docker-singularity方法安装可随意移植的cp2k

ball2006 · 发表于 Post on 2021-11-23 16:33:46

watfros 发表于 2021-11-23 10:02
如果是集群，每台服务器都需要单独安装singularity吗？

需要看你singularity的安装位置，如果是放到共享目录下面，装一个就可以了。如果不是，就得每台服务器都得安装

ball2006 · 发表于 Post on 2021-11-23 16:36:46

jitou11 发表于 2021-11-4 18:48
找到问题所在了，它就是OMP_NUM_THREADS=1 ！
这个教程里完全没有设置这个环境变量，后果就是当用mpirun运 ...

你选用的cp2k版本的问题，楼主使用的是popt，而你使用的是psmp，实际上popt版严格等价于psmp版结合OMP_NUM_THREADS=1。

watfros · 发表于 Post on 2021-11-23 17:26:18

ball2006 发表于 2021-11-23 16:33
需要看你singularity的安装位置，如果是放到共享目录下面，装一个就可以了。如果不是，就得每台服务器都 ...

那是不是还得要求集群的服务器硬件完全一样？

ball2006 · 发表于 Post on 2021-11-23 19:16:06

watfros 发表于 2021-11-23 17:26
那是不是还得要求集群的服务器硬件完全一样？

不需要，硬件不一样也许会影响计算效率

watfros · 发表于 Post on 2021-11-24 10:54:42

ball2006 发表于 2021-11-23 19:16
不需要，硬件不一样也许会影响计算效率

感谢回复，我测试了几个例子，有的成功了，有的出错了，

努力学习的小喻 · 发表于 Post on 2021-11-24 16:26:04

老师您好，感谢您的分享，想问一下您分享的百度网盘内容的提取码是多少

tianyongpan · 发表于 Post on 2021-11-25 18:23:55

本帖最后由 tianyongpan 于 2021-11-25 18:25 编辑

jitou11 发表于 2021-11-4 18:48
找到问题所在了，它就是OMP_NUM_THREADS=1 ！
这个教程里完全没有设置这个环境变量，后果就是当用mpirun运 ...

我加上这一句之后，没有改变还是原来的问题，

zorow · 发表于 Post on 2021-11-26 10:02:42

老师好，请问容器的sif文件中有intel编译器吗？您脚本中“source /opt/intel2018/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh”是不是调用了容器外的intel编译器啊？

tianyongpan · 发表于 Post on 2021-11-26 10:11:45

jitou11 发表于 2021-11-25 20:02

嗯，现在是一个图标了

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-11-26 19:03:13

zorow 发表于 2021-11-26 10:02
老师好，请问容器的sif文件中有intel编译器吗？您脚本中“source /opt/intel2018/parallel_studio_xe_2018/ ...

肯定是了，那是个容器外的计算脚本，实际上你机器有什么MPI都可以用的。

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-11-26 19:12:03

谢谢楼主，成功运行，大大降低了cp2k安装门槛。

现在我就在想，这个镜像如何减肥。比如toochain里面的mpich可以删掉。
话说singularity的压缩效率不错，10多个G的东西压到2.几个G

zorow · 发表于 Post on 2021-11-26 20:07:56

renzhogn424 发表于 2021-11-26 19:03
肯定是了，那是个容器外的计算脚本，实际上你机器有什么MPI都可以用的。

感谢您回复！我机器的MPI是2015的，担心有点太老了...

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-11-27 10:11:41

jitou11 发表于 2021-11-26 21:59
可以像卢老师教程里提到的那样

mpich还是别删，免得外面的mpi出事了没得用。

了解，好主意，谢谢。应该也只能精简到此了

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-11-27 10:14:03

zorow 发表于 2021-11-26 20:07
感谢您回复！我机器的MPI是2015的，担心有点太老了...

2015的MPI确实老了一些，建议更新，或者直接用容器里的MPI

neocc · 发表于 Post on 2021-11-28 10:15:50

请问如何避免anaconda的干扰（如果需要改动环境变量，怎么改回原来的anaconda）

make[3]: *** [/opt/cp2k-8.2/Makefile:520: /opt/cp2k-8.2/lib/local/psmp/libcp2kgridcommon.a] Error 127
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[3]: /home/USER/anaconda3/envs/cp2k/bin/x86_64-conda-linux-gnu-ranlib: Command not found

复制代码

还有就是intel MPI版本的问题，使用新的intel oneAPI，在dockerfile运行之前和进入Singularity后开始编译，需要source 环境嚒

复制代码

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