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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速)

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发表于 Post on 2024-5-19 20:14:42 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-5-19 19:57
我安装的软件top目录下,很多itp文件(像ffG431,ffG432)等打开出现error。。要怎么办》

这个不是什么error,像文件中说的一样,自带的水模型和其他.itp文件被移到了各个力场的文件夹中,使用时.top中应该include力场文件夹中的.itp。如果是对大分子进行模拟,pdb2gmx能自动生成.top,不需要自己操心,只要按屏幕上的提示选择力场和水模型就行。
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发表于 Post on 2024-5-19 20:38:45 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-5-19 20:14
这个不是什么error,像文件中说的一样,自带的水模型和其他.itp文件被移到了各个力场的文件夹中,使用时. ...

好的。谢谢

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发表于 Post on 2024-5-19 20:54:58 | 只看该作者 Only view this author
运行时出现错误。是什么问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-20 02:07:53 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-5-19 20:54
运行时出现错误。是什么问题?

确保压缩包下载完整,并且尝试放到其它分区、关闭任何防护程序再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-5-25 21:06:06 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-5-19 20:14
这个不是什么error,像文件中说的一样,自带的水模型和其他.itp文件被移到了各个力场的文件夹中,使用时. ...

我做有机小分子的模拟。sobtop准备小分子配体top文件。有些力场似乎没有,这个按照包是全的吗?

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发表于 Post on 2024-5-25 23:44:34 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-5-25 21:06
我做有机小分子的模拟。sobtop准备小分子配体top文件。有些力场似乎没有,这个按照包是全的吗?

有些力场没有指的是什么,有一些力场属于gmx支持但是不自带,可以下载后解压到top文件夹里
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发表于 Post on 2024-6-7 01:58:29 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想请问,使用2020.6 CUDA GPU加速版,除了常规的Gromacs的引用,是否还需要引用此网页?因为您这个毕竟是motified的版本。谢谢各位指导!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-7 02:13:28 | 只看该作者 Only view this author
Christ 发表于 2024-6-7 01:58
各位老师好,我想请问,使用2020.6 CUDA GPU加速版,除了常规的Gromacs的引用,是否还需要引用此网页?因为 ...

不用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-6-16 11:23:47 | 只看该作者 Only view this author
请问一下老师,我下载了 2020.6 CUDA GPU加速版,AVX2指令集,显卡型号4070,cuda驱动版本555.85;

在使用的过程中发现cpu占用率100%,显卡占用率0%,看起来是没有调用GPU导致的,这种情况应该怎样解决呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-16 19:23:11 | 只看该作者 Only view this author
Eudaimonia 发表于 2024-6-16 11:23
请问一下老师,我下载了 2020.6 CUDA GPU加速版,AVX2指令集,显卡型号4070,cuda驱动版本555.85;

在使 ...

尝试论坛里其他人编译的更新的gromacs windows GPU版
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发表于 Post on 2024-9-29 21:02:15 | 只看该作者 Only view this author
下载了visual studio,也配置了环境变量,输入gmx什么也没有欸,求大佬指教!

202409292100365896..png (19.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202409292100365896..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-30 01:33:03 | 只看该作者 Only view this author
月时计 发表于 2024-9-29 21:02
下载了visual studio,也配置了环境变量,输入gmx什么也没有欸,求大佬指教!

尝试其它windows下的gromacs版本,我发了不止一个,论坛里也有其他人发的
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