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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-11-13 00:53:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-12 23:30
计算半衰期的时候,并不考虑A,B间的热力学平衡,认为A成为B后就不再可能变为A

那就是说对于一个实际根本无法反应到一半的反应,计算出速率常数然后强行算一个半衰期t,是仅有理论意义的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-13 12:04:25 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-11-13 00:53
那就是说对于一个实际根本无法反应到一半的反应,计算出速率常数然后强行算一个半衰期t,是仅有理论意义 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-11-13 12:25:01 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2017-11-13 14:45:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-12 10:01
看了下定义,量化计算可能能对此给出一定有用的信息,但准确计算应该还不行。

好的,我再看看,谢谢。

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发表于 Post on 2017-11-13 14:50:10 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,在结构优化的时候,opt和freq能否不在一个理论水平?比如优化的时候用B3LYP/6-31G*,然后用B3LYP/6-31++G**做频率分析来确定优化得到的构型是否为稳定的构型。
谢谢。

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发表于 Post on 2017-11-13 14:55:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-12 23:28
半径直接影响计算结果,最好指明

谢谢

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发表于 Post on 2017-11-13 18:07:13 | 只看该作者 Only view this author

老师,再问一下。。
对于一个可逆的总反应 A----B 而言,TST理论计算出的反应速率常数k,是不是可以认为仅是对应于正向反应速率常数?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-13 18:55:52 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-11-13 18:07
老师,再问一下。。
对于一个可逆的总反应 A----B 而言,TST理论计算出的反应速率常数k,是不是可以认为 ...


用正向势垒算的就是正向的k,用逆向势垒算的就是逆向的k
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-13 18:56:27 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2017-11-13 14:50
请问一下,在结构优化的时候,opt和freq能否不在一个理论水平?比如优化的时候用B3LYP/6-31G*,然后用B3LYP ...

不能
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发表于 Post on 2017-11-13 19:12:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-13 18:55
用正向势垒算的就是正向的k,用逆向势垒算的就是逆向的k

都清楚了   感谢老师.

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发表于 Post on 2017-11-13 20:30:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 圣人惠 于 2017-11-13 22:17 编辑

想用ORCA给一个碘氧化物做个单点,但是不知道我这么写对不对(如图),这个里面应该对碘用什么辅助基组呢,想请教各位老师。还有自己尝试着写的另外两个输入文件,想请各位大神帮忙看看,指出错误,十分感谢

E@4LY]%@)H$3ITA]S[)X.png (11.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

E@4LY]%@)H$3ITA]S[)X.png

iaaug.inp

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iaF12.inp

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发表于 Post on 2017-11-14 08:27:58 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,对于相对比较大的有机分子(比如分子个数>100),如何确保自己高斯opt DFT优化得到的分子结构是global minimum,而不是local minimum,甚至压根连local minimum都不是?都有什么方法?

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发表于 Post on 2017-11-14 09:46:16 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,量化计算中,计算何种性质是0K,何种性质是标况,谢谢!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-14 13:08:27 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2017-11-14 08:27
请问老师,对于相对比较大的有机分子(比如分子个数>100),如何确保自己高斯opt DFT优化得到的分子结构是glo ...

凭化学直觉给出合适的初猜结构,要么就用构象搜索算法,比如模拟退火,MD,蒙特卡罗等等。利用我写的molclus程序在一定程度上也可以解决这种问题
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-14 13:09:15 | 只看该作者 Only view this author
菩城 发表于 2017-11-14 09:46
请教老师,量化计算中,计算何种性质是0K,何种性质是标况,谢谢!

做freq给出的热力学数据默认是标况的,如果只考虑电子能量加上ZPE,那就对应0K的内能、焓、自由能
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