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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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发表于 Post on 2022-11-14 11:06:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-11-14 15:42 编辑

今天遇到了一个问题,我把三个葡萄糖酸根(预先用B97-3C优化了一下结构,看起来没问题),三个氯离子,六个钠离子(让团簇的整体净电荷为0),用genmer生成含有100个结构的团簇,看起来很正常的样子。但是运行命令xtb traj.xyz --input md.inp --omd --gfn 0 -c 0后,发生了断键,其中的一个葡萄糖酸根的一个碳就掉了,变成了一个CO2分子。请问我哪里有问题呢



CL.xyz (46 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) NA.xyz (52 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) pttsn.xyz (1.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


如果只用三个葡萄糖酸根负离子生产团簇,xtb以后看起来就没问题
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发表于 Post on 2022-11-14 14:47:42 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-11-14 04:06
今天遇到了一个问题,我把三个葡萄糖酸根(预先用B97-3C优化了一下结构,看起来没问题),三个氯离子,六个 ...

试试用GFN-xTB或GFN2-xTB
不排除是因为GFN0-xTB的精度问题,高估羧酸负离子的脱羧倾向
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-11-14 15:33:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-11-15 08:35 编辑
wzkchem5 发表于 2022-11-14 14:47
试试用GFN-xTB或GFN2-xTB
不排除是因为GFN0-xTB的精度问题,高估羧酸负离子的脱羧倾向



仍然有问题,我把xyz文件上传,请有能力的帮我看一下有什么问题。该团簇中,有三个葡萄糖酸根,三个钠离子,一个铝离子,三个氯离子。
xtb traj.xyz --input md.inp --omd -c 0  --gfn 0(此处选择0,或者1,或者2,都有问题)

凡是带有铝离子,就一定会出现CO2

traj.rar (114.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2022-11-15 08:38:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-11 09:12
跟温度没必然关系
把步长减小到1/2乃至1/4再试
温度越高,通常应当用越小步长保证动力学稳定性

卢老师您好,再您的建议下,我重新跑了MD,分别将步长从原来的1fs变成0.5fs以后发现还是不稳定,然后没有跑到指定的帧数,还是因为不稳定导致MD报停。之后,我就又尝试将步长改为0.25fs,前面200多帧正常跑,但是后面的时候突然分子跑的速度特别快,拖出来看轨迹就很不正常了。
下面是我的轨迹:链接:https://pan.baidu.com/s/1-VfdUwSnUy0LCU9qw2aq5w
提取码:1111


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发表于 Post on 2022-11-16 22:47:14 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,使用crest调用xtb做批量优化时应该如何冻结原子?

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发表于 Post on 2022-12-4 06:38:56 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,这种在隐式溶剂模型下搜索出的最低构象会与在显式溶剂模型下搜索出的最低构象有显著的区别吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-5 02:30:14 | 只看该作者 Only view this author
sofia 发表于 2022-12-4 06:38
请问老师,这种在隐式溶剂模型下搜索出的最低构象会与在显式溶剂模型下搜索出的最低构象有显著的区别吗

看具体情况
显式溶剂模型一般没法做溶质的构象搜索,因为牵扯溶剂层排布问题,相当于是团簇构型搜索问题
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发表于 Post on 2022-12-5 04:25:50 | 只看该作者 Only view this author
老师,那对于溶质的构象搜索是不是团簇这种搜索更合理一些,还是应该用动力学程序建个盒子把溶质溶剂都扔进去看平衡时候的构型呢,还有就是溶质有机分子含有比较长的烷基链,这种团簇搜索用什么方法比较好,谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-5 07:29:50 | 只看该作者 Only view this author
sofia 发表于 2022-12-5 04:25
老师,那对于溶质的构象搜索是不是团簇这种搜索更合理一些,还是应该用动力学程序建个盒子把溶质溶剂都扔进 ...

用隐式溶剂模型

看具体多长。可旋转的键不很多就用gentor产生初始构象,很多就用分子动力学或者confab产生初始构象
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发表于 Post on 2022-12-7 00:51:33 | 只看该作者 Only view this author
具体来说,运行以下命令就可以在GFN0-xTB级别下用normal几何优化收敛限(这是xtb默认的收敛限)对traj.xyz里所有结构进行优化:
/sob/crest -mdopt traj.xyz -gfn0 -opt normal -niceprint
其中/sob/crest是crest可执行文件路径,-niceprint代表计算过程中显示进度条。还可以用-chrg指定体系净电荷数,-uhf指定自旋,-g [溶剂名]指定溶剂模型


请问下卢老师 这里-g后面忘了加上溶剂名称了 优化也正常结束了 是不是就代表在真空下优化?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 02:21:13 | 只看该作者 Only view this author
wangyueda 发表于 2022-12-7 00:51
请问下卢老师 这里-g后面忘了加上溶剂名称了 优化也正常结束了 是不是就代表在真空下优化?

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发表于 Post on 2022-12-7 16:31:30 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 用这种方法跑阴离子体系的时候结构完全乱了 是不是xtb本身的问题?这种带电体系有啥途径找全剧最稳定结构吗?

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发表于 Post on 2022-12-7 20:08:41 | 只看该作者 Only view this author
gnli 发表于 2022-12-7 16:31
卢老师 用这种方法跑阴离子体系的时候结构完全乱了 是不是xtb本身的问题?这种带电体系有啥途径找全剧最稳 ...

沒具体信息不好判断。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-12-9 10:12:42 | 只看该作者 Only view this author
老师好,按照文中做法,但是想加入显式水溶剂(30-50个水分子不知道够了吗?),那么做完动力学之后的初优化,还有高精度DFT计算都需要把显式溶剂保留去计算吗,还是去掉水溶剂之后再计算结构优化和单点能?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-14 18:01:26 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-12-9 10:12
老师好,按照文中做法,但是想加入显式水溶剂(30-50个水分子不知道够了吗?),那么做完动力学之后的初优 ...

这种目的不适合带显式水,又极为浪费时间,又没法保证水一直完全包裹住溶质。
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