使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-8 11:44:09

Lym 发表于 2022-11-8 11:00
谢谢卢老师耐心的回答
我用的是linux系统，
刚才我看到提示:"shake did not converged! MD is unstable ...

把SHAKE关了

Lym · 发表于 Post on 2022-11-10 23:27:52

sobereva 发表于 2022-11-8 11:44
把SHAKE关了

卢老师，我把shake关了之后，仍然报错了，报错信息如下：
MD is unstable, emergency exit
but still taking it as converged!
average properties
Epot             :  -564.841853791450
Epot (accurate SCC):  -564.929305191690
Ekin             :  0.742441170246395
Etot             :  -564.099412621203
T                : 412.391556602045
thermostating problem
normal exit of md()
当前我的温度设置是400K，是不是温度设置不合理呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-11 09:12:38

Lym 发表于 2022-11-10 23:27
卢老师，我把shake关了之后，仍然报错了，报错信息如下：
MD is unstable, emergency exit
but stil ...

跟温度没必然关系
把步长减小到1/2乃至1/4再试
温度越高，通常应当用越小步长保证动力学稳定性

牧生 · 发表于 Post on 2022-11-14 11:06:56

本帖最后由牧生于 2022-11-14 15:42 编辑

今天遇到了一个问题，我把三个葡萄糖酸根（预先用B97-3C优化了一下结构，看起来没问题），三个氯离子，六个钠离子（让团簇的整体净电荷为0），用genmer生成含有100个结构的团簇，看起来很正常的样子。但是运行命令xtb traj.xyz --input md.inp --omd --gfn 0 -c 0后，发生了断键，其中的一个葡萄糖酸根的一个碳就掉了，变成了一个CO2分子。请问我哪里有问题呢

CL.xyz (46 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

NA.xyz (52 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

pttsn.xyz (1.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

如果只用三个葡萄糖酸根负离子生产团簇，xtb以后看起来就没问题

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-14 14:47:42

牧生发表于 2022-11-14 04:06
今天遇到了一个问题，我把三个葡萄糖酸根（预先用B97-3C优化了一下结构，看起来没问题），三个氯离子，六个 ...

试试用GFN-xTB或GFN2-xTB
不排除是因为GFN0-xTB的精度问题，高估羧酸负离子的脱羧倾向

牧生 · 发表于 Post on 2022-11-14 15:33:55

本帖最后由牧生于 2022-11-15 08:35 编辑

wzkchem5 发表于 2022-11-14 14:47
试试用GFN-xTB或GFN2-xTB
不排除是因为GFN0-xTB的精度问题，高估羧酸负离子的脱羧倾向

仍然有问题，我把xyz文件上传，请有能力的帮我看一下有什么问题。该团簇中，有三个葡萄糖酸根，三个钠离子，一个铝离子，三个氯离子。
xtb traj.xyz --input md.inp --omd -c 0 --gfn 0（此处选择0，或者1，或者2，都有问题）

凡是带有铝离子，就一定会出现CO2

traj.rar (114.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

Lym · 发表于 Post on 2022-11-15 08:38:19

sobereva 发表于 2022-11-11 09:12
跟温度没必然关系
把步长减小到1/2乃至1/4再试
温度越高，通常应当用越小步长保证动力学稳定性

卢老师您好，再您的建议下，我重新跑了MD，分别将步长从原来的1fs变成0.5fs以后发现还是不稳定，然后没有跑到指定的帧数，还是因为不稳定导致MD报停。之后，我就又尝试将步长改为0.25fs，前面200多帧正常跑，但是后面的时候突然分子跑的速度特别快，拖出来看轨迹就很不正常了。
下面是我的轨迹:链接：https://pan.baidu.com/s/1-VfdUwSnUy0LCU9qw2aq5w
提取码：1111

Blacnow · 发表于 Post on 2022-11-16 22:47:14

请问老师，使用crest调用xtb做批量优化时应该如何冻结原子？

sofia · 发表于 Post on 2022-12-4 06:38:56

请问老师，这种在隐式溶剂模型下搜索出的最低构象会与在显式溶剂模型下搜索出的最低构象有显著的区别吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-5 02:30:14

sofia 发表于 2022-12-4 06:38
请问老师，这种在隐式溶剂模型下搜索出的最低构象会与在显式溶剂模型下搜索出的最低构象有显著的区别吗

看具体情况
显式溶剂模型一般没法做溶质的构象搜索，因为牵扯溶剂层排布问题，相当于是团簇构型搜索问题

sofia · 发表于 Post on 2022-12-5 04:25:50

老师，那对于溶质的构象搜索是不是团簇这种搜索更合理一些，还是应该用动力学程序建个盒子把溶质溶剂都扔进去看平衡时候的构型呢，还有就是溶质有机分子含有比较长的烷基链，这种团簇搜索用什么方法比较好，谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-5 07:29:50

sofia 发表于 2022-12-5 04:25
老师，那对于溶质的构象搜索是不是团簇这种搜索更合理一些，还是应该用动力学程序建个盒子把溶质溶剂都扔进 ...

用隐式溶剂模型

看具体多长。可旋转的键不很多就用gentor产生初始构象，很多就用分子动力学或者confab产生初始构象

wangyueda · 发表于 Post on 2022-12-7 00:51:33

具体来说，运行以下命令就可以在GFN0-xTB级别下用normal几何优化收敛限（这是xtb默认的收敛限）对traj.xyz里所有结构进行优化：
/sob/crest -mdopt traj.xyz -gfn0 -opt normal -niceprint
其中/sob/crest是crest可执行文件路径，-niceprint代表计算过程中显示进度条。还可以用-chrg指定体系净电荷数，-uhf指定自旋，-g [溶剂名]指定溶剂模型

请问下卢老师这里-g后面忘了加上溶剂名称了优化也正常结束了是不是就代表在真空下优化？

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-7 02:21:13

wangyueda 发表于 2022-12-7 00:51
请问下卢老师这里-g后面忘了加上溶剂名称了优化也正常结束了是不是就代表在真空下优化？

是

gnli · 发表于 Post on 2022-12-7 16:31:30

卢老师用这种方法跑阴离子体系的时候结构完全乱了是不是xtb本身的问题？这种带电体系有啥途径找全剧最稳定结构吗？

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