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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-8-28 17:15:55 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师的耐心回复

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发表于 Post on 2018-8-28 17:31:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-27 20:21
交换ForceFCCalc和PNH2VR_exc.chk再试。不确定的时候可以用简单小体系测试

Sob老师,交换位置之后,即
(空行)
PNH2VR_exc.chk
(空行)
ForceFCCalc
(空行)
chk文件可以正常读取了,但是又提醒
ERROR: The Franck-Condon factor corresponding to the overlap integral
        between both vibrational ground states is too small:
好像是没有能够读取 ForceFCCalc 这个关键词。
该如何让ForceFCCalc发挥作用呀?

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发表于 Post on 2018-8-28 19:31:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2018-8-28 21:21 编辑

老师,scf不收敛,错误提示如下:teration 511 EE= -552.324327304116     Delta-E=       -0.000046759691 Grad=3.999D-02 Max rot=    1.0717 deg.
     ILin= 1 X=0.000D+00 Y=-5.523243273041D+02 DE= 0.00D+00 F= -3.20D-03
RMSU=  3.30D-08    CP:  1.00D+00 -2.89D+00  1.84D-01  4.33D-01 -1.01D+00
                    CP:  3.00D+00
     ILin= 2 X=1.000D-01 Y=-5.523240971543D+02 DE= 2.30D-04 F=  7.80D-03
     Reject lnstep minimum 5.757D-02 FVal=-5.523255356315D+02 Lims=  0.00D+00  1.00D-01
RMSU=  1.35D-09    CP:  1.00D+00 -5.16D-01  1.84D-01  4.33D-01  2.21D+00
                    CP:  3.00D+00  4.80D-01
     ILin= 3 X=5.000D-02 Y=-5.523243497454D+02 DE=-2.24D-05 F=  2.30D-03
     A contracting polynomial of degree  3 produced  0.0291
RMSU=  3.99D-13    CP:  1.00D+00  4.79D-01  1.84D-01  4.33D-01  2.24D+00
                    CP:  3.00D+00  2.74D-01  8.25D-01
Iteration 512 EE= -552.324373819270     Delta-E=       -0.000046515154 Grad=4.615D-02 Max rot=    1.4315 deg.
     ILin= 1 X=0.000D+00 Y=-5.523243738193D+02 DE= 0.00D+00 F= -4.26D-03
RMSU=  1.39D-08    CP:  1.00D+00  3.00D+00  1.14D+00  9.71D-01  9.92D-03
                    CP: -3.00D+00  1.17D+00  6.85D-01  3.00D+00
     ILin= 2 X=1.000D-01 Y=-5.523238192192D+02 DE= 5.55D-04 F=  1.54D-02
     Reject lnstep minimum 6.083D-02 FVal=-5.523263366498D+02 Lims=  0.00D+00  1.00D-01
RMSU=  1.64D-11    CP:  1.00D+00  2.46D+00  6.05D-01  1.43D+00  2.17D+00
                    CP: -3.00D+00  7.25D-01  7.56D-01  3.00D+00  5.02D-01
     ILin= 3 X=5.015D-02 Y=-5.523243408517D+02 DE= 3.30D-05 F=  5.58D-03
     Reject lnstep minimum 2.650D-02 FVal=-5.523255832181D+02 Lims=  0.00D+00  1.00D-01
RMSU=  1.65D-09    CP:  1.00D+00  1.47D+00  3.95D-01  9.31D-01  3.00D+00
                    CP: -3.00D+00  5.00D-01  7.91D-01  3.00D+00  2.51D-01
                    CP:  7.53D-01
     ILin= 4 X=2.515D-02 Y=-5.523244189397D+02 DE=-4.51D-05 F=  6.72D-04
     A contracting polynomial of degree  4 produced  0.0217
Convergence failure.
Error termination via Lnk1e in /home/erya123/g09/l508.exe at Tue Aug 28 18:55:00 2018.
Job cpu time:       0 days 23 hours 12 minutes 34.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     48 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      1
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 00002b8c05344f07
   rdx 000000000002d490, rsp 00007fffab1141b8, rbp 00007fffab114730
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000002d490, r8  00002b8c04bef980
   r9  0000000000000000, r10 00007fffab113f80, r11 0000000000000206
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fffab114778
   r15 00000000000003e6
  --- traceback not available
Aborted (core dumped)
问题描述:同样的体系,提交单重态的计算输入文件,100个文件起码有二三十个收敛的log,但是三重态100个gjf文件只有1个收敛的log文件,改变SCF 的参数,有时候一个都不收敛。按照老师的方法都试过,最后使用SCF=XQC比较凑效。但是计算耗时实在太长,有没有好一点的办法呢?不能收敛的log文件里面查看optmization没有一个点,是灰色的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-28 22:58:03 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-8-28 17:31
Sob老师,交换位置之后,即
(空行)
PNH2VR_exc.chk

去除PNH2VR_exc.chk后头的空行试试

反正无外乎就是顺序、空行的问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-28 22:58:42 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-8-28 19:31
老师,scf不收敛,错误提示如下:teration 511 EE= -552.324327304116     Delta-E=       -0.000046759691 ...

此类问题我能说的都在这里说了,没有其它可以补充的
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

如果最后只有qc才能解决问题,那么多数情况要么是其它解决方法没恰当尝试,要么是体系结构、参数设定、关键词存在严重问题
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发表于 Post on 2018-8-29 04:22:14 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好。JACS的投稿要求是所有在文中出现的结构都要连同Hartree为单位的能量写到SI里,可是这篇文章中涉及到的结构有几百个,真的都要写进SI吗...才复制了几十个Word就快要运行不动了。因为大部分都是同类中间体,差别在于配体取代基不同,是否可以只列出有代表性的几个?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-29 05:29:08 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2018-8-29 04:22
sob老师好。JACS的投稿要求是所有在文中出现的结构都要连同Hartree为单位的能量写到SI里,可是这篇文章中涉 ...

可以把结构文件和能量都压缩打包作为补充材料
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发表于 Post on 2018-8-29 11:17:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我用B3LYP/6-31g**优化Mn配合物的三重态和五重态第一步都不走出现L502错误,我用scf=xqc没有解决问题,老师有没有首选推荐的方法,而且不需要把其他的中间体和过渡态用这个方法刷一遍,能不能用scf=vshift=400试试

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发表于 Post on 2018-8-29 16:11:51 | 只看该作者 Only view this author
老师,scf的收敛和几何机构的优化,二者除了先进行scf的收敛计算,后计算几何结构(不知道对不)这种关联。二者再有其他的关联(影响)或者联系吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-29 18:47:30 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-8-29 16:11
老师,scf的收敛和几何机构的优化,二者除了先进行scf的收敛计算,后计算几何结构(不知道对不)这种关联。 ...

几何优化的每一步都会对当前结构做SCF计算,从而得到波函数,有了波函数,才能计算这一步的受力
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-29 18:47:47 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2018-8-29 11:17
sob老师您好,我用B3LYP/6-31g**优化Mn配合物的三重态和五重态第一步都不走出现L502错误,我用scf=xqc没有 ...

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发表于 Post on 2018-8-29 19:55:53 | 只看该作者 Only view this author
想请教老师几个比较基础但是一直没有解决的问题,在一篇文献中提到优化了1paipai*,1npai*的稳定点结构,想问(1)具体怎么用高斯优化1paipai*,1npai*的稳定点结构,如果不可以的话应该用什么程序来优化呢;(2)21paipai*(2后面的1为上角标)中2和1分别代表什么意思?  谢谢老师啦~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-29 21:45:28 | 只看该作者 Only view this author
zhaoxy 发表于 2018-8-29 19:55
想请教老师几个比较基础但是一直没有解决的问题,在一篇文献中提到优化了1paipai*,1npai*的稳定点结构,想 ...

直接用文献里的图来说明
1、2这种上标是作者自己定义的,没有这种标准命名
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发表于 Post on 2018-8-29 23:36:44 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-8-30 00:06:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Theor_Comp 于 2018-8-30 00:08 编辑

Sob老师,在以前的计算中已经得到了激发态的频率(freq td),现在想要计算振动分辨的电子光谱,需要激发态的振动信息,可以使用以前的chk直接用吗?但是以前的频率计算时freq上没有加saveNM

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