docker-singularity方法安装可随意移植的cp2k

wkq

求助一下大家，有没有遇到过这种情况呀，感谢感谢

[root@localhost test]# mpirun -np 2 singularity exec /root/cp2k82 cp2k.popt cp2k.inp
SIRIUS 7.0.2, git hash: https://api.github.com/repos/ele ... git/ref/tags/v7.0.2

*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]                                                                     *
*  \___/     The specified OLD file <cp2k.inp> cannot be opened. It does not  *
*    |               exist. Data directory path: /opt/cp2k-8.2/data           *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                                   common/cp_files.F:395 *
*******************************************************************************


===== Routine Calling Stack =====

            1 read_input
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0

abin

wkq 发表于 2022-9-2 17:51
求助一下大家，有没有遇到过这种情况呀，感谢感谢

[root@localhost test]# mpirun -np 2 singularity ex ...

<cp2k.inp> cannot be opened. It does not  *
*    |               exist.

It does not exist.....

wkq

abin 发表于 2022-9-2 18:03
cannot be opened. It does not  *
*    |               exist.

abin老师，您的回答是什么意思呀，我有点没看懂

abin

wkq 发表于 2022-9-2 21:38
abin老师，您的回答是什么意思呀，我有点没看懂

程序说, 你给的输入文件, cp2k.inp 这玩意不存在.
<cp2k.inp> cannot be opened

...
Cuz "It does not exist".

这玩意还要怎么翻译呀.

Yaochen

楼主，第一步我就卡住了。这里显示spglib的安装包连接不上。一开始我以为是github被墙了，但是我fq之后，仍然报相同的错误。请问这种情况如何解决？是不是这个安装包的地址变了？

sobereva

Yaochen 发表于 2022-9-19 20:48
楼主，第一步我就卡住了。这里显示spglib的安装包连接不上。一开始我以为是github被墙了，但是我fq之后，仍 ...

发言时不要出现敏感词
这次给你替换了，以后注意

Yaochen

sobereva 发表于 2022-9-19 21:06
发言时不要出现敏感词
这次给你替换了，以后注意

sorry 下次一定注意！

nianbin

rocky linux 9.0亲测不行

nianbin

请问下，我把您分享的镜像cp2k2022.1_avx2.sif复制到singularity 的/opt中，然后执行./test.sh出现如下报错

FATAL:   could not open image /opt/cp2k2022.1_avx2.sif: failed to retrieve path for /opt/cp2k2022.1_avx2.sif: lstat /opt/cp2k2022.1_avx2.sif: no such file or directory

test.sh如下：
#!/bin/sh
export EXE="singularity exec /opt/cp2k2022.1_avx2.sif"
## cpu cores
export cpu_cores=24
ulimit -s unlimited

mpirun -np ${cpu_cores} ${EXE} cp2k2022.1_avx2.sif cp2k.inp 1>cp2k.out 2>cp2k.err

neocc

请问楼主
1.如果想做QM/MM，是不是可以在install_cp2k_toolchain.sh里面修改Dockerfile，然后运行docker build -t cp2k/toolchain . （cp2k-2022.2\tools\toolchain\scripts\stage6 里面有plumed，新的2022.2安装逻辑都变了）
2.开启GPU加速对显卡类型有限制吗？install_cp2k_toolchain.sh里面只有 K20X, K40, K80, P100, V100 and no 这几个选项，20，30系列用不了吗
3.Dockerfile.cuda_mkl只有很少的代码，需要将Dockerfile.cuda_mkl整合进Dockerfile才能使用GPU吗


请参考：Gromacs与cp2k联动使用plumed做QM/MM增强采样(http://bbs.keinsci.com/thread-21783-1-1.html)

牧生

喵喵喵？？第一步就被劝退了，不支持发行版rocky

luzujia

wanlichuan 发表于 2022-8-5 14:02
我在centOS7.6系统中用楼主的方法编译cp2k9.1，前面都很顺利。一直到修改完/.singularity.d/env/91-environ ...

经过我多次的试错，终于总结出了正确调用容器执行任务的逻辑：当你使用 “singularity exec /opt/cp2k91.sif cp2k.popt cp2k.inp” 命令的时候，期望的是sif会读取当前目录下的cp2k.inp，然而此时sif实际是去容器内的路径去寻找这个文件的，这个帖子里所有报错说文件不存在的都是这个原因。看了前面的讨论，我把命令改成了“singularity exec --bind /opt:/opt /opt/cp2k91.sif cp2k.popt cp2k.inp” ，表示将host的/opt路径映射到容器内的/opt路径，这时文件不存在的报错不出现了，而是出现了层主这个报错，原因是此时sif内的opt路径已经被替换了，source的时候肯定会报错。说了一大堆，那么如何解决呢，就是随便新建一个不与上面所述的设置冲突的目录，然后再映射到sif内，例如：“singularity exec --bind /opt/test:/opt/test /opt/cp2k91.sif cp2k.popt cp2k.inp” ，问题就解决了。

luzujia

wkq 发表于 2022-9-2 17:51
求助一下大家，有没有遇到过这种情况呀，感谢感谢

[root@localhost test]# mpirun -np 2 singularity ex ...

看看我上面的回复

恋上兔子的熊

太强了

JohnH

Yaochen 发表于 2022-9-19 20:48
楼主，第一步我就卡住了。这里显示spglib的安装包连接不上。一开始我以为是github被墙了，但是我fq之后，仍 ...

想问一下目前解决了吗，修改了github链接，但是还是不能安装，谢谢