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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-1 11:36:40 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-8-1 10:44
老师好,我想问一个问题。就是我计算的垂直激发得到的激发态是这样的:

输入文件:

估计你这体系是因为有对称性,才导致这样
S2和S3是简并的。想算哪个激发态就照常算哪个激发态
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发表于 Post on 2018-8-1 13:16:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-1 11:36
估计你这体系是因为有对称性,才导致这样
S2和S3是简并的。想算哪个激发态就照常算哪个激发态

正常荧光发射都应该是S1,老师那我这个想看激发态和基态的几何结构有什么变化是应该选S2吗。有点糊涂了。

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发表于 Post on 2018-8-1 17:20:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-8-1 17:21 编辑

老师,请问:
从虚频振动模式来看过渡态 b 确实是连接极小点 a 和 c  的过渡态。  而且,从虚频振动模式来看过渡态 2 也确实是连接极小点 1 和 3  的过渡态。
但是用过渡态b跑IRC只会得到3帧基本一样的结构,基本这3帧都跟b一样,IRC正常结束。用过渡态2跑IRC也是同样的情况。
我觉得过渡态结构定位的挺准确了,尤其是b,四个判据全是yes。

请sob老师指点。
question.rar (2.31 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2018-8-1 20:24:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 米宝舞 于 2018-8-1 20:36 编辑

各位老师,请问如果三重态计算时考虑溶剂化scrf=(smd,solvent=dichloromethane),计算其相应单重态时也需要考虑溶剂化作用吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-1 23:04:21 | 只看该作者 Only view this author
米宝舞 发表于 2018-8-1 20:24
各位老师,请问如果三重态计算时考虑溶剂化scrf=(smd,solvent=dichloromethane),计算其相应单重态时也需要 ...

你要想横向对比,肯定要考虑都得考虑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-1 23:06:34 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-8-1 13:16
正常荧光发射都应该是S1,老师那我这个想看激发态和基态的几何结构有什么变化是应该选S2吗。有点糊涂了。

不满足kasha规则的情况并不少见。另外,即便S1的振子强度算出来为0,考虑振动耦合后也可能不再为0,因此可以从S1发光
鉴于当前情况,S1和S2能隙非常小,应当认为S2和S1容易内转换,应该还是按kasha规则来考虑。如果就是认为违背kasha规则,从S2发光,那就算S2的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-2 00:36:17 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-8-1 17:20
老师,请问:
从虚频振动模式来看过渡态 b 确实是连接极小点 a 和 c  的过渡态。  而且,从虚频振动模式来 ...


加上calcall或在tight收敛限下继续优化TS再走IRC。如果还不行,走IRC时候把步长设大一些,诸如stepsize=20或者更大

所有计算用的积分格点要统一,有的superfine有的ultrafine是没法对比的。除非是弱相互作用体系,否则对于明尼苏达泛函,ultrafine已经足够了。
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发表于 Post on 2018-8-2 06:57:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-1 23:04
你要想横向对比,肯定要考虑都得考虑

好的 谢谢老师的解答

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发表于 Post on 2018-8-2 09:58:05 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,对于水合碱基对的结构,想要计算碱基对(AT)之间的结合能,该如何定义片段呢? 我的想法是片段1为4水合A,片段2为4水合T,不知道这样是否合理

1.jpg (41.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

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发表于 Post on 2018-8-2 10:11:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-2 00:36
加上calcall或在tight收敛限下继续优化TS再走IRC。如果还不行,走IRC时候把步长设大一些,诸如stepsize ...

谢谢,感谢老师解答。

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发表于 Post on 2018-8-2 16:28:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 柒月小鱼 于 2018-8-2 16:31 编辑

老师好,现在有这样几个问题想向您请教
背景:一种Pt的金属配合物,在溶液中的实验测得磷光发射波长在450nm(我直接用高斯优化单个分子得到的发射波长在450附近),在薄膜中测得的发射波长为650nm,我很感兴趣
一:为此我用GMX来进行了两步操作:1是能量最小化,2是升温退火得到分子在器件中的相对空间构型
二:把得到的heat-npt.gro文件用VMD打开,另存为heat-npt.pdb文件,取中心分子5埃内(这个范围合适么)的所有分子得到test.pdb文件
三:在高斯中用oniom的方法,是用PM6D3计算低层更好对吧
# ONIOM(pbe1pbe/6-31g(d):UFF=QEq)=Embedcharge  opt empiriticaldispersion=GD3BJ
# ONIOM(pbe1pbe/6-31g(d):PM6D3)  opt empiriticaldispersion=GD3BJ
然后分别计算基态和激发态,得到高层中心分子的相对能量差
四:我需要对基态和激发态振动分析来得到振动分辨光谱,所以对外层做背景电荷处理#p pop=chelpg nosymm,然后做振动分析,希望能够同时得到不同掺杂量的发光体的发射光谱的情况
老师,我以上的思路有问题么,还请老师指正

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发表于 Post on 2018-8-2 18:33:54 | 只看该作者 Only view this author
老师好,对于一个吸附体系,如何考察催化剂模型大小与吸附热之间的关系?请问这里的吸附热指的是什么?在Gaussian几何优化或者单点能计算输出文件里面有对应的数值吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-3 01:38:26 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-8-2 18:33
老师好,对于一个吸附体系,如何考察催化剂模型大小与吸附热之间的关系?请问这里的吸附热指的是什么?在Ga ...

建不同的大小模型分别去算就完了

吸附热指吸附前后焓的变化

怎么计算焓,去论坛首页google框搜索
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-3 01:42:36 | 只看该作者 Only view this author
柒月小鱼 发表于 2018-8-2 16:28
老师好,现在有这样几个问题想向您请教
背景:一种Pt的金属配合物,在溶液中的实验测得磷光发射波长在450n ...


像这样不是几句话就能描述完的问题,建议单独发帖
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发表于 Post on 2018-8-4 05:29:04 | 只看该作者 Only view this author
您好。现有一对过渡金属配合物的同分异构体,中心金属M与三个小的单齿配体连接(形如MXYZ),并与三齿配体L配位,同分异构体的区别在于MXYZ片段三个配体的相对位置不同。现在希望解释它们的相对能量差异的原因,通过键长测量以及整体能量与片段能量比较的方法认为是其中之一的MXYZ片段与L的相互作用更强。接下来用怎样的波函数分析手段解释相互作用差异的原因比较好?通过轨道图形发现复合物的HOMO是MXYZ和L之间的反键轨道,且总能量较低的异构体的HOMO能量较低,HOMO能量差基本等于两者电子能量差;并通过CDA找到了L和金属片段中相关的轨道。这样是否可以用于说明这一问题?考虑到KS轨道能量与总能量并不能直接对应,总觉得这样的分析过于牵强。

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