NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

beyond

刚刚用Gromacs+Colvars 跑了一个meta-eABF, 请教楼主一个问题：
如何判断模拟收敛了呢？貌似模拟过程中，直接输出了PMF，并且备份前面输出的一个。
但是再往前的PMF就丢失了，并不能像PLUMED那样，可以给出任意模拟时间的PMF。

不知道楼主是如何监测模拟进程的 ？谢谢！

fhh2626

beyond 发表于 2020-12-11 06:28
刚刚用Gromacs+Colvars 跑了一个meta-eABF, 请教楼主一个问题：
如何判断模拟收敛了呢？貌似模拟过程中， ...

如果你设置了historyFreq的话，colvars会输出一个.hist.czar.pmf文件，记录所有的pmf

beyond

fhh2626 发表于 2020-12-11 10:04
如果你设置了historyFreq的话，colvars会输出一个.hist.czar.pmf文件，记录所有的pmf

谢谢楼主！第一眼看到hist，还以为是histogram呢
我再看看Colvars的manual！

yang001

你好，我按照“BFEE: A User-Friendly Graphical Interface Facilitating Absolute Binding Free-Energy Calculations”这篇文章附件中“p41-abl”例子采用bfee v1.1生成了模拟初始文件并顺利模拟（constant T控制采用langevin动力学，NAMDv2.13）完毕，但是计算的自由能（采用默认参数）为+1.23kcal/mol，请问是什么原因呢？

fhh2626

yang001 发表于 2020-12-16 11:27
你好，我按照“BFEE: A User-Friendly Graphical Interface Facilitating Absolute Binding Free-Energy Ca ...

BFEE只是把输入文件做好，但是很多具体的模拟参数还是要自己调一下，比如默认的模拟步数第1、7、8步（很可能是第7步）很可能收敛得不是很好，要分窗口并且延长模拟时间

yang001

minishotgun 发表于 2020-6-2 10:57
付老师您好，目前我们在用meta-eABF方法进行模拟，但自由能面一直不收敛（如图所示）。请问我们可以在脚本 ...

请问这种PMF随时间的变化曲线是怎么做出来的

yang001

fhh2626 发表于 2020-12-16 13:40
BFEE只是把输入文件做好，但是很多具体的模拟参数还是要自己调一下，比如默认的模拟步数第1、7、8步（很 ...

请问您说的分窗口是如何实现的？比如对于007_r来说，将原来的 {lowerboundary        10.0；  upperboundary        33.0}改为   {lowerboundary        10.0；  upperboundary        20.0}    ， {lowerboundary        16.0；  upperboundary        26.0} ， {lowerboundary        22.0；  upperboundary        33.0}三个分别模拟吗？那么后续结果如何处理呢？

fhh2626

yang001 发表于 2020-12-16 15:26
请问这种PMF随时间的变化曲线是怎么做出来的

输出有个.hist.pmf文件，你算每一帧和最后一帧的RMSD差别，或者算每一帧和0向量的差别，就可以得到PMF RMSD随时间的变化

分窗口的话，比如第7步距离范围是10-35，你可以分别跑范围10-13,13-16,16-19,19-35，然后把输出的PMF加减一个常数，头尾连接起来，因为靠近蛋白质的部分比较复杂，所以靠近蛋白质的部分可以把窗口分小一些

yang001

fhh2626 发表于 2020-12-17 12:30
输出有个.hist.pmf文件，你算每一帧和最后一帧的RMSD差别，或者算每一帧和0向量的差别，就可以得到PMF RM ...

还有一个问题，我在模拟自己的小分子和蛋白质之间结合自由能时，在170ns的模拟时长内，从RMSD_unbound2.abf1.count中可以看到0-1.175A之内的count数为0，而在RMSD_bound2.abf1.count中的数目也比其他RMSD区间少20倍，这种情况对结果影响大吗？需要采取什么措施来解决这个问题吗？

fhh2626

yang001 发表于 2020-12-17 15:15
还有一个问题，我在模拟自己的小分子和蛋白质之间结合自由能时，在170ns的模拟时长内，从RMSD_unbound2.a ...

这个正常的，因为几何熵的作用导致RMSD=0的自由能接近于无限大，所以那个点不会有采样的

yang001

fhh2626 发表于 2020-12-17 15:45
这个正常的，因为几何熵的作用导致RMSD=0的自由能接近于无限大，所以那个点不会有采样的

采用分窗口，模拟还没有结束，自由能已经达到-7.31kcal/mol,和实验结果非常接近了，对这个方法信心更大了

yang001

发现是自己参数设置错误，不好意思，怎么删除呀

fhh2626

yang001 发表于 2020-12-21 19:38
发现是自己参数设置错误，不好意思，怎么删除呀

什么意思？这幅图没看出来有什么错误啊。。。

yang001

fhh2626 发表于 2020-12-17 15:45
这个正常的，因为几何熵的作用导致RMSD=0的自由能接近于无限大，所以那个点不会有采样的

你好，我发现007_r中，小分子移动的路线是贴着蛋白出来的（如图），经过目测有更好的解离路线（蓝色圆圈的方向），请问有没有简便的方法选择蛋白的特定残基，使这些特定残基和小分子质心的连线沿着目测的解离路线呢？虽然说自由能是状态函数，但按照原来的路线移动到溶剂中，需要的溶剂盒子更大，新的路线的话移动到溶剂中需要的溶剂盒子应该小很多，计算更有效率

fhh2626

yang001 发表于 2020-12-23 15:18
你好，我发现007_r中，小分子移动的路线是贴着蛋白出来的（如图），经过目测有更好的解离路线（蓝色圆圈 ...

github版本的BFEE可以设置reference，第7步的方向是reference质心和配体质心的连线，你可以合理设置reference达到这个要求