简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

zhanghuize · 发表于 Post on 2017-11-14 15:36:26

用高斯画完图后，好像是打开g09w的utilies下的NewZMat将坐标转化为z-矩阵，可具体是怎么导入呀，本人菜鸟一只，还望好高手指点，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-14 15:43:00

zhanghuize 发表于 2017-11-14 15:36
用高斯画完图后，好像是打开g09w的utilies下的NewZMat将坐标转化为z-矩阵，可具体是怎么导入呀，本人菜鸟一 ...

不知道你具体想干什么
如果想得到Z矩阵描述的坐标，gview载入高斯输出文件，然后保存文件，把write cartesian去掉，从得到的.gjf中提取就完了

zhanghuize · 发表于 Post on 2017-11-14 16:03:41

sobereva 发表于 2017-11-14 15:43
不知道你具体想干什么
如果想得到Z矩阵描述的坐标，gview载入高斯输出文件，然后保存文件，把write cart ...

老师，我是想高斯关键词加一个电场，可这要用z-矩阵，而一般我用高斯作图保存的坐标是图上的那个，所以想转化一下。而据说GS09w可以转化，所以想试试。

yangjianfeng · 发表于 Post on 2017-11-14 16:49:12

sob 老师  我在优化图中（附件）四重态的Feo+，并计算单点能时  我用原文讲的b3lyp/6-311++g(3df,2p）进行优化关键词是opt freq 刚开始出现502的报错  然后就使用了老师那个三管齐下的解决不收敛方法  最后确实解决了问题  但查看输出文件时，与文献数据对照，发现键长  频率  单点能出入好大
   问题1：图中的四重态Feo+ 该不该将他当做稳定态优化（能量高但又不是过渡态），是不是我的关键词少加了什么导致大误差
         2：还是说这个体系不适合三管齐下的方法
ps  输出文件在附件中，文献也贴出来了（如果要用到的话）

菩城 · 发表于 Post on 2017-11-14 17:24:10

sobereva 发表于 2017-11-14 13:09
做freq给出的热力学数据默认是标况的，如果只考虑电子能量加上ZPE，那就对应0K的内能、焓、自由能

好的，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-14 17:38:53

yangjianfeng 发表于 2017-11-14 16:49
sob 老师我在优化图中（附件）四重态的Feo+，并计算单点能时我用原文讲的b3lyp/6-311++g(3df,2p）进行 ...

我没时间仔细看文章，这种体系加弥散纯属多余。直接用def2TZVP就完了，6-311++g(3df,2p)是超级恶心的基组。
三管齐下的做法原理上并不会影响结果

yangjianfeng · 发表于 Post on 2017-11-14 18:41:29

sobereva 发表于 2017-11-14 17:38
我没时间仔细看文章，这种体系加弥散纯属多余。直接用def2TZVP就完了，6-311++g(3df,2p)是超级恶心的基组 ...

谢谢老师的解答

oucli · 发表于 Post on 2017-11-15 14:06:49

高斯优化结构出现了4个YES，无虚频，但是频率计算完成之后那一步优化过程中，maximum displacement显示为NO，这种情况下可以认为结构稳定了吗？谢谢
      Item             Value    Threshold  Converged?
Maximum Force          0.000016    0.000450    YES
RMS    Force          0.000003    0.000300    YES
Maximum Displacement    0.001283    0.001800    YES
RMS    Displacement    0.000213    0.001200    YES
Predicted change in Energy=-2.214151D-08
频率计算完之后：
      Item             Value    Threshold  Converged?
Maximum Force          0.000016    0.000450    YES
RMS    Force          0.000003    0.000300    YES
Maximum Displacement    0.005985    0.001800    NO
RMS    Displacement    0.000833    0.001200    YES
Predicted change in Energy=-1.260617D-07

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-15 17:21:24

oucli 发表于 2017-11-15 14:06
高斯优化结构出现了4个YES，无虚频，但是频率计算完成之后那一步优化过程中，maximum displacement显示为NO ...

对结构要求不很高时，基本可用

ccccn345 · 发表于 Post on 2017-11-16 02:56:25

请教老师，使用高斯opt dft m062x泛函优化分子构型，结果出现收敛能量震荡问题计算很久后都无法收敛，输出文件最后显示如下内容：

Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Initial convergence to 1.0D-05 achieved. Increase integral accuracy.

学习了量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法http://sobereva.com/164，但是我的问题是需要计算一系列相关分子进行比较，可能改变一个关键词其他的分子的也需要进行相应的改变，所以除了改变分子的初猜结构这个方法外，还有其他哪些比较适合的方法吗？

steven · 发表于 Post on 2017-11-16 10:23:18

本帖最后由 steven 于 2017-11-16 19:33 编辑

老师 HF是完完全全考虑了交换相关，还是很大程度地考虑了交换相关？
应该仅是很大程度地考虑了交换相关对吧?

niubaotian85 · 发表于 Post on 2017-11-16 17:40:22

sob老师，我做了掺杂石墨烯对于不同气体的吸附，审稿人问吸附的本质是什么，这应该如何回答呢？用什么手段可以进行表征呢？

李丝丝 · 发表于 Post on 2017-11-16 22:17:29

老师，在进行sobMECP 时，出现如下所示的错误，试了好几遍都是，我的输入文件在压缩包里，由于知道的少之又少，望老师理解，在不断补充最基本的知识中不断前进，期待老师的回复，谢谢老师
[user2@master sobMECP]$ ./prepare.sh
[user2@master sobMECP]$ ./runfirst.sh
cat: Input_Header_A: No such file or directory
Running Job0_A.gjf...
./runfirst.sh: line 4: g09: command not found

real 0m0.001s
user 0m0.000s
sys 0m0.000s
cat: Input_Header_B: No such file or directory
Running Job0_B.gjf...
./runfirst.sh: line 9: g09: command not found

real 0m0.001s
user 0m0.000s
sys 0m0.000s

1188542uu · 发表于 Post on 2017-11-17 20:46:03

老师，我在计算吸附的过程中，使用的是B3LYP/6-311G(d，p)的计算水平优化，现在审稿人提出让我使用“dispersion forces through van der Waals DFT functionals”考虑吸附能是否有影响，
1.请问我用什么方法基组合适呢？
2.请问我用新的方法单纯优化就可以，还是优化后还需要计算单点能呢？

lastzealot · 发表于 Post on 2017-11-17 23:18:17

老师，问一个弱弱的问题，请问win版gaussian默认核数和内存是多少？
我的电脑是八个核，我修改了核数报错，改成默认就能运算，不知为啥？
谢谢老师

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