使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

护卫天使 · 发表于 Post on 2023-1-6 13:11:03

老师好，我在搜索构象时，使用-gfn 2 -gbsa h2o作动力学，其中使用shake=1时，模拟一会就会出现C-P键断开，跑到比较远的位置；使用shake=2的时候就不会有这个问题，请问能否使用shake=2作动力学模拟？

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-7 02:03:25

护卫天使发表于 2023-1-6 13:11
老师好，我在搜索构象时，使用-gfn 2 -gbsa h2o作动力学，其中使用shake=1时，模拟一会就会出现C-P键断开 ...

原理上来说这是当前的理论方法有内在问题。但如果用shake=2能跑出来看起来合理的轨迹，那倒也可以

cbs · 发表于 Post on 2023-3-2 20:27:34

请教老师做精确单点能计算那一步，gaussian里的关键词为啥不加溶剂呀。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-3 06:04:43

cbs 发表于 2023-3-2 20:27
请教老师做精确单点能计算那一步，gaussian里的关键词为啥不加溶剂呀。

文中明确说了

本例计算时在DFT做优化过程中没有考虑溶剂模型，不用担心这会造成明显问题。对前面找出来的能量最低结构，笔者之后又在IEFPCM模型表现的水环境下在相同级别做了优化。下图是气相下（红线）和水模型下（蓝线）优化后的叠合图，可见结构差异基本可以忽略。

Caroline2022 · 发表于 Post on 2023-3-10 22:18:17

Sob老师，您在第四步的settings.ini中是不是少写了调用Shermo的语句啊？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-11 23:12:06

Caroline2022 发表于 2023-3-10 22:18
Sob老师，您在第四步的settings.ini中是不是少写了调用Shermo的语句啊？

当时写这个帖子的时候molclus还不支持调用Shermo
如今强烈建议调用Shermo，对这样的柔性体系用Shermo的QRRHO模型比Gaussian自己的RRHO模型在计算自由能的时候好很多

LittlePupil · 发表于 Post on 2023-3-12 23:47:53

请问sob老师有没有打算向调用orca优化的模块里加入类似调用Gaussian时那样的不收敛自动套用另一个template模板计算的功能？orca实装的常用辅助优化收敛的手段还挺全的。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-13 00:01:16

LittlePupil 发表于 2023-3-12 23:47
请问sob老师有没有打算向调用orca优化的模块里加入类似调用Gaussian时那样的不收敛自动套用另一个template ...

还没

Caroline2022 · 发表于 Post on 2023-3-21 18:22:43

sobereva 发表于 2023-3-11 23:12
当时写这个帖子的时候molclus还不支持调用Shermo
如今强烈建议调用Shermo，对这样的柔性体系用Shermo的Q ...

Sob老师，我在模仿您这个例子做计算时（使用软件版本为Molclus 1.9.9.9, Gaussian 16 C.01, ORCA 5.0.3， Shermo 2.3.5)，输出中有这样一句话: Note: Shermo will be used to calculate thermodynamic quantities, please cite original paper of Shermo: Comput. Theor. Chem., 1200, 113249 (2021) DOI: 10.1016/j.comptc.2021.113249.
这是不是意味着Molclus已经自动调用Shermo呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-21 23:56:24

Caroline2022 发表于 2023-3-21 18:22
Sob老师，我在模仿您这个例子做计算时（使用软件版本为Molclus 1.9.9.9, Gaussian 16 C.01, ORCA 5.0.3 ...

是

Caroline2022 · 发表于 Post on 2023-3-23 16:48:28

按照Sob老师方法，今天终于找到了能量最低构象，还学会了做旋转动图，很开心。
Sob老师的帖子真的需要反复阅读，踏实地一步步做下去，终能得到想要的结果。在群里或论坛求助，老师有时间就会回复，再不像以前那么苦恼地一个人想到脑壳疼，连个可探讨的人都没有。每天都进步一点点，真的很有成就感。

Caroline2022 · 发表于 Post on 2023-3-24 08:23:10

sobereva 发表于 2023-3-11 23:12
当时写这个帖子的时候molclus还不支持调用Shermo
如今强烈建议调用Shermo，对这样的柔性体系用Shermo的Q ...

可是，Sob老师我还有个疑问，在您写这个帖子的时候Molclus还不支持调用Shermo，那么这个高精度自由能（即Gaussian计算得到的自由能热校正量+ORCA计算得到的高精度单点能）就是Molclus直接从Gaussian和ORCA的输出文件中读取的么？那么当我模仿您这个例子做计算时（使用软件版本为Molclus 1.9.9.9, Gaussian 16 C.01, ORCA 5.0.3， Shermo 2.3.5)，虽然显示Molclus调用了Shermo，但是它所做的工作也就仅仅是原来Molclus自己所作的（读取数据并相加）工作，不知道我这样理解对么？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-24 08:45:00

Caroline2022 发表于 2023-3-24 08:23
可是，Sob老师我还有个疑问，在您写这个帖子的时候Molclus还不支持调用Shermo，那么这个高精度自由能（即 ...

“自己所作的（读取数据并相加）工作”语义不明
此时molclus是将电子能量与Shermo算出来的热力学校正量相加，Gaussian或ORCA输出文件里的原有的热力学量完全不被使用

Caroline2022 · 发表于 Post on 2023-3-24 08:56:39

sobereva 发表于 2023-3-24 08:45
“自己所作的（读取数据并相加）工作”语义不明
此时molclus是将电子能量与Shermo算出来的热力学校正量 ...

对不起老师，应该将“自己”两个字删去，即为“Molclus所作的工作”
那么看来我对第二个问题的理解不对。我再认真学习一下Shermo。

Caroline2022 · 发表于 Post on 2023-3-27 08:57:38

sobereva 发表于 2023-3-11 23:12
当时写这个帖子的时候molclus还不支持调用Shermo
如今强烈建议调用Shermo，对这样的柔性体系用Shermo的Q ...

Sob老师，我按照您的方法，在setting.ini中加入了如下调用Shermo的语句：
--- Below for Shermo ---
  Shermo_path= "/sob/Shermo_2.3.5/Shermo"  // Command for invoking Shermo
  T= 298.15
  P= 1.0
  sclZPE= 0.9806
  ilowfreq= 2
正常运行结束后看到您帖子中还写道下面的文字：
“如果你要考察其它温度下的Boltzmann分布，不仅isostat里要输入相应的温度，在template.gjf里也应当加上“temperature=[温度]”关键词来让Gaussian输出的自由能热校正量对应相应的温度；或者settings.ini里用ibkchk=1，使得每个opt freq任务的chk都被保留下来，便于之后自行用freqchk工具得到其它温度下的自由能热校正量。单点能从Molclus的ibkout选项备份出来的ORCA输出文件里直接就可以读到。”
由于我计算时忘记在template.gjf里加上“temperature=[温度]”关键词，所以想尝试用freqchk工具得到其它温度下的自由能热校正量。但是当我读完您的这两篇博文http://sobereva.com/221和http://sobereva.com/552后，我觉得Shermo在这里应该是已经达到了使用freqchk工具的效果。不知道我这样理解是否正确？

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