docker-singularity方法安装可随意移植的cp2k

nianbin

ggdh 发表于 2021-10-26 22:17
感谢大佬提示，
最后的脚本里面singularity后面加个选项--bind "/home:/home" 就搞定了

请问具体如何加呢，这样么 singularity exec /root/software/cp2k2023.1.sif  mix_cp2k.inp --bind "/home:/root"

nianbin

请问这个报错是什么原因呢

LittlePupil

wth1219 发表于 2021-12-20 16:16
老师们好，我在学校集群上测试时发现通过此方法得到的镜像文件在单节点（24核或80核）上运行效率优异，但多 ...

您好，请问您的这个问题解决了吗？我尝试楼主分享的2023.1-avx2镜像以及官方提供的2023.1-generic及2023.1-avx512镜像也遇到了同样的问题

djjj148

LittlePupil 发表于 2023-8-4 14:16
您好，请问您的这个问题解决了吗？我尝试楼主分享的2023.1-avx2镜像以及官方提供的2023.1-generic及2023. ...

多节点并行，需要在主机上安装mpi，且保证该mpi和镜像中的一致，具体要求：
（1）mpi种类和版本一致
（2）编译mpi的参数一致
（3）编译mpi的gcc一致

cp2k-2023.1的docker-singularity安装方法
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 6&fromuid=15641
(出处: 计算化学公社)

LittlePupil

djjj148 发表于 2023-8-4 14:49
多节点并行，需要在主机上安装mpi，且保证该mpi和镜像中的一致，具体要求：
（1）mpi种类和版本一致
（ ...

这个我有看到，目前我用和官方镜像相同的参数编译了gcc和mpich, 但多节点并行效率依然很低。

尝试按照您编译mpich的参数重新编译了一版（虽然两版mpich编译参数的区别仅在于“--with-device”选项），但并行效率依然没有改善，很遗憾。
顺便一提，您在原帖中的表述或许可以修改一下，只有在使用队列系统跑多节点并行任务时才需要自行编译MPI

wanlichuan

neocc 发表于 2022-7-11 20:51
请问singlarity最近报错，提示
FATAL:   container creation failed: mount /proc/self/fd/3->/usr/local/ ...

请问您这个问题解决了吗？我最近也遇到了同样的问题。谢谢。

wanlichuan

neocc 发表于 2022-7-11 20:51
请问singlarity最近报错，提示
FATAL:   container creation failed: mount /proc/self/fd/3->/usr/local/ ...

neocc层主可能还没看到，自己解答一下吧。
找了很多方案都无法真正解决，只有下面的方法成功了：
1. Add `max_loop=256` to the `GRUB_CMDLINE_LINUX` value in `/etc/default/grub` (put it in between the " ")
2. Run `update-grub2` as root.
3. Reboot the system.
4. `cat /proc/cmdline` and verify `max_loop=256` is present.


参考网页（https://code-aster.org/forum2/viewtopic.php?id=26901）

neocc

wanlichuan 发表于 2023-10-29 10:48
neocc层主可能还没看到，自己解答一下吧。
找了很多方案都无法真正解决，只有下面的方法成功了：
1. Ad ...

centos8好像不能按照ubuntu的方法去修改
另外，wsl2不是grub的引导办法