gromacs中聚合物模拟相关帖子总结

tjuptz

对于分子量较大线性聚合物，其拓扑文件难以应用工具直接生成。通过补力场，使用pdb2gmx来进行，论坛中有很多有价值的讨论，现整理如下：
用什么方法可以模拟polymer architecture对粘结强度的影响
请问怎样在GAFF下跑隐式溶剂模型？
求助：关于如何利用pdb2gmx产生聚合物的top文件的问题（.pdb文件相关）
请教：关于GAFF中两种相同的原子类型能否“合并”的问题
gromacs中pairs的存在感求助：GAFF力场模拟高分子怎么获取RESP
以及我提问的几个帖子也与补参数相关，可见我的帖子列表。

下面几个帖子关于聚合物模拟的建模、力场选择、参数获取等：
如何构建球形或者管状的聚合物？
聚合物模拟的力场参数如何选取和获得的问题
使用VMD中的topo模块构建 .data, .psf, .top文件
使用pdb2gmx构建聚合物top的问题 里有提到最新工具以及一些大佬的讨论
其中，交联聚合物是块难点：
请教无定形交联聚合物如何建模
请教交联聚合物拓扑文件中原子电荷的问题
构建PA膜时，怎么保证盒子里的单体只与MPD-TMC二聚体反应？
polymatic建交联聚酰胺，使用perl脚本显示调用不了polymatic.pm模块

环氧树脂的交联聚合物建模有现成的MS Perl脚本，在其官方论坛和小毒虫可以找到。

naoki

啊哈我的帖子被汇总进来了 在大家的帮助下现在这些个问题初步解决 等我忙完这段时间总结一下。

tjuptz

naoki 发表于 2020-2-3 16:25
啊哈我的帖子被汇总进来了 在大家的帮助下现在这些个问题初步解决 等我忙完这段时间总结一下。

期待期待~~

xuexidewenzi

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YuQ_99

naoki 发表于 2020-2-3 16:25
啊哈我的帖子被汇总进来了 在大家的帮助下现在这些个问题初步解决 等我忙完这段时间总结一下。

你好，请问你的聚合物的结构和力场文件是咋解决的呢？

youknowdcf

YuQ_99 发表于 2024-9-15 11:35
你好，请问你的聚合物的结构和力场文件是咋解决的呢？

用charmmgui的polymer模块生成就可以