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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-7 04:43:38 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-8-6 15:22
谢谢老师解答。我看了stable输出文件和用stable的chk文件优化后的输出文件,里面的自旋布居加和都是0,那 ...

说明当前虽然按照非限制性的形式来计算,但收敛到了和R相同的状态,即闭壳层单重态。但这种判断不是最严格的,最严格的是绘制自旋密度图,看是否处处为0。
<S**2>是自旋角动量平方算符的期望值,可以判断当前波函数的状态。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-8-7 09:19:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-7 04:43
说明当前虽然按照非限制性的形式来计算,但收敛到了和R相同的状态,即闭壳层单重态。但这种判断不是最严 ...

谢谢老师解答,您的解答又加深了我对计算开壳层单重态过程的理解老师我现在的结果是自旋布居总体为0,但是原子自旋布居不都为0,同时S<**>2数值大于零。按照您PPT上写的这种情况应该是成功找到了开壳层单重态了,而且是否是单重态只与自旋布居加和数值有关,与S<**>2数值是多少无关。不知道我这样理解是否正确?

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发表于 Post on 2018-8-7 10:29:47 | 只看该作者 Only view this author
老师,我找寻了一个过渡态,并对他进行了IRC分析。从虚频的振动来看,和我过去找到的过渡态有很大差别,NO和O2只是相对于活性位点对称振动,没有反应成NO2的迹象。对其做IRC更是走2,3步就出错。这能否说明,这个过渡态是找错了,或者说其对于反应路径的计算是没有意义的。还请老师能够为我解惑,谢谢老师

输出.zip

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ts/irc文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-7 11:29:06 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-8-7 10:29
老师,我找寻了一个过渡态,并对他进行了IRC分析。从虚频的振动来看,和我过去找到的过渡态有很大差别,NO ...


IRC stepsize设那么小,很容易跑几个点就停。按照此文说的解决,把IRC跑完了看看情况
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400

过渡态本身看上去没找错
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-7 11:30:40 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-8-7 09:19
谢谢老师解答,您的解答又加深了我对计算开壳层单重态过程的理解老师我现在的结果是自旋布居 ...

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发表于 Post on 2018-8-7 15:18:46 | 只看该作者 Only view this author

好的明白了,谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-8-7 16:00:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CayJ 于 2018-8-7 16:32 编辑

老师,我现在在做Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods中的第一个教程例题,点运行后出现错误:


这是什么问题?

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发表于 Post on 2018-8-7 16:14:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mly12345 于 2018-8-7 16:33 编辑

老师好,如果我想确定一下分子的激发态是否是存在有两个不同的构象,应该用什么方法和手段呢?谢谢老师指点。我把详细问题写在这里了:http://bbs.keinsci.com/thread-10611-1-1.html

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发表于 Post on 2018-8-7 17:15:24 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2018-8-7 16:00
老师,我现在在做Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods中的第一个教程例题,点运行后出 ...

自己Google了一下,原来是路径出现了问题,不能随意更换文件夹的名字

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-8 09:57:52 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2018-8-7 16:00
老师,我现在在做Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods中的第一个教程例题,点运行后出 ...


Gaussian安装配置问题,诸如临时文件夹设到了一个不存在的路径
路径可以换,前提是那个路径必须存在而且有写入权限
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-8 09:59:13 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-8-7 16:14
老师好,如果我想确定一下分子的激发态是否是存在有两个不同的构象,应该用什么方法和手段呢?谢谢老师指点 ...

用不同构象做初猜,看看能否优化出两个激发态极小点结构
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发表于 Post on 2018-8-8 12:47:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-8 09:59
用不同构象做初猜,看看能否优化出两个激发态极小点结构

老师,我计算单点能的输入文件这样写的:
mem=800MW
%NprocShared=8
%LindaWorker=cu30-c-ib
%chk=oxd9-cam-ex1-acn-singlepoint.chk
%nproc=8
# cam-b3lyp/6-31g(d,p) SCRF=(Solvent=CH3CN) pop=full test

Title Card Required

0 1
不同坐标
1:几何优化后的坐标,(平面)
2:将1中一个二面角角扭转180(仍是平面
=========================
计算了两个构象,输出文件中分别:
SCF Done:  E(RCAM-B3LYP) =  -1673.53340000     A.U. after   13 cycles

SCF Done:  E(RCAM-B3LYP) =  -1673.54829334     A.U. after   13 cycles
   
这两个的能量相接近呀。。。是吗

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发表于 Post on 2018-8-8 19:50:34 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,当配合物结构中有2到3个相同配体的时候,想要计算这个配体与中心受体的结合能,那么是计算这个配体的平均结合能还是直接提取单个配体结构算它与剩下片段的结合能呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-9 06:40:16 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-8-8 19:50
sob老师,当配合物结构中有2到3个相同配体的时候,想要计算这个配体与中心受体的结合能,那么是计算这个配 ...

都可以,有各自的意义,与电离能相类比,有点类似于前者是三个电子平均电离能,后者是第一电离能,文章中说明怎么算的即可。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-9 06:41:51 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-8-8 12:47
老师,我计算单点能的输入文件这样写的:
mem=800MW
%NprocShared=8

看优化完的结构差异
我不晓得你要算什么,这样只不过是优化基态的两种构象而已,不是优化激发态
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