...

CDA可能用处不大,轨道成分分析可以用用
其它最常见的表征静电作用的方式就是考察原子电荷了。
AIM怎么考察得看更具体情况,还不好说。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

128

帖子

0

威望

1486

eV
积分
1614

Level 5 (御坂)

2305#
发表于 Post on 2016-10-15 17:54:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-15 17:09
CDA可能用处不大,轨道成分分析可以用用
其它最常见的表征静电作用的方式就是考察原子电荷了。
AIM怎么 ...

好的,多谢老师,我先试试轨道成分分析和原子电荷,AIM正在学习您推荐的合集里的东西,先学学然后根据我的实际体系再判断。非常感谢您。
另外由于我的这个弱相互作用,加了弥散,我记得老师提过一般不要加弥散,您在写的CDA的帖子上提过实在要用,要加其他IOP,如果我直接用加了弥散优化的结构,用不加弥散的算算电荷呀,做轨道分析,这样做准确性能保证么?

128

帖子

0

威望

1486

eV
积分
1614

Level 5 (御坂)

2306#
发表于 Post on 2016-10-15 18:39:40 | 只看该作者 Only view this author
老师,请忽略我关于弥散的问题,我是需要分析取代基对轨道的贡献,算出各个原子的然后加和获取,使用NAO貌似就不用担心弥散了,但如果用Mulliken就不行,对吗?我看手册理解的是这个意思。

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

2307#
发表于 Post on 2016-10-15 20:05:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-15 16:58
TZVP可以用于Br,没定义I

哦哦,,谢谢老师。老师我的一个反应中想分别考虑Cl Br I对反应的影响,在计算反应的过程中(OPT and TS)不想太费时间,除了def2tzvp,我还可以选用哪个基组让这三个原子用呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

2308#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-15 20:54:31 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-10-15 20:05
哦哦,,谢谢老师。老师我的一个反应中想分别考虑Cl Br I对反应的影响,在计算反应的过程中(OPT and TS) ...


优化过程用不着def2这么大的
算单点的时候可以都用def2,优化时候Cl可以用6-311G**,Br、I用lanl08(d)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125179

管理员

公社社长

2309#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-15 20:58:10 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-10-15 18:39
老师,请忽略我关于弥散的问题,我是需要分析取代基对轨道的贡献,算出各个原子的然后加和获取,使用NAO貌 ...

CDA、Mulliken非常怕弥散
所有NBO分析有关的,包括NAO方法计算轨道成份,都不怕弥散
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

128

帖子

0

威望

1486

eV
积分
1614

Level 5 (御坂)

2310#
发表于 Post on 2016-10-15 21:25:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-15 20:58
CDA、Mulliken非常怕弥散
所有NBO分析有关的,包括NAO方法计算轨道成份,都不怕弥散

嗯嗯,好的,非常感谢您。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 16:36 , Processed in 0.728393 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list