Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

Kamala

sobereva 发表于 2018-9-9 01:59
设定GAUSS_EXEDIR的语句在g09.profile文件里本身已经有了，如下所示。如果严格按照文中对此文件做过sourc ...

Sob 用非root用户运行高斯，出现下面的报错，一般是什么原因呢

PGFIO/stdio: Bad file descriptor
PGFIO-F-/formatted write/unit=6/error code returned by host stdio - 9.
File name = stdout     formatted, sequential access   record = 1
In source file ml0.f, at line number 163
  --- traceback not available
Aborted

我的.com文件如下：
%chk=maitwo6.chk
# opt b3lyp/6-311g(d,p) scrf=iefpcm

maitwo6

0 1
O                 11.91600000    8.93600000   14.20100000
O                 10.01500000    8.36300000   13.09100000
O                  9.76500000   11.05600000   13.43800000

sobereva

Kamala 发表于 2021-12-28 21:05
Sob 用非root用户运行高斯，出现下面的报错，一般是什么原因呢

PGFIO/stdio: Bad file descriptor

上传输出文件

Kamala

sobereva 发表于 2021-12-28 21:21
上传输出文件

最令人郁闷的是他没有输出文件。
另外，我发现，直接root用户运行g09 显示 没有这g09命令，而从非root用户切换成root用户，却能成功运行

sobereva

Kamala 发表于 2021-12-29 15:49
最令人郁闷的是他没有输出文件。
另外，我发现，直接root用户运行g09 显示 没有这g09命令，而从非root用 ...

非root用户的.bashrc里没恰当配置。仔细看此帖弄清楚怎么正确安装和使用

Kamala

sob 我反复确认了一下 配置文件设置都没问题，实在不明白为什么，只有从自己的用户切换到root这么个插曲才能执行命令

Kamala

sobereva 发表于 2021-12-29 19:26
非root用户的.bashrc里没恰当配置。仔细看此帖弄清楚怎么正确安装和使用

找到问题纠结了 ，感谢sob的解答。问题在于文件的权限我是在root用户下创建的，而非root用户不具有所有权限，具体原因如下：

关于linux权限问题Permission denied.

Linux系统中，每个文件的权限默认是由创建它的使用者所指定的。而且权限不随文件环境的改变而变化。换言之，你从别的地方复制、下载、接受过来的文件权限与它原始的权限保持一致。


当新的操作者的权限低于文件默认的权限时，文件是没有办法运行的。当试图运行文件夹中的某个文件时，由于权限原因，文件被拒绝执行。系统提示：Permission denied.


如果有N多个文件，或者文件夹，如何批量修改呢？答案是使用chmod -R 777  [FolderName]（中括号里是你的文件夹名，实际输入不包括中括号）。这样这个文件夹，及其文件夹中的所有文件就都变成可读写、可执行的了。

ymc1582

sob老师您好，想问一下为什么在同样核数、同样使用64bitGaussian的情况下，Linux系统的计算速度会远远大于Win系统呢？

sobereva

ymc1582 发表于 2022-1-9 16:53
sob老师您好，想问一下为什么在同样核数、同样使用64bitGaussian的情况下，Linux系统的计算速度会远远大于W ...

可能和编译方式，Windows版的Gaussian的运行机制有关

maximos

Dear Teacher,
For Gaussian Linux version, do we need to install OpenMP, to run a parallel calculation ? And do we use the physical cores, or the virtual cores(threads) in the calculations ?

snljty

maximos 发表于 2022-4-28 20:30
Dear Teacher,
For Gaussian Linux version, do we need to install OpenMP, to run a parallel calculati ...

No need to install openmp yourself.
Generally using physical cores is suggested, you can find some discussion in details from Sob's blog http://sobereva.com/392 .

sobereva

maximos 发表于 2022-4-28 20:30
Dear Teacher,
For Gaussian Linux version, do we need to install OpenMP, to run a parallel calculati ...

Unlike MPI, running a code parallelized by OpenMP technique doesn't need to install anything.
If you only need to run Gaussian in a single computer, no additional library or package is needed.
The invoked number of threads should not exceed number of physical cores.

allen0507

看到大家都用WSL2 g16 没什么问题,
我安装了也没有问题, 但是gaussview 6 开了出来按一个分子进去就崩溃了.
出现了"segmentation fault".

想问下要用WSL2 开GV的话, 是有其他东西要设置 (个人是用ubuntu) 吗?
已装了libglu, libglew
已多装了 build-essential
RAM 用 free -m 指令查了有2GB - 7GB, 应该是够的.

知道SOB老师是不太喜欢WSL2, 抱歉抱歉.
就想问一下大家有冇解决辨法, 已经查找了很多天都没法解决.
不知道是不是缺失了gv所需要的package

X-windows 那边不知道是不是我在用WSL2, 也是弄了很多天都弄不到..

Lym

老师您好，我想问一下，出现这样错误的原因是什么呢？
PGFIO/stdio: Is a directory
PGFIO-F-/formatted read/unit=31/error code returned by host stdio - 21.
File name = Default.Route    formatted, sequential access   record = 1
In source file strinl.f, at line number 19

sobereva

Lym 发表于 2022-7-16 00:38
老师您好，我想问一下，出现这样错误的原因是什么呢？
PGFIO/stdio: Is a directory
PGFIO-F-/formatted  ...

确保Default.Route文件存在，而且你有访问权限

Lym

sobereva 发表于 2022-7-16 09:13
确保Default.Route文件存在，而且你有访问权限

谢谢老师，这个问题已经解决了，确实是没有这个文件。老师，我还想问一下，我当前在windows下用GaussView构建的分子软件放到linuxs上，提示识别不出来这个文件，是不是意味着我需要在linux下安装一个GaussView才行呢？
我当前是Redhat 8，我看到之前有老师有回答在ubuntu下安装首先需要安装一个csh软件，那如果当前在Redhat中也需要安装这个软件才行嘛？