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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-25 04:42:51 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-7-24 21:48
sob老师,我在反应的末尾得到了NO2分子,但是NO2的某一个O原子被金属原子紧紧抓住,我不确定NO2的脱附是否 ...

1 可以用第10个点的结构作为过渡态初猜搜索过渡态。脱附本身没过渡态,但NO2往旁边转移过程中由于又涉及到其它的键的断裂和形成导致有了过渡态

2 没法做N原子随着距离石墨烯的高度的柔性扫描
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发表于 Post on 2018-7-25 10:05:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,对于B3LYP/6-311++G**(Stuttgart RLC ECP)的混合基组,要计算金属铀酰离子(vU=O)的振动频率,只对铀用Stuttgart RLC ECP基组。如果考虑频率校正因子,要如何处理呢?谢谢sob

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发表于 Post on 2018-7-25 14:23:23 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我需要研究一系列物质的轨道图形以及轨道能量(HOMO  LUMO)以及电离势。用m062x/def2svp做的优化 然后用m062x/def2tzvp算单点 用来出轨道图形和轨道能量。
但是koopmans定理只在HF 计算下面生效。
我是不是可以再用优化好后的结构求一次单点 专门用来近似电离势?
HF/def2tzvp这样的计算级别会不会很畸形?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-25 17:29:02 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-7-25 10:05
sob老师,对于B3LYP/6-311++G**(Stuttgart RLC ECP)的混合基组,要计算金属铀酰离子(vU=O)的振动频率,只 ...

索性别考虑,频率校正因子目前没有专门给配位键的情况拟合的。
如果用纯泛函,由于基频校正因子都很接近1,更有理由不考虑频率校正因子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-25 17:34:53 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-7-25 14:23
老师好,我需要研究一系列物质的轨道图形以及轨道能量(HOMO  LUMO)以及电离势。用m062x/def2svp做的优化  ...

也不是只在HF计算下面生效,Koopmans定理的适用性如何和泛函有很大关系
你就照常用E(N-1)-E(N)来算IP多好,何故非要用koopmans定理?
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发表于 Post on 2018-7-25 23:11:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ABetaCarw 于 2018-7-25 23:30 编辑
sobereva 发表于 2018-7-25 17:34
也不是只在HF计算下面生效,Koopmans定理的适用性如何和泛函有很大关系
你就照常用E(N-1)-E(N)来算IP多 ...

因为要比较超过20个物质的IP 寻找规律,计算量真的超级大。而我的计算资源 如果用卢老师的划分标准 应该是特困级别(4核i5桌面CPU)。无奈,只能用有理论依据的耍赖方法搞定这种计算任务。
================================分割线========================
刚刚看了讲义VIP计算的例子,只是比原来多算一个单点任务。这个还是能搞定的。谢谢老师

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发表于 Post on 2018-7-26 08:54:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-25 17:29
索性别考虑,频率校正因子目前没有专门给配位键的情况拟合的。
如果用纯泛函,由于基频校正因子都很接近 ...

好的 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-7-26 10:52:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师,我想分析 In-Br 成键的类型是离子键和共价键,做了电荷密度差的图,如果只考虑黄色区域的话,实线表示离子键,如果考虑红色区域的话,实线虚线都有,就不知道是什么键了
希望老师指点一下,
另外我也做了Mayer bond order, IN-Br的键级是0.384

bond.png (54.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

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发表于 Post on 2018-7-26 12:59:17 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想用Multiwfn算Wiberg或者Mayer键级。我得到了4个输出的键级。1.Bond order matrix for alpha electrons ,2.Bond order matrix for beta electrons   3.Bond order matrix for all electrons ,4.Bond order matrix from mixed density 。
一:我想判断成键强弱,我应该用那种输出的键级呢?
二:我高斯自带的是NBO3.1版本的。Multiwfn得到的Wiberg键级是属于哪个版本下的呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-26 16:54:02 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2018-7-26 10:52
sobereva老师,我想分析 In-Br 成键的类型是离子键和共价键,做了电荷密度差的图,如果只考虑黄色区域的话 ...

本帖仅回复纯量化计算问题。当前问题请发到波函数分析版的简单问题答疑专贴http://bbs.keinsci.com/thread-10181-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-26 16:54:12 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-7-26 12:59
sob老师,我想用Multiwfn算Wiberg或者Mayer键级。我得到了4个输出的键级。1.Bond order matrix for alpha e ...

本帖仅回复纯量化计算问题。当前问题请发到波函数分析版的简单问题答疑专贴http://bbs.keinsci.com/thread-10181-1-1.html
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发表于 Post on 2018-7-29 09:44:40 | 只看该作者 Only view this author
老师,计算反应路径时如果其中有个结构的波函数不稳定,怀疑是双自由基,是不是需要改变多重度,在原来的结构下跑stable,就可以验证。如果stable了,说明就是双自由基,是不是还需要在修改后的多重度下寻找过渡态结构。另外,如果修改了多重度,结构的虚频数会改变吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-29 09:54:27 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-7-29 09:44
老师,计算反应路径时如果其中有个结构的波函数不稳定,怀疑是双自由基,是不是需要改变多重度,在原来的结 ...

如果你原先是闭壳层单重态形式算的,根据stable测试结果认为有双自由基的可能,并不需要改自旋多重度,自旋多重度还是1。

自旋多重度设定不同,就是考察的不同势能面,肯定虚频不同
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发表于 Post on 2018-7-29 10:28:56 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,羰基氧最多可以同时形成多少根氢键(C=O···H-X)啊?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-30 01:56:08 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2018-7-29 10:28
sob老师,羰基氧最多可以同时形成多少根氢键(C=O···H-X)啊?


我没看过具体报道,大概两三个吧,和周围基团也有关系,不确定的话可以算算试试
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