ORCA 5 ,Yes

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-4 02:17:29

ajz34 发表于 2021-7-3 18:50
我最近在尝试作极化率的测评。我感觉遇到了相似的问题。
尽管与极化率不同，极化率和频率一样都是二阶 ( ...

我猜他可能要么是直接把DLPNO-MP2极化率和RI-MP2极化率比的，要么是算数值极化率的时候把各种阈值都设得极其严格。不过我觉得你可以试一下用TightPNO，我觉得这个比SCF收敛限要重要得多。DLPNO极化率计算相当于把一个一阶导数几乎平滑但不是完全平滑的函数求二阶导（这个不平滑性从势能面上肉眼看不到，但是远比SCF不完全收敛引入的误差大），大部分时候误差很小，如果你不巧在一阶导数突变的点附近，误差就特别大。你看Georgi Stoychev的文章的Fig. 2也能看到，随着TCutPNO减小，误差大体减小，但是个别点会抽风，误差突然变大10倍。
其实你可以在orca论坛上面问，Georgi在论坛上很活跃，会直接给你解答

ajz34 · 发表于 Post on 2021-7-4 11:00:02

wzkchem5 发表于 2021-7-4 02:17
我猜他可能要么是直接把DLPNO-MP2极化率和RI-MP2极化率比的，要么是算数值极化率的时候把各种阈值都设得 ...

以前也试过 TightPNO，情况还是比较像的。我想 PNO 阈值可能影响不大，或者无法变得定性正确。
势能面那边的评述确实有道理。
以前确实没有参与过 ORCA 论坛。下定决心之后我想会去问问哈。

Satoru · 发表于 Post on 2021-7-4 14:31:14

wzkchem5 发表于 2021-7-2 15:41
这个属于线性相关问题。。。他应该是说除了基组线性相关以外的SCF收敛问题好解决

悲报...在同样的ma-def2-QZVP+autoaux下，5.0也报错中止了...
请问现在有关键词可以拟合基组线性相关问题进行截断一类的吗qwq

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-4 14:48:29

Satoru 发表于 2021-7-4 07:31
悲报...在同样的ma-def2-QZVP+autoaux下，5.0也报错中止了...
请问现在有关键词可以拟合基组线性相关问 ...

正如你所看到的，我们在做这个功能，但是没有做完，所以ORCA 5.0里只有一个识别线性相关性然后提前退出的功能。。。
你要计算的性质真的对弥散函数这么敏感吗？def2-QZVP即使不加弥散也很弥散了

ene · 发表于 Post on 2021-7-4 15:15:16

再说一个有关orca_md的问题，不知道为什么运行步数超过1000，任务就自动停掉了……任务停下时会报这样一个错误：

*** buffer overflow detected ***: terminated
Aborted (core dumped)
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run

复制代码

输入文件：

! MD B3LYP def2-SVP
%pal nprocs 3 end
%maxcore 1500
%md
initvel 300_K
timestep 0.5_fs
thermostat none
dump position stride 1 filename "trajectory.xyz"
run 2000
end
* xyz 0 1
C 0.08800073 0.44000039 -0.00000000
H 0.45429137 -0.59607744 0.00000000
H 0.45431566 0.95803346 0.89727140
H 0.45431566 0.95803346 -0.89727140
H -1.01092326 0.44000965 0.00000000
*

复制代码

我检查了运行时的内存占用是没问题的，终端下也设置了无限栈空间。不知道有没有能重复这个错误的

Satoru · 发表于 Post on 2021-7-4 15:37:03

wzkchem5 发表于 2021-7-4 14:48
正如你所看到的，我们在做这个功能，但是没有做完，所以ORCA 5.0里只有一个识别线性相关性然后提前退出的 ...

感谢qwq
（反应里有若干单价阴离子和一个二价阴离子过二硫酸根，之前考虑ORCA开大基组耗时也能接受，就加个弥散预防后续被怼...）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-4 16:57:34

ene 发表于 2021-7-4 08:15
再说一个有关orca_md的问题，不知道为什么运行步数超过1000，任务就自动停掉了……任务停下时会报这样一个 ...

我这里也报错了，但报错信息是
[xe30th17:74137] [[47608,0],0] ORTE_ERROR_LOG: The system limit on number of pipes a process can open was reached in file odls_default_module.c at line 621
怀疑是每步MD都打开了一个文件，但是忘了关。我周一跟他们反映一下

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2021-7-4 18:22:34

Satoru 发表于 2021-7-4 15:37
感谢qwq
（反应里有若干单价阴离子和一个二价阴离子过二硫酸根，之前考虑ORCA开大基组耗时也能接受，就 ...

试试局部弥散呢

rogerjun · 发表于 Post on 2021-7-5 09:54:05

本帖最后由 rogerjun 于 2021-7-5 09:55 编辑

Satoru 发表于 2021-7-4 15:37
感谢qwq
（反应里有若干单价阴离子和一个二价阴离子过二硫酸根，之前考虑ORCA开大基组耗时也能接受，就 ...

手册9.5.9.1节ORCA5.0.0新增了一个自动去除辅助基组中的Redundant Basis Functions的功能，我测试了一下，不会报错了（potentially linear dependencies），应该是能有效地降低线性相关，不过最终收敛结果偏不偏离正确解就不知道了（还在计算，机器太慢了，已经成功过了scf）

biogon · 发表于 Post on 2021-7-5 11:48:41

Satoru 发表于 2021-7-4 15:37
感谢qwq
（反应里有若干单价阴离子和一个二价阴离子过二硫酸根，之前考虑ORCA开大基组耗时也能接受，就 ...

要不然就索性直接不用辅助基组

Satoru · 发表于 Post on 2021-7-5 20:04:22

rogerjun 发表于 2021-7-5 09:54
手册9.5.9.1节ORCA5.0.0新增了一个自动去除辅助基组中的Redundant Basis Functions的功能，我测试了一下 ...

诶之前没看到
感谢！！！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-5 21:27:49

rogerjun 发表于 2021-7-5 02:54
手册9.5.9.1节ORCA5.0.0新增了一个自动去除辅助基组中的Redundant Basis Functions的功能，我测试了一下 ...

哦那我搞错了，这样说明我们这个功能做完了。。。我问一下他们为什么没有自动在检测到线性相关的时候调用这个方法

rogerjun · 发表于 Post on 2021-7-5 22:06:27

Satoru 发表于 2021-7-5 20:04
诶之前没看到
感谢！！！

已算完，没有线性相关问题了，计算的结果也是正确收敛的解

rogerjun · 发表于 Post on 2021-7-5 22:08:08

wzkchem5 发表于 2021-7-5 21:27
哦那我搞错了，这样说明我们这个功能做完了。。。我问一下他们为什么没有自动在检测到线性相关的时候调用 ...

是的啊，不能自动调用，得自己加命令进去

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-6 00:08:56

ORCA 5发布会部分PPT和视频已开放下载：https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/dlext/?cat=15
注：如下载页面所说，禁止把PPT和视频上传至其他地方（如网盘）提供下载

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[ORCA] ORCA 5 ,Yes

评分 Rate

浏览过的版块