NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

yang001 · 发表于 Post on 2020-12-24 15:36:51

fhh2626 发表于 2020-12-23 19:22
github版本的BFEE可以设置reference，第7步的方向是reference质心和配体质心的连线，你可以合理设置refer ...

我自己的体系对于001，007，008采用分窗口模拟，每个轨迹的PMF收敛之后统计结果，最后计算得到的自由能为-21.88kcal/mol，通过实验IC50计算(ΔGbinding ≈ 8.314*300/4185.85 lnIC50 = 0.596 lnIC50 )得到的自由能大约为-9kcal/mol,差别还挺大的，我有四个小分子，我不清楚最终自由能计算是得到正确的大小顺序排序，还是要和实验准确的一致？如果要准确的一致，请问我该如何调整参数呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-12-24 15:41:28

yang001 发表于 2020-12-24 15:36
我自己的体系对于001，007，008采用分窗口模拟，每个轨迹的PMF收敛之后统计结果，最后计算得到的自由能为 ...

收敛得好的话应该可以得到准确的绝对自由能的

感觉你第7步可以加点时间试试，尤其是配体靠近蛋白质的窗口

yang001 · 发表于 Post on 2020-12-27 10:54:00

fhh2626 发表于 2020-12-24 15:41
收敛得好的话应该可以得到准确的绝对自由能的

感觉你第7步可以加点时间试试，尤其是配体靠近蛋白质的 ...

请问ABF方法除了可以得到绝对自由能之外，还能获得什么信息呢（能不能给出文献）？比如MM-PBSA分析可以得到关键的残基和关键的作用力的形式

tjuptz · 发表于 Post on 2020-12-27 19:11:28

NAMD的高级功能是挺香的，不过力场主要还是charmm，要是其他力场也方便弄topo就好了

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-12-28 19:47:09

tjuptz 发表于 2020-12-27 19:11
NAMD的高级功能是挺香的，不过力场主要还是charmm，要是其他力场也方便弄topo就好了

NAMD可以直接支持AMBER力场格式，另外OPLS-AA力场也是以CHARMM格式发布的啊

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-12-28 19:50:39

yang001 发表于 2020-12-27 10:54
请问ABF方法除了可以得到绝对自由能之外，还能获得什么信息呢（能不能给出文献）？比如MM-PBSA分析可以得 ...

你可以用第7步的轨迹，以任何你想要的方式做pair interaction，然后投影在反应坐标上

tjuptz · 发表于 Post on 2020-12-28 21:18:28

本帖最后由 tjuptz 于 2020-12-28 21:42 编辑

fhh2626 发表于 2020-12-28 19:47
NAMD可以直接支持AMBER力场格式，另外OPLS-AA力场也是以CHARMM格式发布的啊

我看手册说支持amber格式和部分支持gromacs的top文件，但是用namd支持的力函数形式才性。谢谢fu老师告知，官网找到opls-aa了，有protein和RNA，不过opls-aa我觉得主要还是用在非生物体系上，小分子可能用ligpargen产生的gmx格式也行；另外，uff如何在namd中使用呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-12-29 00:12:56

tjuptz 发表于 2020-12-28 21:18
我看手册说支持amber格式和部分支持gromacs的top文件，但是用namd支持的力函数形式才性。谢谢fu老师告知 ...

top文件的支持不太靠谱，不过ligpargen是会生成charmm格式的

uff可能你只能自己制作一个力场文件了

tjuptz · 发表于 Post on 2020-12-29 09:51:00

fhh2626 发表于 2020-12-29 00:12
top文件的支持不太靠谱，不过ligpargen是会生成charmm格式的

uff可能你只能自己制作一个力场文件了

哦哦，那oplsaa知道咋用了

yang001 · 发表于 Post on 2020-12-29 10:51:04

fhh2626 发表于 2020-12-23 19:22
github版本的BFEE可以设置reference，第7步的方向是reference质心和配体质心的连线，你可以合理设置refer ...

如果修改了reference，所有的模拟都要重新跑一遍吗？还是只需要重新跑007_r这一步就行？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-12-29 11:43:00

yang001 发表于 2020-12-29 10:51
如果修改了reference，所有的模拟都要重新跑一遍吗？还是只需要重新跑007_r这一步就行？

2-7需要重跑

DwyaneWan · 发表于 Post on 2021-1-7 18:28:57

请问如果是看两个分子结合的自由能，是不是，在atom group当中将所有原子序号放进去呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-1-8 08:19:42

DwyaneWan 发表于 2021-1-7 18:28
请问如果是看两个分子结合的自由能，是不是，在atom group当中将所有原子序号放进去呢？

要算沿两个分子质心距离的pmf，然后积分

DwyaneWan · 发表于 Post on 2021-1-8 13:15:07

fhh2626 发表于 2021-1-8 08:19
要算沿两个分子质心距离的pmf，然后积分

积分了之后然后在对应得位置写上对应数值嘛？
请问付博士有这个相关得文献和tutorial推荐吗？十分感谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-1-8 15:08:01

DwyaneWan 发表于 2021-1-8 13:15
积分了之后然后在对应得位置写上对应数值嘛？
请问付博士有这个相关得文献和tutorial推荐吗？十分感谢

https://pubs.acs.org/doi/pdf/10. ... ergy%20of%20binding,to%20that%20of%20the%20unbound.&text=A%20comparison%20is%20made%20with,of%20binding%20from%20the%20PMF.

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[NAMD] NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

浏览过的版块