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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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2022-Nov-28注:本帖从发帖伊始至今已经经历了7年半,有多达17239个回帖。由于回帖数目非常多,每当管理员把其它帖子合并至本帖时都需要非常长的数据库处理时间,还经常合并失败。因此本帖从此关帖,并同时开启了新版“简单量子化学问题答疑专帖”,见http://bbs.keinsci.com/thread-33965-1-1.html。未来请在新版帖子里提问。





看到有些人在其它帖子后面跟帖提问和主贴无关的比较简单的量化问题,本人不鼓励这样的做法,楼就歪了。但有些问题非常简单,单独发个帖子问也不值得(要不然论坛平均讨论质量会下降),所以特设此帖。凡是极为简单的,不需要后续反复讨论的、几句话就能写清楚的问题,请在此跟帖提问。此帖绝不仅限于LZ sob进行解答,其它人也欢迎参与解答。

涉及一堆图片、文字、输入输出文件的问题请单独发帖,别在此帖询问。
如果有人在量子化学版发帖问的内容属于特别初级,或者老生常谈的问题,我看到后也会合并到本帖里,避免没营养的信息拉低论坛讨论水准。

提问之前,一定要先用论坛首页的Google搜索框搜索论坛全文,确认找不到答案再问

与波函数分析、Multiwfn相关的问题不要在此帖咨询,请在"波函数分析与Multiwfn"板块发帖。论坛也有专门的Multiwfn简单问题答疑专贴:http://bbs.keinsci.com/thread-10181-1-1.html


另:几乎没什么量化基础的人做量化计算前应好好看看此贴
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 00:59:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖从发帖伊始至今已经经历了7年半,有多达17239个回帖。由于回帖数目非常多,每当管理员把其它帖子合并至本帖时都需要非常长的数据库处理时间,还经常合并失败。因此本帖从此关帖,并同时开启了新版“简单量子化学问题答疑专帖”,见http://bbs.keinsci.com/thread-33959-1-1.html。未来请在新版帖子里提问。
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发表于 Post on 2022-11-28 00:36:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 00:24
作者做那种筛选毫无意义。注意看
谈谈量子化学研究中什么样的benchmark才有意义
http://sobereva.com/5 ...

好的,谢谢卢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 00:27:20 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-27 13:23
老师好,我设置了两个片段作为初猜,在G09的计算结果如图,为什么片段二的电荷和多重度设定与输入文件不同 ...

上传完整输入输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 00:24:21 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-27 18:16
老师好,这篇文章表达的是筛选方法基组时,全部用B3LYP-D3BJ/cc-pvtz/IEFPCM THF 优化结构,使用不同方法基 ...

作者做那种筛选毫无意义。注意看
谈谈量子化学研究中什么样的benchmark才有意义
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发表于 Post on 2022-11-27 18:16:29 | 只看该作者 Only view this author
老师好,这篇文章表达的是筛选方法基组时,全部用B3LYP-D3BJ/cc-pvtz/IEFPCM THF 优化结构,使用不同方法基组算单点能吗?又是用什么指标来确定方法基组是最优的呢?然后后面进行计算是都是用M06-2x/cc-pvtz/IEF-PCM-THF 优化结构和计算单点能吗?


J Comput Chem - 2022 - Dubey - The importance.pdf

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发表于 Post on 2022-11-27 18:06:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-27 16:31
初始结构硫的键角错误。按化学常识重新画初猜结构,再算。不要轻信某些数据库里的三维分子结构,那些是用 ...

好的,谢谢老师,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-11-27 16:31:25 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2022-11-27 04:47
各位老师好,想问一个问题。图1是我在网站上下载的环丁枫分子结构。图2是我优化完了之后的,优化完了为什么 ...

初始结构硫的键角错误。按化学常识重新画初猜结构,再算。不要轻信某些数据库里的三维分子结构,那些是用软件自动生成的、为了给人看的,达不到做计算的要求。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-11-27 13:23:35 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我设置了两个片段作为初猜,在G09的计算结果如图,为什么片段二的电荷和多重度设定与输入文件不同?此外在G16计算,则是直接报错片段总电荷为4,而系统总电荷为2。该如何解决?

1669526624072.jpg (56.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 75)

1669526624072.jpg

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发表于 Post on 2022-11-27 11:47:14 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想问一个问题。图1是我在网站上下载的环丁枫分子结构。图2是我优化完了之后的,优化完了为什么变成了三部分?
优化的关键词:# opt b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj geom=connectivity

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发表于 Post on 2022-11-27 09:51:36 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想问一下我在写Molpro输入文件时,在CASSCF部分已经写了活性空间,请问在后面的RS2部分还需要写活性空间吗?

202211270951124051..jpg (54.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 74)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-27 01:08:20 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-11-26 11:50
我想请问一下各位老师有没有用Gaussian算过氧化石墨烯的结构优化呢?我想节选氧化石墨烯的一部分作为代表对 ...

边缘都没加氢,毫无意义
而且这么小一块根本代表不了氧化石墨烯。把下文看了
18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html

以后别上传chk文件,对别人没意义,还白浪费服务器空间
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-27 01:06:15 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2022-11-26 23:59
请问各位老师,同一体系在同一级别下用不同电脑计算结果是一样的吗?
对于氨基甲酰烯酮体系的优化和振动分 ...

看此文了解可能影响结果的各种因素
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html
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发表于 Post on 2022-11-26 23:59:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Yjc 于 2022-11-27 00:27 编辑

请问各位老师,同一体系在同一级别下用不同电脑计算结果是一样的吗?
对于氨基甲酰烯酮体系的优化和振动分析,我尝试了很多遍,就是无法在同一计算级别下优化到与实验室其他同学的结果(我算出的能量比他高4KJ/mol),而且振动分析中频率也有较大差异,请问这是什么原因?谢谢!注:我最后算出的各原子受力都是近似为零的。
坚信J曲线的力量,永远做正确的事

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-11-26 15:48:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-11-26 15:50 编辑
KCM@SHU 发表于 2022-11-26 15:23
我想请问一下各位老师,比如说我在用opt+freq计算结构的时候,最开始我用的时PBE1PBE方法,然后优化成功后 ...

r=restricted,自旋向上和自旋向下的电子两两匹配,闭壳层的结构默认r
u=unrestricted,对电子两两匹配不作限制,开壳层的结构默认u
一般用默认的r或u(即不用设置),除非开壳层单重态这类结构(系统默认r,但是实际上是u,所以要指定u)。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-11-26 15:23:03 | 只看该作者 Only view this author
我想请问一下各位老师,比如说我在用opt+freq计算结构的时候,最开始我用的时PBE1PBE方法,然后优化成功后输出文件的summary里面显示的方法时upbe1pbe我想问一下像这种前面带u,r这些字母的具体是什么含义呢?如果我想进一步计算能量,那我是应该在结构优化得出的upbe1pbe这种方法下进行计算,还是用原来的pbe1pbe算呢?

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