Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

dingniu2 · 发表于 Post on 2021-10-2 21:59:04

请问老师gaussian正常运行对于高斯安装目录所有文件是否一定要求可写权限？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-4 01:39:04

dingniu2 发表于 2021-10-2 14:59
请问老师gaussian正常运行对于高斯安装目录所有文件是否一定要求可写权限？

我觉得不需要，只要安装的时候有足够的权限就行了，运行的时候高斯即使产生文件也是在scratch目录下，不会往安装目录里写任何东西。
其实这种问题都不需要问，自己试一下就知道了：先不设可写权限跑一下，如果没问题，就是不需要；如果有问题，设可写权限再跑一下，如果可以正常运行了，那就是需要；如果还是不能正常运行，那就是其他的哪个地方搞错了

hangmint · 发表于 Post on 2021-11-3 00:23:33

安装gauss出现gau-machine：未找到命令，在bashrc里面加载跟直接source都是这个错误

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-3 00:51:17

hangmint 发表于 2021-11-3 00:23
安装gauss出现gau-machine：未找到命令，在bashrc里面加载跟直接source都是这个错误

去Gaussian目录下看看有没有gau-machine可执行文件，没有的话说明压缩包不完整

hangmint · 发表于 Post on 2021-11-3 23:12:25

sobereva 发表于 2021-11-3 00:51
去Gaussian目录下看看有没有gau-machine可执行文件，没有的话说明压缩包不完整

已经解决了，这个是个可执行文件，但我在bsd下没有找到对应的，但我在bashrc中加入了PATH变量之后可以了。虽然profile中似乎声明了PATH，但这是我目前唯一的解决方法。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-4 14:26:31

hangmint 发表于 2021-11-3 23:12
已经解决了，这个是个可执行文件，但我在bsd下没有找到对应的，但我在bashrc中加入了PATH变量之后可以了 ...

本来就不在bsd下，明明就在Gaussian目录下

hangmint · 发表于 Post on 2021-11-5 16:01:51

sobereva 发表于 2021-11-4 14:26
本来就不在bsd下，明明就在Gaussian目录下

谢谢，刚才查看了，gau-machine是位于Gaussian下面，所以我在bashrc里面加入PATH之后，可以使用了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-5 16:18:26

hangmint 发表于 2021-11-5 16:01
谢谢，刚才查看了，gau-machine是位于Gaussian下面，所以我在bashrc里面加入PATH之后，可以使用了。

根本就不需要你手动加入，严格按照本文的安装流程安装，什么额外的都根本不需要做

hangmint · 发表于 Post on 2021-11-5 22:07:39

好的，我下午在另一台ubuntu上同样安装了g09，依旧是这个问题，最后在.bashrc中加入export PATH=/opt/gauss/g09/:$PATH
在.bashrc中没有加入之前PATH之前。我用echo $PATH 打印出我当前用户的PATH显示为/g09/bsd /g09/local /g09/extras /g09
加入PATH之后，出现了/opt/gauss/g09，我不知道是否与我将gauss安装在/opt目录下有关，十分感谢sob老师的解答，可能我这个问题算是个例吧。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-6 01:39:33

hangmint 发表于 2021-11-5 22:07
好的，我下午在另一台ubuntu上同样安装了g09，依旧是这个问题，最后在.bashrc中加入export PATH=/opt/gauss ...

跟装在哪无关
本来PATH环境变量就是g09.profile脚本里自动设的，根本不需要手动设，一看此文件内容便知

我在不同用户下、装过无数次、不同版本的Gaussian，没有一次例外。

hangmint · 发表于 Post on 2021-11-6 11:21:31

sobereva 发表于 2021-11-6 01:39
跟装在哪无关
本来PATH环境变量就是g09.profile脚本里自动设的，根本不需要手动设，一看此文件内容便知
...

版本问题，我看了我的g09.profile中的内容，里面是
   14       if [ "$g09D01root" ]
15    then gr=$g09D01root
16    fi
17 export GAUSS_EXEDIR="$gr/g09/bsd:$gr/g09/local:$gr/g09/extras:$gr/g09"
18 export GAUSS_LEXEDIR="$gr/g09/linda-exe"
19 export GAUSS_ARCHDIR="$gr/g09/arch"
20 export GAUSS_BSDDIR="$gr/g09/bsd"
21 export GV_DIR="$gr/gv"
所以我需要在bashrc中声明g09D01root而不是g09root，我修正之后注释掉了export PATH=/opt/gauss/g09:$PATH，可以正常使用。
所以不需要手动添加PATH，但要确保工作目录的名称也就是g09root与g09.profile中的变量名一致。
感谢sob老师的耐心讲解。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-6 17:32:12

hangmint 发表于 2021-11-6 11:21
版本问题，我看了我的g09.profile中的内容，里面是
14 if [ "$g09D01root" ]
15 the ...

你这个g09.profile绝对不是原版的，肯定是被别人改过的

Penson · 发表于 Post on 2021-12-8 18:19:02

windows系统下先安装了G09到D盘，然后把gview6.0装到G09文件夹里面，打开的时候不会报错路径什么的，也可以从gview在windows系统正常投opt的计算。但是把Linux算完的.chk文件下载下来打不开，.out和.fchk倒是可以，但是显示Opt等results总是有问题，也没法看轨道等功能。请问大家这类问题该如何解决？

snljty · 发表于 Post on 2021-12-8 19:59:28

Penson 发表于 2021-12-8 18:19
windows系统下先安装了G09到D盘，然后把gview6.0装到G09文件夹里面，打开的时候不会报错路径什么的，也可以 ...

本来chk就不能跨版本，无法解决。转成fch/fchk即可。看轨道用Multiwfn更方便，而且快得多。GaussView算半天还很容易卡的半死

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-12-8 20:22:15

Penson 发表于 2021-12-8 18:19
windows系统下先安装了G09到D盘，然后把gview6.0装到G09文件夹里面，打开的时候不会报错路径什么的，也可以 ...

formchk xxx.chk
本来Windows和Linux下的二进制文件就无法互通，只有文本文件才能互通

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