简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-17 08:42:03

ABetaCarw 发表于 2018-7-16 11:29
老师好，我用#p b3lyp/genecp（6-31G* Lanl2dz） scrf=smd TD opt 计算含Fe配合物激发态，主要是研究荧 ...

那个数值是****没关系，是由于CT特征太小，导致hole和electron质心位置过近所致

正常

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-17 08:42:46

qingqing1223 发表于 2018-7-16 18:18
请问社长，我在用Multiwfn计算HF与NH4阳离子的dimer体系进行原子盆积分的时候，在选择2 The same as 1, but ...

最好能上传输入文件，我在我这里算算看看

qingqing1223 · 发表于 Post on 2018-7-17 09:13:31

sobereva 发表于 2018-7-17 08:42
最好能上传输入文件，我在我这里算算看看

输入文件已上传，谢谢社长！

mly12345 · 发表于 Post on 2018-7-17 09:26:22

本帖最后由 mly12345 于 2018-7-17 15:32 编辑

sobereva 发表于 2018-7-17 08:40
你最好把你的完整操作步骤贴一下

1. S0输入：
%chk=L-charge-S0.chk
#p CAM-B3LYP/genecp int=fine

B3LYP/6-31G*

0 1
【基态几何优化坐标】

C O N H 0
6-31G*
****

2. S1输入：
%mem=2GB
%chk=L-charge-S1.chk
#p CAM-B3LYP/genecp int=fine td(root=1) density out=wfn

B3LYP/6-31G

0 1
【激发态几何优化坐标】

C O N H 0
6-31G*
****

L-charge-S1.wfn

mly12345 · 发表于 Post on 2018-7-17 11:15:55

sobereva 发表于 2018-7-17 08:40
你最好把你的完整操作步骤贴一下

我知道了，老师，我算片段电荷的时候，输入的是：5 6 7
实际只算了5
应该输入5，6，7才对。

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-17 13:39:24

平辉正发表于 2018-7-16 12:51
已重新上传压缩包，https://pan.baidu.com/s/1hfH_QgttGXGe8-PeD5aHIw

标准的cube文件应当是第三个维度每次循环一遍之后空一行，但是你的cube文件不标准，没有空行，所有数据全都是连着的，所以载入不了。

另外，Multiwfn目前只能支持矩形格子，但1.cube文件的格子不是矩形的，虽然我改过代码后可以载入，也没法用来正确分析

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-17 14:19:54

qingqing1223 发表于 2018-7-16 18:18
请问社长，我在用Multiwfn计算HF与NH4阳离子的dimer体系进行原子盆积分的时候，在选择2 The same as 1, but ...

我看了下，结果可以用
出现那个提示是因为当前体系的计算的盒子中有电子密度极为稀薄的区域，导致那些区域的格点难以归属。这影响甚微

qingqing1223 · 发表于 Post on 2018-7-17 16:18:09

sobereva 发表于 2018-7-17 14:19
我看了下，结果可以用
出现那个提示是因为当前体系的计算的盒子中有电子密度极为稀薄的区域，导致那些区 ...

好的，谢谢社长

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2018-7-18 21:30:26

sob老师，Multiwfn可以输出氢键的键能吗？不用AB-A-B这样的方法。

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-18 21:45:42

旺旺雪饼发表于 2018-7-18 21:30
sob老师，Multiwfn可以输出氢键的键能吗？不用AB-A-B这样的方法。

用BCP处势能密度除以2估算。手册4.2.1节有例子。另外也可以通过静电势估算，手册4.1.2节有例子

旺旺雪饼 · 发表于 Post on 2018-7-18 21:48:27

sobereva 发表于 2018-7-18 21:45
用BCP处势能密度除以2估算。手册4.2.1节有例子。另外也可以通过静电势估算，手册4.1.2节有例子

好的，感谢老师指点

平辉正 · 发表于 Post on 2018-7-18 22:47:27

sobereva 发表于 2018-7-17 13:39
标准的cube文件应当是第三个维度每次循环一遍之后空一行，但是你的cube文件不标准，没有空行，所有数据 ...

明白了，非常细致的讲解，拜谢Sob大神，我自己试试

啃骨魔 · 发表于 Post on 2018-7-19 22:14:06

各位老师好！我是做有机小分子晶体方向的，现在想用AIM和RDG分析晶体内的分子间相互作用，在学习sob老师的博文“使用Multiwfn图形化研究弱相互作用”，那么在优化结构生成wfn或fch时必须要加pbc的关键词吧，使用PC机基本跑不下来。
我现在可以使用castep通过平面波方法优化晶体结构，请问老师有没有比较简便的从优化后结构产生wfn的方法？我选取分子簇后即使算单点能也要花很长时间，有时还不能正确结束。还有请问一下如何对整个晶体进行promolecular处理，可以利用RDG研究弱相互作用在整个晶体中的分布？如果能提供一个例子就更好了。我使用一个优化后的有机晶体结构在multiwfn中进行promolecular处理后存成func1.cub和func2.cub，在vmd中仍然只显示不对称单元。
非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-20 09:53:41

啃骨魔发表于 2018-7-19 22:14
各位老师好！我是做有机小分子晶体方向的，现在想用AIM和RDG分析晶体内的分子间相互作用，在学习sob老师的 ...

分子晶体里取出分子簇算个单点一般不会花多少时间。诸如Multiwfn的JCC原文里通过RDG分析尿素晶体里的弱相互作用例子就是这么干的。只要你的簇小于200个原子，用B3LYP/6-31G*这种档次算个单点不会有多昂贵。还算不动还可以用ORCA在RI-BLYP/def2-SVP下算，速度还能快得多。如果RI-BLYP/def2-SVP都算不动，就只能用promolecular近似了。

想直接用promolecular近似的RDG或IGM考察晶体而不截取团簇的话，先把晶胞延展成复晶胞，然后在MS里选择unbuild crystal，去掉周期性，然后导出pdb，直接给Multiwfn分析就完了。

啃骨魔 · 发表于 Post on 2018-7-20 11:16:14

谢谢sob老师指导！

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