使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-6-29 10:27:35

sobereva 发表于 2022-6-29 01:31
不知道你指的续算什么，提问时要交代清楚，避免任何可能的歧义

不好意思，我是我说的不够详细，就是第四步的时候先用Gaussian的B3LYP/6-31G*来算出结构和自由能热校正量，然后继续用Gaussian的B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP在优化后的结构基础上，计算高精度单点能。

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-30 00:44:53

无敌菠萝派发表于 2022-6-29 10:27
不好意思，我是我说的不够详细，就是第四步的时候先用Gaussian的B3LYP/6-31G*来算出结构和自由能热校正量 ...

可以，只不过速度明显慢于ORCA，对于瑞德西韦这种中等偏大的体系在Gaussian里用双杂化结合这种档次的基组都算不动

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-7-4 23:27:14

sobereva 发表于 2022-6-30 00:44
可以，只不过速度明显慢于ORCA，对于瑞德西韦这种中等偏大的体系在Gaussian里用双杂化结合这种档次的基组 ...

sob老师，我还想请教一个问题，我用gfn0 优化过渡金属络合物看着还挺正常的，就是金属和配体离得有点远，可能不像形成配位键的样子。但是一用gfn 2优化后，金属直接把配体给配位得四分五裂了，原本的配体分裂成了好几个小基团。这种情况怎么办呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-5 08:50:57

无敌菠萝派发表于 2022-7-4 23:27
sob老师，我还想请教一个问题，我用gfn0 优化过渡金属络合物看着还挺正常的，就是金属和配体离得有点远， ...

尝试GFN1-xTB
GFN0-xTB无论优化成什么样都不说明问题，毕竟太糙了，更何况还是成键比一般有机体系更复杂的过渡金属配合物

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-7-5 09:33:07

sobereva 发表于 2022-7-5 08:50
尝试GFN1-xTB
GFN0-xTB无论优化成什么样都不说明问题，毕竟太糙了，更何况还是成键比一般有机体系更复杂 ...

好的，多谢sob老师

夜千 · 发表于 Post on 2022-7-5 17:20:01

老师，请问您一下，目前教程的步骤我单独做下来没有问题，同时我需要多任务并行，参考了您另一个帖子中，说修改setting，用molclus setting.int定义这个设置，用molclus xxx.int xxx.xyz计算，我从这一步开始，就被提示molclus命令不存在，想请问这个怎么解决呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-6 00:38:07

夜千发表于 2022-7-5 10:20
老师，请问您一下，目前教程的步骤我单独做下来没有问题，同时我需要多任务并行，参考了您另一个帖子中，说 ...

检查一下PATH变量里有没有molclus所在目录，如果没有的话加上

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-6 07:29:48

夜千发表于 2022-7-5 17:20
老师，请问您一下，目前教程的步骤我单独做下来没有问题，同时我需要多任务并行，参考了您另一个帖子中，说 ...

http://sobereva.com/ccFAQ#notfound

只有.ini没有.int

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-7-15 09:44:56

sobereva 发表于 2022-7-5 08:50
尝试GFN1-xTB
GFN0-xTB无论优化成什么样都不说明问题，毕竟太糙了，更何况还是成键比一般有机体系更复杂 ...

sob老师，我试了GFN1-xTB、GFN2-xTB、GFN ff-xTB，发现都会出现配体被金属配位导致分裂的问题，然后我偶然发现，你以前在回复另一个相似问题的时候说用gaussian调UFF力场来优化初始结构，不知道现在这种方法还可行吗？（附上原贴http://bbs.keinsci.com/thread-6291-1-6.html）

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-15 09:53:29

无敌菠萝派发表于 2022-7-15 09:44
sob老师，我试了GFN1-xTB、GFN2-xTB、GFN ff-xTB，发现都会出现配体被金属配位导致分裂的问题，然后我偶 ...

用DFT

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-7-15 11:02:14

sobereva 发表于 2022-7-15 09:53
用DFT

是指用DFT的B3LYP来优化结构吗？但是我感觉好像DFT对于这种随手摆的初始构象我查看优化步数的时候形状改变的幅度很有限，而且容易不收敛

adong · 发表于 Post on 2022-7-15 21:33:56

本帖最后由 adong 于 2022-7-15 21:35 编辑

sob老师，在“用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能”这一步中，如何保存ORCA算单点的输出结果？settings文件中设置了ibkchk= 2 和 ibkgbw= 2，但是只有chk文件，没有gbw文件

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-16 09:03:27

无敌菠萝派发表于 2022-7-15 11:02
是指用DFT的B3LYP来优化结构吗？但是我感觉好像DFT对于这种随手摆的初始构象我查看优化步数的时候形状改 ...

没这回事
初始结构摆得靠谱、关键词用得得当，对有机体系不可能难收敛（至少极个别不收敛情况也能轻易按照http://sobereva.com/164解决）

“形状改变的幅度很有限” 语义不明。初始结构摆得越接近极小点，当然优化过程看起来结构变化越小。

什么级别优化在本帖的例子中已经体现得很清楚了。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-16 09:04:46

adong 发表于 2022-7-15 21:33
sob老师，在“用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能”这一步中，如何保存ORCA算单点的输 ...

molclus输出信息直接就有ORCA的单点能
根本不需要保留ORCA的输出文件或者gbw文件

adong · 发表于 Post on 2022-7-16 21:01:33

sobereva 发表于 2022-7-16 09:04
molclus输出信息直接就有ORCA的单点能
根本不需要保留ORCA的输出文件或者gbw文件

sob老师，主要是想用gbw文件顺带着看下HOMO/LUMO

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