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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 11:50:26 | 只看该作者 Only view this author
Chenglong_li 发表于 2018-9-11 10:27
几何优化后得到fchk文件,使用Multiwfn绘制分子表面时,出现了如下错误提示,请问是Multiwfn的设置有问题吗 ...

手动运行
/home/ncvdse/gaussian/g16/cubegen 36 potential=SCF /home/ncvdse/chenglong/CS-LYS.fchk ESPresult.cub -5 h < cubegenpt.txt > nouseout
看是否能执行成功,如果能,看看cubegenpt.txt里的信息有没有诡异的地方
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发表于 Post on 2018-9-11 14:29:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-11 11:50
手动运行
/home/ncvdse/gaussian/g16/cubegen 36 potential=SCF /home/ncvdse/chenglong/CS-LYS.fchk ES ...

提示如下:
Error: segmentation violation, address not mapped to object
Error: segmentation violation, address not mapped to object
段错误(吐核)
当不借用cubegen时,是可以正常计算静电势的。

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发表于 Post on 2018-9-11 16:15:09 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您的博文《利用Multiwfn计算Gaussian输出的激发态之间的跃迁偶极矩》与利用dalton里的DOUBLE RESIDUE得到的信息是一致的吗?

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发表于 Post on 2018-9-11 17:08:34 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我的体系涉及到Am原子和很多背景电荷,用g16得到了正常的fchk文件。
1、我用60小核赝势算Am,将fchk作为Multiwfn输入文件,图片提示部分是否影响我得到正确的波函数分析结果;
2、体系有几千个Bq原子,这些Bq应该都没有EDF,有没有办法默认不加载这些Bq的EDF,不然得按几千下skip
谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 20:12:19 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-9-11 16:15
Sob老师,您的博文《利用Multiwfn计算Gaussian输出的激发态之间的跃迁偶极矩》与利用dalton里的DOUBLE RESI ...

原理不同
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 20:13:33 | 只看该作者 Only view this author
Chenglong_li 发表于 2018-9-11 14:29
提示如下:
Error: segmentation violation, address not mapped to object
Error: segmentation viola ...

手动运行也失败的话,把并行线程数(36)改小了再试试
如果体系很大,把GAUSS_MEMDEF环境变量设为较大的值比如export GAUSS_MEMDEF=4000000000再试
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发表于 Post on 2018-9-11 20:30:12 | 只看该作者 Only view this author

那对于在这两种方式下,得到的激发态之间的跃迁偶极矩,差别大吗?可以用Multiwfn计算的结果来代替dalton的结果吗,因为不熟悉dalton

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 20:39:42 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2018-9-11 17:08
请问sob老师,我的体系涉及到Am原子和很多背景电荷,用g16得到了正常的fchk文件。
1、我用60小核赝势算Am ...

不影响。
你可以把settings.ini里的isupplyEDF设成0,不让程序设定EDF

下次更新Multiwfn的时候(估计本月12或13号)我会做个修改,应该能自动跳过Bq原子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 20:40:43 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-9-11 20:30
那对于在这两种方式下,得到的激发态之间的跃迁偶极矩,差别大吗?可以用Multiwfn计算的结果来代替dalton ...

Multiwfn这种计算方式本来就是很理想的
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发表于 Post on 2018-9-11 20:47:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-11 20:40
Multiwfn这种计算方式本来就是很理想的

自己试了试,发现multiwfn得出的激发态间跃迁偶极矩与DALton的结果有些差异,这个怎么理解?或者说,这两种方式在计算激发态间跃迁偶极矩时各有什么优缺点?多谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-11 20:52:52 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-9-11 20:47
自己试了试,发现multiwfn得出的激发态间跃迁偶极矩与DALton的结果有些差异,这个怎么理解?或者说,这两 ...

原理不一样
Multiwfn给出的结果绝对没问题,又方便又快
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发表于 Post on 2018-9-11 21:02:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-11 20:52
原理不一样
Multiwfn给出的结果绝对没问题,又方便又快

嗯嗯。就是不确定二者给出的值的物理意义是否相同,所以确认下。
那我是不是可以这样理解,sob老师,可以用Multiwfn计算的激发态间跃迁偶极矩,来替代使用Dalton的Response模块(DOUBLE RESIDUE,quadratic response function)计算的激发态间跃迁偶极矩?

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发表于 Post on 2018-9-11 21:17:56 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下文章的这种说法对不对呀?

QQ截图20180911160241.png (165.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 133)

拉普拉斯值与氢键的关系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-12 05:22:10 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-9-11 21:02
嗯嗯。就是不确定二者给出的值的物理意义是否相同,所以确认下。
那我是不是可以这样理解,sob老师,可 ...

当然可以,要不然Multiwfn那个功能还有什么用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-12 05:25:16 | 只看该作者 Only view this author
ssfm 发表于 2018-9-11 21:17
各位老师我想问一下文章的这种说法对不对呀?

表述不严谨
都没说清楚拉普拉斯值计算的位置,虽然懂AIM的人都知道作者说的应该是BCP位置
并不是BCP位置拉普拉斯函数数值大于0就一定是闭壳层作用,见
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
极性共价键照样可能大于0

最后说色散作用极其微弱,这种说法在没有具体前提的情况下难以成立。
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