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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-11-25 15:23:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jingruoyoulan 于 2017-11-25 15:26 编辑

请问sob老师,想用高斯来做N2O(110)表面的吸附,首先想构建裸簇模型,在MS里导入结构——做切面——加真空层——去掉周期性——导出.pdb文件,之后在高斯中几何优化,虽然收敛了,但是结构乱了,若进行限制性优化,该做哪些限制呢?不能让所有原子都不动呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-25 15:41:17 | 只看该作者 Only view this author
jingruoyoulan 发表于 2017-11-25 15:23
请问sob老师,想用高斯来做N2O(110)表面的吸附,首先想构建裸簇模型,在MS里导入结构——做切面——加真 ...

没有任何束缚,挖出来这么点,结构严重变形是必然的。可以多挖一点,然后把下层的坐标冻住
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发表于 Post on 2017-11-25 16:37:38 | 只看该作者 Only view this author

激发态计算问题

计算的激发态S1结构,在GaussianView中为什么分子轨道显示的类似基态的轨道排布,电子是配对形式存在,没有显示出电子被激发到高一层级



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发表于 Post on 2017-11-25 16:43:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-25 13:21
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-25 17:24:14 | 只看该作者 Only view this author
shanbei123 发表于 2017-11-25 16:37
计算的激发态S1结构,在GaussianView中为什么分子轨道显示的类似基态的轨道排布,电子是配对形式存在,没有 ...


gview只显示基态电子排布
你了解一些CIS的基本原理就知道, CIS/TDDFT的激发态波函数绝对不是把电子从一个占据轨道挪到一个空轨道上就能表示的,而是大量单激发组态函数的线性组合。
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发表于 Post on 2017-11-26 10:24:21 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我要用Gaussian09进行ADMP-MD模拟,看吸附的情况,在一篇文献中,他们模拟的是C2H2Be与两个氢气在100k下的吸附情况,MP2的方法,横坐标是fs,0-1000fs,纵坐标是RH2,
1.我的命令行输入的是:#p MP2/6-311++G** ADMP(maxpoint=1000,stepsize=2000,fullscf) temperature=100.0 pressure=1.0 但是,由于恒温模拟,这样设置温度对么?我需要用iop是么?但是查iop表后具体的使用不知道如何确定,希望sob老师帮忙,正确的命令行输入是怎么样的。
2.在我查阅的多数文献中,横坐标都是最大1000fs,这个如何设定呢?
3.不好意思问一下,这个纵坐标的距离是H-H之间的呢?还是被吸附的氢气与金属原子Be之间的呢?如果是H-H的如何能说明吸附还是没有吸附上呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-26 11:52:10 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2017-11-26 10:24
sob老师,我要用Gaussian09进行ADMP-MD模拟,看吸附的情况,在一篇文献中,他们模拟的是C2H2Be与两个氢气在 ...


1 temperature=100.0 pressure=1.0设置肯定没用。诸如IOp(1/81=10,1/82=300,1/80=1000000),可以通过velocity scaling方法使得温度维持在300,每10步scale一次

2 跑多长看具体情况,只要跑的长度足够说明你想说明的问题就够了

3 我没看原文,不知道你说的什么。最简单的判据是,如果原子间距离小于原子的范德华半径和,就可以当做两个原子间有明显相互作用(如吸附了)
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发表于 Post on 2017-11-26 18:21:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-25 13:33
用内能去讨论并没什么意义,除非考察0K或者等容的情况
自由能变可以讨论吸附自发性,焓变可以讨论吸热放 ...

用内能的话,可以比较吸附强弱吧?谢谢老师指点,以后计算吸附能用吉布斯自由能了,可以获得更多的信息。

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发表于 Post on 2017-11-26 19:37:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-25 15:41
没有任何束缚,挖出来这么点,结构严重变形是必然的。可以多挖一点,然后把下层的坐标冻住

谢谢sob老师,按照您的建议,构建了15个原子的模型,并对底层原子坐标进行了限制,opt收敛了,但是依然有较大的变形,又构建30个原子的模型,进行opt计算scf都无法收敛,现在很迷茫,选15个原子的模型做为簇模型合理么?再大了又不能收敛……请sob老师指点

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发表于 Post on 2017-11-26 20:47:31 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,计算DNA核苷酸与咪唑类有机物(C12N2H23Br)的弱相互作用体系,主要以氢键结合,采用m062-2x/def2-tzvpd基组计算其相互作用能,此时需要考虑BSSE校正吗?谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-26 21:28:44 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2017-11-26 20:47
sob老师,计算DNA核苷酸与咪唑类有机物(C12N2H23Br)的弱相互作用体系,主要以氢键结合,采用m062-2x/def2 ...

考虑有益
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-26 21:29:03 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2017-11-26 18:21
用内能的话,可以比较吸附强弱吧?谢谢老师指点,以后计算吸附能用吉布斯自由能了,可以获得更多的信息。

很不建议用内能
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发表于 Post on 2017-11-26 21:29:35 | 只看该作者 Only view this author

恩恩,谢谢老师指点,以后统一同吉布斯

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-26 21:30:38 | 只看该作者 Only view this author
jingruoyoulan 发表于 2017-11-26 19:37
谢谢sob老师,按照您的建议,构建了15个原子的模型,并对底层原子坐标进行了限制,opt收敛了,但是依然有 ...

SCF不收敛就想办法解决,我博文里讲过很多方法。还可以进一步扩大,并把边缘的原子也冻结。
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发表于 Post on 2017-11-27 09:03:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-26 21:30
SCF不收敛就想办法解决,我博文里讲过很多方法。还可以进一步扩大,并把边缘的原子也冻结。

谢谢sob老师,再继续尝试~~

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