计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

44

帖子

0

威望

193

eV
积分
237

Level 3 能力者

7321#
发表于 Post on 2018-8-9 22:33:25 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,Gaussian频率计算的输出文件中,平动和转动值是哪个?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

7322#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-10 05:06:06 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-8-9 22:33
请问老师,Gaussian频率计算的输出文件中,平动和转动值是哪个?


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

44

帖子

0

威望

193

eV
积分
237

Level 3 能力者

7323#
发表于 Post on 2018-8-10 21:20:49 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师解答!那计算吸附热时,有一个团簇模拟固体的情况,还要扣除平动和转动对焓的贡献,那么平动和转动对焓的贡献对应的是哪个值呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

7324#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-11 06:56:45 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-8-10 21:20
谢谢老师解答!那计算吸附热时,有一个团簇模拟固体的情况,还要扣除平动和转动对焓的贡献,那么平动和转 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

44

帖子

0

威望

193

eV
积分
237

Level 3 能力者

7325#
发表于 Post on 2018-8-11 09:45:17 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师!我看所有输出文件的平动和转动对应的热能都是0.889Kcal/mol,这是为什么呢?
我做的是一个吸附问题,对于吸附底物为固体,它要扣除平动和转动对应的热能,那么对于吸附以后的体系AB就不需要再扣除了吧?

100

帖子

0

威望

414

eV
积分
514

Level 4 (黑子)

7326#
发表于 Post on 2018-8-11 11:29:28 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,对于一分子化合物来取代五水合铀酰离子中的一分子水以形成四水合铀酰离子结构,反应如下[UO2(H2O)5]2+ + X → [UO2X(H2O)4]2+ + H2O,反应的自由能该如何计算呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

7327#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-11 11:54:06 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-8-11 11:29
sob老师,对于一分子化合物来取代五水合铀酰离子中的一分子水以形成四水合铀酰离子结构,反应如下2+ + X → ...

对四个物质分别算自由能,求差就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

7328#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-11 11:55:27 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-8-11 09:45
谢谢sob老师!我看所有输出文件的平动和转动对应的热能都是0.889Kcal/mol,这是为什么呢?
我做的是一个 ...

看计算公式你就明白,Shermo的文档里有所有热力学量计算用的公式:
Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315

吸附之后也得扣除,毕竟吸附完了那一块区域还是没法平动转动
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

42

帖子

0

威望

442

eV
积分
484

Level 3 能力者

7329#
发表于 Post on 2018-8-12 08:26:17 | 只看该作者 Only view this author

优化与振动分析无虚频但是结果只有两个yes

         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000004     0.000450     YES
RMS     Force            0.000001     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.014681     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.002521     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-7.964883D-08

各位老师请问这样的结果可信吗?需要全部变成4个yes吗?如果需要该怎么做有相关的帖子可以参考吗?谢谢老师

QQ截图20180812082247.png (10.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

QQ截图20180812082247.png

QQ截图20180812082247.png (10.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

QQ截图20180812082247.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

7330#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-12 08:49:57 | 只看该作者 Only view this author
ssfm 发表于 2018-8-12 08:26
Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000004      ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

42

帖子

0

威望

442

eV
积分
484

Level 3 能力者

7331#
发表于 Post on 2018-8-12 15:05:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-12 08:49
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

谢谢老师

47

帖子

0

威望

1071

eV
积分
1118

Level 4 (黑子)

7332#
发表于 Post on 2018-8-13 16:47:23 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想请教一个q-chem计算的问题
我在用q-chem计算频率的时候,out文件中计算到“Calculating MO derivatives via CPSCF”的时候计算自动就停止了,没有显示进程时间等信息,也没有显示error。
这是input文件中的$rem:
$rem
jobtype         freq
exchange        omegaB97X-D
basis           6-31g*
mem_static      3000
mem_total       30000
$end
请问这是什么原因呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125181

管理员

公社社长

7333#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-14 09:45:21 | 只看该作者 Only view this author
ChunLinX 发表于 2018-8-13 16:47
老师,我想请教一个q-chem计算的问题
我在用q-chem计算频率的时候,out文件中计算到“Calculating MO deri ...

我基本不用q-chem,不晓得,可以问客服
这程序太小众,比起Gaussian对常见问题的研究来说没有任何优势
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

1071

eV
积分
1118

Level 4 (黑子)

7334#
发表于 Post on 2018-8-14 09:58:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-14 09:45
我基本不用q-chem,不晓得,可以问客服
这程序太小众,比起Gaussian对常见问题的研究来说没有任何优势

好的,谢谢老师。

175

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1232

Level 4 (黑子)

7335#
发表于 Post on 2018-8-15 08:59:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好。  我任务报错。结果里频率可以点开,但是显示一篇空白,是不是高斯出了bug?
Maximum of*** iterations exceeded in RedStp.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09.D01/g09/l103.exe at Wed Aug 15 08:08:29 2018.
Job cpu time:      19 days  5 hours 18 minutes 51.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=  40531 Int=      0 D2E=      0 Chk=    211 Scr=      1

SRB$F8]R@]WPE)F@%QYYNB0.png (12.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

SRB$F8]R@]WPE)F@%QYYNB0.png

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 05:38 , Processed in 0.168585 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list