docker-singularity方法安装可随意移植的cp2k

abin

xzysooyoung 发表于 2022-4-29 20:29
请大家帮帮忙，搞了好久都没解决问题。 我在严格按照楼主的编译方式编译时，没有出现问题，但是在做测 ...

我签名链接有处理好的版本……

nontons

abin 发表于 2022-5-5 09:50
让管理员解决……

或者开ssh我去直接上手处理。

解决了解决了，感谢回复！

waitingseven

有用ase和cp2k联用的吗，该怎么设置，singularity版本跟正常编译的设置ase联用有啥区别吗，看ase的官方说明要用export ASE_CP2K_COMMAND指向运行cp2k的命令，但是还是无法运行

neocc

请问singlarity最近报错，提示
FATAL:   container creation failed: mount /proc/self/fd/3->/usr/local/var/singularity/mnt/session/rootfs error: while mounting image /proc/self/fd/3: failed to find loop device: could not attach image file to loop device: no loop devices available

如何解决？？

wanlichuan

我在centOS7.6系统中用楼主的方法编译cp2k9.1，前面都很顺利。一直到修改完/.singularity.d/env/91-environment.sh，退出容器，借助脚本在容器外运行容器内的CP2K，都没问题。最后打包成sif文件，引用sif计算时也没问题。等把打包后的sif文件拷到另外一台电脑上才报错：
source: open /home/my/cp2k91/opt/cp2k-toolchain/install/setup: no such file or directory
FATAL:   "cp2k.popt": executable file not found in $PATH
难道引用sif计算时还在读沙箱cp2k91文件夹吗？
果然，回到最初编译cp2k9.1的电脑，把沙箱cp2k91文件夹改名，执行计算就会报相同错误。
我的/.singularity.d/env/91-environment.sh文件是这样的：
source /home/my/cp2k91/opt/cp2k-toolchain/install/setup
export PATH=$PATH:/home/my/cp2k91/cp2k9.1/exe/local
export CP2K_DATA_DIR=/home/my/cp2k91/cp2k9.1/data

查找原因，只有下面这一步与楼主教程不同：
【
进入沙箱操作：
[root@Master /opt]# singularity shell -w cp2k82
Singularity>
】
我这一步指令是在沙箱外输入的。即没有进入沙箱cp2k91文件夹，而是在cp2k91所在的文件夹（同时也是ch2k91.sif所在的文件夹）下输入的指令“singularity shell -w cp2k91”。因为如果进入沙箱再输入指令，就会提示“could not open image /home/my/cp2k91/opt/cp2k91: failed to retrieve path for /home/my/cp2k91/opt/cp2k91: lstat /home/my/cp2k91/opt/cp2k91: no such file or directory”。

请教楼主，该指令确实应该进入沙箱再输入吗？那个错误该如何解决？

naoki

楼主好，我的严格按照您的方式操作，编译的时候看起来没问题，test时报错如下：

1. -------------------------- Build-Tools -----------------------------------
   
2. make[3]: warning: jobserver unavailable: using -j1.  Add '+' to parent make rule.
   
3. =========== FC (psmp) ===========
   
4. mpif90 --version
   
5. GNU Fortran (GCC) 11.2.0
   
6. Copyright (C) 2021 Free Software Foundation, Inc.
   
7. This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
   
8. warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
   
9. 
   
10. =========== CC (psmp) ===========
    
11. /opt/cp2k-toolchain/install/gcc-11.2.0/bin/gcc --version
    
12. gcc (GCC) 11.2.0
    
13. Copyright (C) 2021 Free Software Foundation, Inc.
    
14. This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
    
15. warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
    
16. 
    
17. =========== AR (psmp) ===========
    
18. ar V
    
19. GNU ar (GNU Binutils for Ubuntu) 2.34
    
20. Copyright (C) 2020 Free Software Foundation, Inc.
    
21. This program is free software; you may redistribute it under the terms of
    
22. the GNU General Public License version 3 or (at your option) any later version.
    
23. This program has absolutely no warranty.
    
24. 
    
25. ========== Make (psmp) ==========
    
26. make --version
    
27. GNU Make 4.2.1
    
28. Built for x86_64-pc-linux-gnu
    
29. Copyright (C) 1988-2016 Free Software Foundation, Inc.
    
30. License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>
    
31. This is free software: you are free to change and redistribute it.
    
32. There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.
    
33. 
    
34. ========= Python (psmp) =========
    
35. /usr/bin/env python3 --version
    
36. Python 3.8.10
    
37. ----------------------- External Modules ---------------------------------
    
38. make[3]: warning: jobserver unavailable: using -j1.  Add '+' to parent make rule.
    
39. DBCSR Version: 2.2.0 (2021-12-23)
    
40. ---------------------------- Modules -------------------------------------
    
41. Module system not installed.
    
42. *************************** Testing started ****************************
    
43. Invalid error code (-2) (error ring index 127 invalid)
    
44. INTERNAL ERROR: invalid error code fffffffe (Ring Index out of range) in MPID_nem_tcp_init:373
    
45. Invalid error code (-2) (error ring index 127 invalid)
    
46. INTERNAL ERROR: invalid error code fffffffe (Ring Index out of range) in MPID_nem_tcp_init:373
    
47. Fatal error in PMPI_Init_thread: Other MPI error, error stack:
    
48. MPIR_Init_thread(586)..............:
    
49. MPID_Init(224).....................: channel initialization failed
    
50. MPIDI_CH3_Init(105)................:
    
51. MPID_nem_init(324).................:
    
52. MPID_nem_tcp_init(175).............:
    
53. MPID_nem_tcp_get_business_card(401):
    
54. MPID_nem_tcp_init(373).............: gethostbyname failed, node01 (errno 1)
    
55. Fatal error in PMPI_Init_thread: Other MPI error, error stack:
    
56. MPIR_Init_thread(586)..............:
    
57. MPID_Init(224).....................: channel initialization failed
    
58. MPIDI_CH3_Init(105)................:
    
59. MPID_nem_init(324).................:
    
60. MPID_nem_tcp_init(175).............:
    
61. MPID_nem_tcp_get_business_card(401):
    
62. MPID_nem_tcp_init(373).............: gethostbyname failed, node01 (errno 1)
    
63. 
    
64. Could not parse feature flags.
    
65. make[3]: *** [/opt/cp2k-9.1/Makefile:266: test] Error 1
    
66. make[2]: *** [/opt/cp2k-9.1/Makefile:163: test] Error 2
    
67. make[1]: *** [/opt/cp2k-9.1/Makefile:140: psmp] Error 2
    
68. make: *** [Makefile:135: test] Error 2

复制代码

看起来好像是mpi的问题，您能帮忙看看吗，谢谢啦

wkq

您好，我想请教两个问题。一是，在Vmware安装的虚拟机，在编译的时候 make -j 后面要写数字几呢？当我用make -j 2 ARCH=local VERSION="psmp" test会报错，不知道为什么。 二是，我们只编译pmsp版本就可以吗。谢谢大佬

wkq

您好，我还想请教一下，比如在其他服务器上运行此sif镜像提交任务时需要用到命令：export EXE="singularity exec /opt/cp2k82-1.sif"，这是否意味着该服务器也需要安装singularity？而安装singularity感觉是需要管理员权限的，所以是否意味着sif镜像也需要管理员权限？这就很头疼，在一些超算平台不会给我们管理员权限

wkq

您好，我再编译cp2k的时候报错了，请问下大家是什么原因

gfortran: fatal error: Killed signal terminated program f951
compilation terminated.
make[3]: *** [/opt/cp2k-8.2/Makefile:505: mp2_ri_gpw.o] Error 1
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
gfortran: fatal error: Killed signal terminated program f951
compilation terminated.
make[3]: *** [/opt/cp2k-8.2/Makefile:504: dkh_main.o] Error 1
gfortran: fatal error: Killed signal terminated program f951
compilation terminated.
make[3]: *** [/opt/cp2k-8.2/Makefile:504: qs_rho_atom_methods.o] Error 1
gfortran: fatal error: Killed signal terminated program f951
compilation terminated.
make[3]: *** [/opt/cp2k-8.2/Makefile:504: qs_chargemol.o] Error 1
make[2]: *** [/opt/cp2k-8.2/Makefile:144: all] Error 2
make[1]: *** [/opt/cp2k-8.2/Makefile:126: psmp] Error 2
make: *** [Makefile:121: all] Error 2

wkq

jitou11 发表于 2021-10-19 19:43
WSL用户在安装docker的时候会遇到很多问题。我第一步就没走通，WSL1貌似是不认那个地址的。
这个可以通过 ...

您好，请教一下将WSL1转化为WSL2时，在操作”wsl --set-version Ubuntu-20.04 2“的时候，我的WSL1显示没有相关--set-version指令，请问这是为什么呢？也就是这个指令在我的WSL1上运行不起来

abin

wkq 发表于 2022-9-2 08:58
您好，我还想请教一下，比如在其他服务器上运行此sif镜像提交任务时需要用到命令：export EXE="singularity ...

必需使用root安装.
singularity手册有写的.

如果系统没有安装这个东西, 你将无法使用.

不过多数固执的管理员, 可能不晓得这个是啥, 或者认为这个东西和docker类似.
docker需要root权限启动部分服务, 可能导致权限问题....

固执的管理员如果对singularity的认识建立在docker基础之上,
那么你很难说服对方安装singularity上去的.

singularity手册有一句话,
是请求管理员安装此工具的声明, 你可以参考一下.

不晓得, 这些固执的管理员能否看懂呀?

wkq

abin 发表于 2022-9-2 10:55
必需使用root安装.
singularity手册有写的.

谢谢您的回复

highlight

wkq 发表于 2022-9-2 10:37
您好，请教一下将WSL1转化为WSL2时，在操作”wsl --set-version Ubuntu-20.04 2“的时候，我的WSL1显示没 ...

我没太看明白你们想干嘛。。。
如果想通过 wsl 安装 docker 打包的镜像的话，看我这个帖子 http://bbs.keinsci.com/thread-29302-1-1.html
如果只是想装个可以在 wsl 里运行的 docker，应该直接在 win 下装个 docker-desktop，然后只要 docker-desktop 运行起来，你就能在 wsl 里用 docker
至于升级 wsl 也有链接 https://docs.microsoft.com/zh-cn/windows/wsl/install-manual
安装 singularity 可以直接 yum 或 apt-get
另外运行或制作 singularity 并不必须依赖 docker，这些操作直接写成定义文件就好了，也可以直接在沙箱里操作

naoki

naoki 发表于 2022-9-1 14:06
楼主好，我的严格按照您的方式操作，编译的时候看起来没问题，test时报错如下：看起来好像是mpi的问题，您 ...

自己回复下，用主机里用oneAPI跑就可以了

wkq

求助一下大家有没有遇到过这种情况，我该怎么办

Singularity> make -j 2 ARCH=local VERSION="psmp" test
Discovering programs ...
cd /opt/cp2k-8.2/regtesting/local/psmp; /opt/cp2k-8.2/tools/regtesting/do_regtest -quick -arch local -version psmp -cp2kdir ../../../  
ERROR: maxtasks should be greater or equal numprocs*OMP_NUM_THREADS
       maxtasks        = 1
       numprocs        = 2
       OMP_NUM_THREADS = 2
make[2]: *** [/opt/cp2k-8.2/Makefile:148: test] Error 8
make[1]: *** [/opt/cp2k-8.2/Makefile:126: psmp] Error 2
make: *** [Makefile:121: test] Error 2