Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

wzkchem5

Lym 发表于 2022-7-16 05:40
谢谢老师，这个问题已经解决了，确实是没有这个文件。老师，我还想问一下，我当前在windows下用GaussView ...

高斯读取gjf、chk等文件不需要GaussView的辅助，所以不需要。
是否需要安装csh，取决于你用的脚本的语言，以及你在命令行输入的命令。当且仅当你用到了csh脚本，或者需要以csh的语法在命令行输入命令的时候，才需要安装，否则不需要。
以及，什么叫“识别不出来”？把你跑高斯的命令以及完整的报错信息贴出来（如果是调用的脚本，把完整的脚本也贴上来）

Lym

wzkchem5 发表于 2022-7-16 15:27
高斯读取gjf、chk等文件不需要GaussView的辅助，所以不需要。
是否需要安装csh，取决于你用的脚本的语言 ...

1.[Lym@localhost g16]$ g16 <h20.gjf> h20.out
ntrex1: Bad file descriptor
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 00000000007e8b92, rcx 000014c53a526afb
   rdx 0000000000000065, rsp 00007ffeb9ffb938, rbp 00000000ffffffff
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000000bd8, r8  0000000000000020
   r9  0000000000000401, r10 0000000000000007, r11 0000000000000202
   r12 00007ffeb9ffba90, r13 0000000001fa4e48, r14 fffffffff8010000
   r15 0000000000010000
输入文件：
%nprocshared=4
%mem=1300MB
%chk=E:\shared\h20.chk
# opt b3lyp/6-31g

Title Card Required

0 1
O                 -3.64425151    0.46637743    0.00000000
H                 -2.68425151    0.46637743    0.00000000
H                 -3.96470610    1.37131326    0.00000000
输出文件中：
%nprocshared=4
Will use up to    4 processors via shared memory.
%mem=1300MB
%chk=E:\shared\h20.chk
ntrex1
scratch中也能产生临时文件，不知道哪里出错了。

wzkchem5

Lym 发表于 2022-7-16 10:02
1.[Lym@localhost g16]$ g16  h20.out
ntrex1: Bad file descriptor
Error: segmentation violation

chk文件的路径写错了。把chk文件也上传到linux电脑上，然后按linux路径的写法写上chk文件的新路径。
你现在给的路径明显是windows系统下的路径名

cxh19990601

您好，我在g09w 32位上计算得到了out和chk文件，因为无法调高内存从而换为g16w 64位算，但是使用后输出文件为空白，g16w的安装都为默认，请问老师这是出现什么问题了？我使用gv6重新做了结构进行试计算发现g16w可以运行，请问如何使g09w上输出的文件继续在g16上运行？

sobereva

cxh19990601 发表于 2022-8-10 10:09
您好，我在g09w 32位上计算得到了out和chk文件，因为无法调高内存从而换为g16w 64位算，但是使用后输出文件 ...

先确保之前的Gaussian都已经干净卸载了

DapengDing

非常满意，每次安装都打开这贴，对比着一步一步下来，用不了5分钟就可以完美搞定。

Dyyyzz

请问sob老师，在用G09找过渡态的时候经常会出现CPU只用极少核数（甚至是1核）计算的情况（如图）是什么原因呢？机子为64G双线程，物理内存128G，输入文件命令为
%nprocshared=128
%mem=120GB
#p m062x/6-311+g(d,p) opt(TS,calcfc,noeigen) freq scrf=IEFPCM em=gd3

sobereva

Dyyyzz 发表于 2023-6-1 09:38
请问sob老师，在用G09找过渡态的时候经常会出现CPU只用极少核数（甚至是1核）计算的情况（如图）是什么原因 ...

“64G双线程”完全是不当描述
说清楚有多少物理核心
如果确实有128个物理核心，加上scf=noincore再试

Dyyyzz

sobereva 发表于 2023-6-1 12:18
“64G双线程”完全是不当描述
说清楚有多少物理核心
如果确实有128个物理核心，加上scf=noincore再试

谢谢sob老师，我的机器物理核心是64，开着超线程。重新去读了您的这篇文章，是不是应该始终把%nprocshared设置为64，但可以同时提交两个任务呢？

sobereva

Dyyyzz 发表于 2023-6-1 16:11
谢谢sob老师，我的机器物理核心是64，开着超线程。重新去读了您的这篇文章，是不是应该始终把%nprocshare ...

跑一个任务设64
跑两个任务都设32，并且绑定到不同CPU核心

初夏浅草

谢谢sob老师，按照教程安装好了。目前集群使用的作业系统是slurm，节点是双路52核，我在Default.Route里设置了
-P- 52
但是提交任务运算的时候发现，任务只用了1个核心，是否还有哪里需要配置？

sobereva

初夏浅草 发表于 2023-9-28 17:13
谢谢sob老师，按照教程安装好了。目前集群使用的作业系统是slurm，节点是双路52核，我在Default.Route里设 ...

slurm我不清楚

在输入文件里写上%nproc=52再试

一条君

【那么还可以同时跑4个乃至8个任务】老师，请问分配核数最好要分为偶数分之一吗？72核分3个任务不如分4个任务效率高吗，谢谢

wzkchem5

一条君 发表于 2024-3-8 03:05
【那么还可以同时跑4个乃至8个任务】老师，请问分配核数最好要分为偶数分之一吗？72核分3个任务不如分4个任 ...

总核数给定，而且能整除的情况下，分成偶数份相比分成奇数份没有特殊的优势，也没有特殊的劣势，”4个乃至8个任务“只是举例，并不是说4和8有什么特殊性。不过很多节点的核数是2的幂，此时只有分成偶数份才能整除。
一般来说，当内存足够时，一个任务的并行效率随着该任务核数的增加而单调下降（https://en.wikipedia.org/wiki/Amdahl%27s_law），除非算法特殊，否则不会和核数的奇偶性有关，更不会和同一个节点上跑的任务数的奇偶性有关。

hyc2000

sob老师您好，我在学校的计算平台上按照这个帖子的方法试图安装Gaussian，修改了bashrc文件，并重新连接了服务器、设置权限，整个过程没有报错，但是之后尝试运行时输入g09+文件名，显示command not found，然后我又试着用source执行了一遍，结果还是一样运行不了。请问该怎么解决？（部分文件夹名字是真实姓名学号所以打了码，这部分拼写检查过没有错误）