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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-10-10 21:02:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-10 12:48
没有“原子自旋”这个概念
只能说原子的自旋布居体现原子上自旋密度分布总量,或者说原子带的单电子数
...

恩恩,感谢老师细心的指点

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发表于 Post on 2016-10-10 21:54:35 | 只看该作者 Only view this author
请问大神,高斯中先用小基组优化,再用大基组优化的结果,和直接用大基组优化的结果一样吗?为什么?

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发表于 Post on 2016-10-10 22:58:36 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好!想请教老师一些问题。1.我找过渡态时总是出现scf不收敛,根据老师博文,我试了同时使用scf=noincfock,int=ultrafine.跑出来的文件末尾提示scf不收敛,然后又同时使用scf(noincfock,novaracc),int=acc2e=12,三管齐下还是没能解决scf的收敛问题,我把文件传上来恳请老师帮忙看一下,感激不尽。
2.我的目的是首先找出反应的过渡态,获得热力学校正量,然后再进行后面的计算。但是这些反应的过渡态我找了一个月了都还没有找到,氢原子总是跑到反应物或者产物上面去,之前有老师说我的体系色散作用比较大,我想是不是因为这样才导致过渡态总是找不到。我用ts方法找的,目前试了opt=RFO,opt=GDIIS, opt=GEDIIS, 甚至加了关键词calcall都没能找到过渡态,恳请老师帮忙看一下是什么原因,不胜感激!


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-11 01:33:05 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2016-10-10 21:54
请问大神,高斯中先用小基组优化,再用大基组优化的结果,和直接用大基组优化的结果一样吗?为什么?

显然不一样。
但只要优化用的基组不是太烂,对于优化就足够了。优化对基组的要求较低
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-11 01:33:35 | 只看该作者 Only view this author
lt19930703 发表于 2016-10-10 20:49
Gaussian 09:  IA32W-G09RevA.02
Gaussian 09:  AM64L-G09RevD.01
Gaussian 03:  x86-Win32-G03RevB. ...

都是NBO 3.1,这是NBO最后一个免费版本,所以才有可能被高斯自带。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-11 01:44:26 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-10-10 22:58
Sob老师,您好!想请教老师一些问题。1.我找过渡态时总是出现scf不收敛,根据老师博文,我试了同时使用scf= ...

你先用B3LYP/6-31G*,不考虑溶剂模型,这样几乎一定能收敛,算得也快,达到目的之后再考虑增加计算级别继续refine。
这跟色散作用没什么关系。
这体系是自由基体系?
找不到很有可能本身就不存在,而不是计算方法的问题。
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发表于 Post on 2016-10-11 08:41:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-11 01:33
显然不一样。
但只要优化用的基组不是太烂,对于优化就足够了。优化对基组的要求较低

感谢大神的回复,感恩

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发表于 Post on 2016-10-11 09:35:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-11 01:44
你先用B3LYP/6-31G*,不考虑溶剂模型,这样几乎一定能收敛,算得也快,达到目的之后再考虑增加计算级别继 ...

非常感谢老师的回复,感恩!
是的,这是自由基体系,多酚与自由基的反应。
我用B3LYP/6-31G*级别以及M062X/6-31G*级别,不考虑溶剂模型,都试过了,全部都能够收敛,找的过渡态也是对的,可是为什么一到water和benzene中就这么难收敛?(我主要想研究它们在极性和非极性溶剂下的反应)
之前找到一个反应位点的过渡态,试着跑了一下irc,才跑几个点就显示Normal termination,又把过渡态结果拿出来加上calcall提高精度接着算一下,这一试氢原子直接就跑到产物上去了[心碎], 老师,对于这样的体系,这样的反应,怎么样判断它到底有没有过渡态?

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发表于 Post on 2016-10-11 10:02:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-11 01:33
都是NBO 3.1,这是NBO最后一个免费版本,所以才有可能被高斯自带。

感谢Sob老师

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发表于 Post on 2016-10-11 10:03:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lt19930703 于 2016-10-11 10:04 编辑

计算反应物、过渡态、产物能量时,出现产物的E_elec、E0、E、H均比过渡态低,但是产物的G比过渡态的G要高,这种情况下该如何解决?而且对于产物尝试了opt=Tight/opt=VeryTight更加收敛方法试图达到想要的效果,但是都对这样的结果没有本质的改变。

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发表于 Post on 2016-10-11 11:11:17 | 只看该作者 Only view this author

错误求助

本帖最后由 dcckin 于 2016-10-11 11:14 编辑


我用guassian计算,最后终止计算,因为出错,用gaussview打开,就出现上图情形,不能看到最后的一部坐标,请问该怎么解决。

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发表于 Post on 2016-10-11 11:44:23 | 只看该作者 Only view this author
看输出的结尾,这个对解决错误毫无帮助

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发表于 Post on 2016-10-11 12:11:58 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2016-10-11 11:44
看输出的结尾,这个对解决错误毫无帮助

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -4242.50048251     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.1198D-03             -V/T =  2.0816
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 8.7095 S= 2.4932
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 3.922250055918D+03 PE=-2.125187437821D+04 EE= 7.471437431903D+03
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     8.7095,   after    28.4028
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in f:\g09w\l502.exe at Tue Oct 11 09:55:28 2016.
Job cpu time:  0 days 18 hours 39 minutes  6.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    399 Int=      0 D2E=      0 Chk=     11 Scr=      1
这是我计算的最后结果,谢谢,我不知道该怎么解决了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-11 13:03:27 | 只看该作者 Only view this author
dcckin 发表于 2016-10-11 12:11
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -4242.50048251     A.U. after  ...

解决SCF不收敛问题的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-11 13:20:54 | 只看该作者 Only view this author
lt19930703 发表于 2016-10-11 10:03
计算反应物、过渡态、产物能量时,出现产物的E_elec、E0、E、H均比过渡态低,但是产物的G比过渡态的G要高, ...


真正意义的过渡态是在自由能面上定义的,当前情况就说明这在当前温度下不是严格意义的过渡态,只算是理论上的过渡态,本因是熵效应所致。
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