docker-singularity方法安装可随意移植的cp2k

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-11-27 10:11:41

jitou11 发表于 2021-11-26 21:59
可以像卢老师教程里提到的那样

mpich还是别删，免得外面的mpi出事了没得用。

了解，好主意，谢谢。应该也只能精简到此了

renzhogn424 · 发表于 Post on 2021-11-27 10:14:03

zorow 发表于 2021-11-26 20:07
感谢您回复！我机器的MPI是2015的，担心有点太老了...

2015的MPI确实老了一些，建议更新，或者直接用容器里的MPI

neocc · 发表于 Post on 2021-11-28 10:15:50

请问如何避免anaconda的干扰（如果需要改动环境变量，怎么改回原来的anaconda）

make[3]: *** [/opt/cp2k-8.2/Makefile:520: /opt/cp2k-8.2/lib/local/psmp/libcp2kgridcommon.a] Error 127
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[3]: /home/USER/anaconda3/envs/cp2k/bin/x86_64-conda-linux-gnu-ranlib: Command not found

复制代码

还有就是intel MPI版本的问题，使用新的intel oneAPI，在dockerfile运行之前和进入Singularity后开始编译，需要source 环境嚒

#load intel oneApi Tookit env
. /opt/intel/oneapi/setvars.sh

复制代码

PS：
《ubuntu安装最新Singularity教程》
https://singularity-tutorial.github.io/01-installation/

neocc · 发表于 Post on 2021-11-29 21:20:04

neocc 发表于 2021-11-28 10:15
请问如何避免anaconda的干扰（如果需要改动环境变量，怎么改回原来的anaconda）

问题已自行解决。

vim ~/.bashrc
alias python=/usr/bin/python3
anaconda的路径全部都先#注释一下

source~/.bashrc

intel oneAPI的命令没问题

neocc · 发表于 Post on 2021-11-29 23:06:58

abin 发表于 2021-10-17 09:25
建议修正一下，
学习一下 docker save。

请问，出现如下如下报错需要如何解决？
singularity version
3.5.3

FATAL: container creation failed: mount /proc/self/fd/6->/usr/local/var/singularity/mnt/session/rootfs error: while mounting image /proc/self/fd/6: failed to find loop device: could not attach image file to loop device: no loop devices available

PoorChaos · 发表于 Post on 2021-11-29 23:39:46

我就 VASP 怎么也编译不成功，，，，

abin · 发表于 Post on 2021-11-29 23:45:23

neocc 发表于 2021-11-29 23:06
请问，出现如下如下报错需要如何解决？
singularity version
3.5.3

https://www.osc.edu/book/export/html/4696

自己动手

neocc · 发表于 Post on 2021-11-30 09:53:51

abin 发表于 2021-11-29 23:45
https://www.osc.edu/book/export/html/4696

自己动手

按照您的提示，3.1版本以上的解决方案是：
1.清理缓存

$ singulariy cache clean

复制代码

2.在提交任务的batch里面加上 SINGULARITY_CACHEDIR 路径

export SINGULARITY_CACHEDIR=/opt

复制代码

不好意思，按照如上方法尝试后还是原来的报错

abin · 发表于 Post on 2021-11-30 10:05:51

本帖最后由 abin 于 2021-11-30 10:07 编辑

neocc 发表于 2021-11-30 09:53
按照您的提示，3.1版本以上的解决方案是：
1.清理缓存
2.在提交任务的batch里面加上 SINGULARITY_CACHE ...

如果集群是你做的, 而且你也是集群运维负责人, 那么需要进修一下, 提升技能.
如果有集群运维技术, 找他来处理.

或者你去singularity, 提issue.
简单说,
先搞定单机, 再搞定集群.

neocc · 发表于 Post on 2021-11-30 10:43:31

abin 发表于 2021-11-30 10:05
如果集群是你做的, 而且你也是集群运维负责人, 那么需要进修一下, 提升技能.
如果有集群运维技术, 找 ...

好的，谢谢老师，我再去看看手册

Mentary · 发表于 Post on 2021-11-30 12:11:58

本帖最后由 Mentary 于 2021-11-30 16:54 编辑

您好，在自己的虚拟机上完全按照您的教程走的，之前都没出错，test后发现出错了。新建的虚拟机centos7.6,请问什么原因啊

zmjsce · 发表于 Post on 2021-12-1 21:07:31

ggdh 发表于 2021-10-22 23:09
感谢解答，我试过了，sif放在/home/tom下，inp也在/home/tom/xxx里面，如果用户是tom，就可以跑，用户是r ...

我也遇到了同样的问题

zmjsce · 发表于 Post on 2021-12-1 21:29:10

本帖最后由 zmjsce 于 2021-12-1 22:32 编辑

ggdh 发表于 2021-10-22 13:45
我在自己电脑上做好sif后，能成功运行了，
然后我把sif拷贝到别的电脑上，运行的时候会提示输入文件找不到 ...

我是平时使用普通用户，仅仅在运行CP2K时使用root用户。
我注意到使用root用户运行时，不会在当前目录下搜索，是不是因为root和普通用户的 ~/ 目录不同导致的呢？
在/testcp2k/ 下进行验证时，程序会卡在第一步动不了。

ggdh · 发表于 Post on 2021-12-1 23:19:27

zmjsce 发表于 2021-12-1 21:29
我是平时使用普通用户，仅仅在运行CP2K时使用root用户。
我注意到使用root用户运行时，不会在当前目录下 ...

是的，我后面用--bind解决了（注意看我的回帖）。。你应该也可以

nontons · 发表于 Post on 2021-12-2 17:48:13

非常感谢您提出的方法，编译和测试都通过了，但是在使用的时候出现了这种问题，请问怎么解决呢？我是在root下安装的cp2k，然后在子目录下使用的

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