使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算

DLJS

sobereva 发表于 2023-8-3 17:41
强烈建议用sobEDA代替SAPT做大体系能量分解，速度又快（比DFT算单点耗时只高一倍多）又不耗内存和硬盘， ...

好的，非常感谢老师~

牧生

我们没有买Gaussian，所以只能用免费的软件。
近日遇到了一个疑问，氯化钠水溶液中，水分子之间可以形成氢键，


  
三个氢键的能量分解后的结果分别是
Total SAPT2+(3)dMP2              -6.04419615 [mEh]      -3.79279035 [kcal/mol]     -15.86903482 [kJ/mol]
  Total SAPT2+(3)dMP2              -3.88938541 [mEh]      -2.44062619 [kcal/mol]     -10.21157999 [kJ/mol]
  Total SAPT2+(3)dMP2              -5.04728701 [mEh]      -3.16722042 [kcal/mol]     -13.25165023 [kJ/mol]


另一方面，从等值面看起来，带正电的钠离子和水分子中的带负电氧原子之间电荷相反，有相互吸引的趋势，是范德华相互作用。四个区域做能量分解后得到
  Total SAPT2+(3)dMP2             -23.36736356 [mEh]    -14.66324201 [kcal/mol]     -61.35100458 [kJ/mol]
  Total SAPT2+(3)dMP2             -27.33041596 [mEh]     -17.15009493 [kcal/mol]     -71.75599721 [kJ/mol]
  Total SAPT2+(3)dMP2             -32.38181808 [mEh]    -20.31989762 [kcal/mol]     -85.01845164 [kJ/mol]
  Total SAPT2+(3)dMP2             -31.68921031 [mEh]    -19.88527969 [kcal/mol]     -83.20001022 [kJ/mol]

从数值来看，氢键作用弱于范德华相互作用。

疑问：潜意识中，我认为氯化钠水溶液中，水分子间的氢键，应该会高于钠离子和水分子的结合能啊？或者我的出发点就错了，不能用这个方法来判断钠离子与水分子之间的结合能？？

sobereva

牧生 发表于 2023-9-18 18:25
我们没有买Gaussian，所以只能用免费的软件。
近日遇到了一个疑问，氯化钠水溶液中，水分子之间可以形成氢 ...

钠离子的半径很大，因此价层区域电子密度较小，故IGMH等值面中间的颜色不会特别蓝
要搞清楚着色的原理，不要教条地指认

Oliviaw

SAPT理论在70年代没有考虑BSSE，那PSI4有没有把BSSE算进去？我的体系BSSE不可忽略，所以energy decomposition analysis的时候最好是考虑BSSE.

是不是CT项属于energy decomposition analysis的 delta E_int 的诱导项的一部分？

sobereva

Oliviaw 发表于 2024-4-8 14:55
SAPT理论在70年代没有考虑BSSE，那PSI4有没有把BSSE算进去？我的体系BSSE不可忽略，所以energy decompositi ...

SAPT原理上不存在BSSE的问题

EDA形式的，比如sobEDAw的能量分解，才可能有BSSE问题，sobEDA/sobEDAw可以在计算时以类似counterpoise的方式考虑BSSE问题，下文说了
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

不同EDA有不同的定义，诸如CT在sobEDA/sobEDAw里体现在极化项里

Oliviaw

sobereva 发表于 2024-4-9 10:20
SAPT原理上不存在BSSE的问题

EDA形式的，比如sobEDAw的能量分解，才可能有BSSE问题，sobEDA/sobEDAw可 ...

sobEDA/sobEDAw的贴子里只说了可以与g16联用。但是我的体系全部用orca算的，sobEDA/sobEDAw可以和orca联用吗？请问是不是改脚本就可以？脚本改哪几个地方？

贴子里说“在sobEDA或sobEDAw能量分解计算中，如果计算每个单体都使用整个体系里所有原子的基函数，则给出的ΔE_int及其各个能量成份就都相当于是counterpoise方法校正后的。” 请问是怎样操作？

sobereva

Oliviaw 发表于 2024-4-9 15:26
sobEDA/sobEDAw的贴子里只说了可以与g16联用。但是我的体系全部用orca算的，sobEDA/sobEDAw可以和orca联 ...

不支持ORCA

帖子里写得非常清楚

• iCP=0代表不用counterpoise校正，=1代表用（对应基组带w.CB后缀的情况）。分解弱相互作用的时候强烈建议用iCP=1以改进结果，分解化学键作用时则不建议iCP=1，不仅浪费很多时间，还可能令结果更差，见《计算化学键键能时考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的》（http://sobereva.com/381）。

yufeng

请问sob老师，PSI4怎么多节点并行呢？

sobereva

yufeng 发表于 2024-10-5 10:43
请问sob老师，PSI4怎么多节点并行呢？

没法多节点

yufeng

sobereva 发表于 2023-8-3 17:41
强烈建议用sobEDA代替SAPT做大体系能量分解，速度又快（比DFT算单点耗时只高一倍多）又不耗内存和硬盘， ...

请问sob老师，没有高斯能用sobEDA吗？

sobereva

yufeng 发表于 2024-10-7 17:01
请问sob老师，没有高斯能用sobEDA吗？

不能