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楼主 Author: sobereva
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[Gaussian/gview] Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-3 20:10:50 | 只看该作者 Only view this author
hyc2000 发表于 2024-7-3 13:13
sob老师您好,我在学校的计算平台上按照这个帖子的方法试图安装Gaussian,修改了bashrc文件,并重新连接了 ...

用echo $PATH检查当前PATH环境变量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-7-4 09:37:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-3 20:10
用echo $PATH检查当前PATH环境变量


谢谢老师解答,这个环境变量有问题吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-5 08:44:57 | 只看该作者 Only view this author
hyc2000 发表于 2024-7-4 09:37
谢谢老师解答,这个环境变量有问题吗?

环境变量没生效,没包含Gaussian目录
说明source Gaussian目录下的配置脚本没起作用
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发表于 Post on 2024-7-5 10:29:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-5 08:44
环境变量没生效,没包含Gaussian目录
说明source Gaussian目录下的配置脚本没起作用

感谢sob老师的指点,我把之前所有文件删除重新操作一遍之后解决了这个问题,可能是之前解压和移动文件的时候出了差错(下载的软件是压缩文件套压缩文件),另外一个小问题就是重新登录之后环境变量没有自动改,用source ~/.bashrc执行一遍才成功,不知道是什么原因

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发表于 Post on 2024-7-10 11:29:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 孤忆梦影 于 2024-7-10 14:30 编辑

请问一下高斯内存设置有上限吗  512G的机器gjf设置400G内存刚开始计算就报错  显示galloc:  could not allocate memory.: Cannot allocate memory  设置350G也是这样

gjf设置250G可以正常计算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-10 14:39:03 | 只看该作者 Only view this author
孤忆梦影 发表于 2024-7-10 11:29
请问一下高斯内存设置有上限吗  512G的机器gjf设置400G内存刚开始计算就报错  显示galloc:  could not allo ...

说明当前有其它任务占着内存
我的512GB机子如果只跑一个Gaussian任务的话,一般都是给Gaussian分配480GB
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发表于 Post on 2024-7-10 14:44:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-10 14:39
说明当前有其它任务占着内存
我的512GB机子如果只跑一个Gaussian任务的话,一般都是给Gaussian分配480GB

并没有其他任务,用的超算,按申请的核心数分配内存;申请120核计算,至少有450G的内存,后面测试设置360G 、300G、260G均无法计算 刚开始就报内存异常,只有设置250G能正常计算且能计算完成
是否是哪里需要其他设置呢 就像核心数需要设置才能超过64核一样

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-10 15:22:11 | 只看该作者 Only view this author
孤忆梦影 发表于 2024-7-10 14:44
并没有其他任务,用的超算,按申请的核心数分配内存;申请120核计算,至少有450G的内存,后面测试设置360 ...

没有额外的设置
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-28 23:33:28 | 只看该作者 Only view this author
鉴于问以下问题的已经成了周经,给本文1.4节加入了以下内容,以后回答时直接引用此文
(9)Gaussian任务没有报错,但是却莫名其妙停了怎么办?
有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词再试。也可以尝试重启计算机
2 当前版本Gaussian的bug。尝试其它版本或其它操作系统的Gaussian
3 当前Gaussian版本和计算机的软件环境有兼容性问题。可尝试其它版本或其它操作系统的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版的Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉乃至完全卸载再试(最坏的情况也可能需要重装操作系统)
4 任务被bad people杀了。重算,如果发现的确是有人恶意杀了你的任务,找管理员告状
5 任务被作业调度系统杀了(如超过了任务执行时间上限、内存最大使用量等原因),咨询计算机的管理员
6 给Gaussian用的内存分配得不够。增大%mem或配置文件里的默认的内存设置(-M-)。也可能虽然内存分配得够,但当前计算机的空余物理内存不够导致没法成功分配那么多内存。还可能一开始空余物理内存够,但运行中途有其它程序占了过多内存导致Gaussian没法再利用足够的内存
7 计算机硬件不稳定,检修或换成其它机子

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