docker-singularity方法安装可随意移植的cp2k

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-19 09:11:20

djjj148 发表于 2021-10-19 08:24
Google Linux查看指令集

我的意思是您在制作sif文件的时候，如何制作不同版本的文件。谢谢。

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-19 09:44:39

flyingchow 发表于 2021-10-19 09:11
我的意思是您在制作sif文件的时候，如何制作不同版本的文件。谢谢。

取决于机器的最高指令集，比如是avx2就会做出对应的cp2k

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-19 14:04:00

djjj148 发表于 2021-10-19 08:24
Google Linux查看指令集

老师好，我再问一个问题：
这个singularity打包的时候能不能并行选择openmpi，如何才能再编译toolchain时候选择openmpi呢？

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-19 15:44:07

abin 发表于 2021-10-17 19:56
singularity 借用的是系统的硬件，
方案是类似硬件直通模式。
要的是处理器指令集……

老师，请问您可以再只有avx2的机器上编译打包avx512的sif文件吗？如果可以的话，应该怎么设置呢？具体应该是从一开始toolchain就开始改动，还是最终编译cp2k改动就行了。

abin · 发表于 Post on 2021-10-19 19:59:09

flyingchow 发表于 2021-10-19 15:44
老师，请问您可以再只有avx2的机器上编译打包avx512的sif文件吗？如果可以的话，应该怎么设置呢？具体应 ...

你要改很多东西。
如果你仅仅会使用官方默认的Dockerfile ，
那么，你基本不用折腾了……

与其耗费那些功夫，还不如租用机器来搞定。

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-20 04:22:35

abin 发表于 2021-10-19 19:59
你要改很多东西。
如果你仅仅会使用官方默认的Dockerfile ，
那么，你基本不用折腾了……

明白明白

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-20 07:57:47

flyingchow 发表于 2021-10-19 14:04
老师好，我再问一个问题：
这个singularity打包的时候能不能并行选择openmpi，如何才能再编译toolchain ...

手改Dockerfile，想要什么都可以

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-20 08:08:55

对不起老师，
我用这个官方的dockerfile跑，打包居然还出错了。
整个人都是懵的。
我再自己电脑上编译都成功了，用官方文件居然还弄不出来。

Number of FAILED tests 2843
Number of WRONG tests 0
Number of CORRECT tests 0
Total number of tests 2843
GREPME 2843 0 0 0 2843 X

Summary: correct: 0 / 2843; failed: 2843; 6min
Status: FAILED

--------------------------------------------------------------------------
Regtest took 340.00 seconds.
--------------------------------------------------------------------------
Tue Oct 19 20:03:25 EDT 2021

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-20 19:55:06

flyingchow 发表于 2021-10-20 08:08
对不起老师，
我用这个官方的dockerfile跑，打包居然还出错了。
整个人都是懵的。

如果之前已经test过了，在没有任何处理下再test就会全部FAILED

asd9998876 · 发表于 Post on 2021-10-21 11:57:53

本帖最后由 asd9998876 于 2021-10-21 12:02 编辑

请教一下，服务器的指令集查看只有AVX的，这种能用docker进行编译吗之前toolchain的方法好像和指令集没有关系，这个指令集是docker/singularity需要的还是cp2k需要的呢

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-21 12:34:02

asd9998876 发表于 2021-10-21 11:57
请教一下，服务器的指令集查看只有AVX的，这种能用docker进行编译吗之前toolchain的方法好像和指令集没有关 ...

可以试试，反正是半挂机操作。AVX太老了点，但不一定编译不了。

ggdh · 发表于 Post on 2021-10-22 13:45:13

我在自己电脑上做好sif后，能成功运行了，
然后我把sif拷贝到别的电脑上，运行的时候会提示输入文件找不到：
*******************************************************************************
* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/    The specified OLD file <h2.inp> cannot be opened. It does not *
* |             exist. Data directory path: /opt/cp2k-8.2/data          *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                                 common/cp_files.F:395 *
*******************************************************************************

我目前的解决方案是在那个电脑上创建沙盒，然后每次跑的时候在脚本中加入一行，把inp文件拷贝到沙盒中的/opt/cp2k-8.2/data文件夹下，能正常算。不知道这个错误是为啥会出现

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-22 15:05:44

ggdh 发表于 2021-10-22 13:45
我在自己电脑上做好sif后，能成功运行了，
然后我把sif拷贝到别的电脑上，运行的时候会提示输入文件找不到 ...

是否严格按照帖子中的运行方式运行的？包括sif文件的放置目录、我给的运行脚本是否完全一致。主要是前者，比如：如果以root账号运行/home的sif文件，inp却放到/home/tom目录下，singularity就无法挂载到inp所在目录下，也就找不到Inp
另：可能是inp文件写法问题，贴出来看看。用Multiwfn生成的运行试试

ggdh · 发表于 Post on 2021-10-22 23:09:34

djjj148 发表于 2021-10-22 15:05
是否严格按照帖子中的运行方式运行的？包括sif文件的放置目录、我给的运行脚本是否完全一致。主要是前者 ...

感谢解答，我试过了，sif放在/home/tom下，inp也在/home/tom/xxx里面，如果用户是tom，就可以跑，用户是root，就会出现刚才之前哪个错误。好神奇，为啥root反而没有权限了？

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-23 08:00:11

ggdh 发表于 2021-10-22 23:09
感谢解答，我试过了，sif放在/home/tom下，inp也在/home/tom/xxx里面，如果用户是tom，就可以跑，用户是r ...

这应该是singularity的挂载问题，我在手册上瞟到过，应该是用--bind参数可以指定挂载目录。

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