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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-8-26 20:40:41 | 只看该作者 Only view this author

oniom计算含金属离子的分子

各位老师,用oniom计算含金属离子的分子时,在输入文件中,金属离子的坐标应该怎么填写

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-26 21:08:45 | 只看该作者 Only view this author
吕安琪 发表于 2018-8-26 20:40
各位老师,用oniom计算含金属离子的分子时,在输入文件中,金属离子的坐标应该怎么填写

跟用不用ONIOM没直接关系
实际该在大致什么位置,就画在什么位置
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发表于 Post on 2018-8-26 22:02:24 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在结构优化时先用scf=xqc达到收敛阈值,然后再读取波函数去掉scf=xqc关键词重新优化后normal,这样做可以吗?得到的结构可信吗?还请老师解惑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-26 22:13:20 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-8-26 22:02
老师,我在结构优化时先用scf=xqc达到收敛阈值,然后再读取波函数去掉scf=xqc关键词重新优化后normal,这样 ...

几何优化和SCF收敛是两码事,没直接关系

最后的结构,如果振动分析,没有虚频,受力很小,而且用stable关键词检测波函数表明稳定,就说明此结构是实际基态的极小点结构
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发表于 Post on 2018-8-27 08:56:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-24 16:59
每个结构都可以计算SOC常数,用什么结构看目的,诸如考察磷光问题用T1结构

相关信息看

好的,谢谢老师,我主要做有机小分子发光材料,计算荧光,该用什么结构?谢谢老师
我已经用PYSOC计算过了,想再用ADF计算一下,两个对比看下,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-27 15:05:17 | 只看该作者 Only view this author
lijiaqi 发表于 2018-8-27 08:56
好的,谢谢老师,我主要做有机小分子发光材料,计算荧光,该用什么结构?谢谢老师
我已经用PYSOC计算过 ...

荧光肯定用S1极小点结构(假设满足kasha规则的话),这里说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314

已经有ADF可以用,没有也千万别买,完全不值那钱。Dalton同样可以算SOC,完全免费,支持的方法更多
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发表于 Post on 2018-8-27 17:25:06 | 只看该作者 Only view this author
现在遇到一个计算振动光谱的问题:
输入文件
#p pbe1pbe/6-311g(d) opt freq=(FC,readFCHT) nosymm scrf=(iefpcm,solvent=water)
(空行)
PNH2-S0
(空行)
0 1
C                  2.08184916    3.79510229    0.23972002
C                  1.22885910    2.71735121    0.14337001
其他坐标
(空行)
ForceFCCalc
(空行)
PNH2VR_exc.chk
(空行)
但是结果报错,
  ==================================================
                  Treatment of Input Data
     ==================================================
Data for initial state taken from current calculation.
Data for   final state taken from checkpoint file "ForceFCCalc"
Error termination in NtrErr:
ntran open failure returned to fopen.
请问sob老师,这是什么原因呢?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-27 19:18:02 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-8-27 17:25
现在遇到一个计算振动光谱的问题:
输入文件
#p pbe1pbe/6-311g(d) opt freq=(FC,readFCHT) nosymm scrf= ...

把ForceFCCalc当成chk文件名了,因此显然格式错误
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发表于 Post on 2018-8-27 19:54:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-27 19:18
把ForceFCCalc当成chk文件名了,因此显然格式错误

Sob老师,那ForceFCCalc关键词应该加在哪个位置呀?
#p pbe1pbe/6-311g(d) opt freq=(FC,readFCHT) nosymm scrf=(iefpcm,solvent=water)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-27 20:21:25 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-8-27 19:54
Sob老师,那ForceFCCalc关键词应该加在哪个位置呀?
#p pbe1pbe/6-311g(d) opt freq=(FC,readFCHT) nosy ...

交换ForceFCCalc和PNH2VR_exc.chk再试。不确定的时候可以用简单小体系测试
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发表于 Post on 2018-8-28 09:39:33 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我在外加电场的情况下计算BDE,在优化解离后的两种物质的时候也要加外加电场吗?

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发表于 Post on 2018-8-28 09:55:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-25 21:45
看具体情况。比如扫描一维势能曲线,然后用现成的一些求偏微分方程的数值方法求解

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-8-28 11:04:02 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,进行CBS-QB3计算时,出现

Erroneous write. Write -1 instead of 1081344.
fd = 4
orig len = 8384512 left = 1081344
g_write
该如何解决呀?调整了内存从mem=4gb到mem=10gb也同样是这样

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-28 16:44:09 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-8-28 11:04
Sob老师,进行CBS-QB3计算时,出现

Erroneous write. Write -1 instead of 1081344.

硬盘写满了,跟内存无关



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-28 16:44:31 | 只看该作者 Only view this author
ssfm 发表于 2018-8-28 09:39
老师您好,我在外加电场的情况下计算BDE,在优化解离后的两种物质的时候也要加外加电场吗?

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